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- PDB-4ps2: Structure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ps2 | ||||||
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Title | Structure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB molecule | ||||||
![]() | Putative type VI secretion protein | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / helices bundle / T6SS contractile sheath / TssC | ||||||
Function / homology | Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / metal ion binding / Putative type VI secretion protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mapping the tube-sheath interface within the Type VI secretion system tail Authors: Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 44.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 31.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 422.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 422.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 9279.812 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 88-165 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Zinc acetate 0.2 M, PEG3350 20%, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2013 |
Radiation | Monochromator: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.28 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→42 Å / Num. obs: 5921 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.12 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1730 / % possible all: 97.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 33.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.206 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→41.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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