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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ps2 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB molecule | ||||||
要素 | Putative type VI secretion proteinType VI secretion system | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / helices bundle / T6SS contractile sheath / TssC | ||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / metal ion binding / Putative type VI secretion protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mapping the tube-sheath interface within the Type VI secretion system tail 著者: Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ps2.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ps2.ent.gz | 31.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ps2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9279.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 88-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 042 / EAEC / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GU37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Zinc acetate 0.2 M, PEG3350 20%, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月29日 |
放射 | モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42 Å / Num. obs: 5921 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1730 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9224 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.206 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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