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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ps2
タイトルStructure of the C-terminal fragment (87-165) of E.coli EAEC TssB molecule
要素Putative type VI secretion proteinType VI secretion system
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / helices bundle / T6SS contractile sheath / TssC
機能・相同性Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / metal ion binding / Putative type VI secretion protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mapping the tube-sheath interface within the Type VI secretion system tail
著者: Douzi, B. / Logger, L. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Cambillau, C. / Cascales, E.
履歴
登録2014年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3813
ポリマ-9,2801
非ポリマー1012
1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子

A: Putative type VI secretion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7616
ポリマ-18,5602
非ポリマー2024
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.640, 69.150, 45.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative type VI secretion protein / Type VI secretion system


分子量: 9279.812 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 88-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : 042 / EAEC / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GU37
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Zinc acetate 0.2 M, PEG3350 20%, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月29日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42 Å / Num. obs: 5921 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 28.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1730 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→41.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9224 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 568 9.61 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
all0.1847 5913 --
obs0.1847 5913 99.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0435 Å20 Å20 Å2
2--11.72 Å20 Å2
3----3.6765 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数639 0 2 84 725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01639HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.97864HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d0237SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes017HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes091HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it0639HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd00SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.32
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion086SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact0828SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 133 8.12 %
Rwork0.1841 1505 -
all0.1861 1638 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0491-0.1447-0.01780.0583-0.05040.02660.0002-0.0041-0.00340.00250.00070.0045-0.0035-0.002-0.00090.00140.00420.0041-0.0150.00040.01267.447332.8322.1026
20-0.08640.15340.0272-0.08880.08750.0007-0.00160.00290.00070.0020-0.00110.0073-0.00270.0111-0.0172-0.0151-0.00050.0411-0.013517.337935.90356.7293
30.0748-0.09860.33170.1274-0.19380.00410.0007-0.00830.00960.00280.00570.00460.0043-0.0086-0.0064-0.01620.006-0.0210.00140.0190.00937.884217.1467-2.4363
40.188-0.0967-0.12120.2033-0.03790.1950.0012-0.01120.0061-0.0080.0048-0.00170.0134-0.0021-0.006-0.002-0.00470.0009-0.00450.00650.005916.00610.8196-1.7868
50.0009-0.08630.33480.0948-0.27560.1629-0.0022-0.007-0.00240.00340.0051-0.00250.0096-0.0071-0.00290.0118-0.0063-0.0104-0.00580.0131-0.014111.71412.87087.5785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|88 - A|97}A88 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2{A|98 - A|110}A98 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3{A|111 - A|130}A111 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4{A|131 - A|148}A131 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5{A|149 - A|165}A149 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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