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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pta | ||||||
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タイトル | Structure of MDR initiator | ||||||
![]() | Replication initiator protein | ||||||
![]() | REPLICATION / initiation / multidrug resistance / PROTEIN BINDING | ||||||
機能・相同性 | Replication initiator A, N-terminal / Replication initiator protein A, C-terminal domain / Replication initiator protein A (RepA) N-terminus / Replication initiator protein A C-terminal domain / Replication initiator protein / Replication initiator protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schumacher, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of staphylococcal multiresistance plasmid replication origin assembly by the RepA protein. 著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Kwong, S.M. / Chinnam, N.B. / Liu, M.A. / Skurray, R.A. / Firth, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15518.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: USA300 / 遺伝子: repA, SAUSA300_pUSA030001 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1 M Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 275K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→67 Å / Num. all: 5120 / Num. obs: 5166 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 2.44 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 91.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.92 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6003→23.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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