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- PDB-4ps1: Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ps1
タイトルCaspase-8 specific unnatural amino acid peptides
要素
  • (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
  • Caspase-8
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase ...caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / TRIF-mediated programmed cell death / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / CLEC7A/inflammasome pathway / natural killer cell activation / negative regulation of necroptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of apoptosis / B cell activation / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / protein maturation / cellular response to organic cyclic compound / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / T cell activation / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to mechanical stimulus / Regulation of necroptotic cell death / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / response to estradiol / heart development / peptidase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.731 Å
データ登録者Wolan, D.W. / Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Selective inhibition of initiator versus executioner caspases using small peptides containing unnatural amino acids.
著者: Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E. / Litwin, K.M. / Umotoy, J.C. / Coutsias, E.A. / Wolan, D.W.
履歴
登録2014年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-8
B: Caspase-8
C: Caspase-8
D: Caspase-8
E: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
F: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
G: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
H: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,22712
ポリマ－128,6108
非ポリマー6174
水15,403855
1
A: Caspase-8
E: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3073
ポリマ－32,1522
非ポリマー1541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Caspase-8
F: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3073
ポリマ－32,1522
非ポリマー1541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Caspase-8
G: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3073
ポリマ－32,1522
非ポリマー1541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Caspase-8
H: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3073
ポリマ－32,1522
非ポリマー1541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.870, 144.603, 86.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Caspase-8 / CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3- ...CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH / Caspase-8 subunit p18 / Caspase-8 subunit p10


分子量: 31447.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 217-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, CASP8 MCH5, MCH5 / プラスミド: pet23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#2: タンパク質・ペプチド
(BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE


分子量: 704.767 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 119448 / Num. obs: 119448 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JJ7

4jj7


解像度: 1.731→44.95 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 5983 5.01 %
Rwork0.1522 --
obs0.1538 119385 97.77 %
all-119385 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.731→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7654 0 32 855 8541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50310693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3562965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7311-1.75080.26841650.20463439X-RAY DIFFRACTION90
1.7508-1.77140.24872090.19253784X-RAY DIFFRACTION98
1.7714-1.7930.22382140.1923749X-RAY DIFFRACTION98
1.793-1.81570.25141830.18063715X-RAY DIFFRACTION97
1.8157-1.83960.21572110.18053742X-RAY DIFFRACTION97
1.8396-1.86480.25081970.19223662X-RAY DIFFRACTION95
1.8648-1.89140.25051760.18153742X-RAY DIFFRACTION96
1.8914-1.91970.21931980.18633760X-RAY DIFFRACTION98
1.9197-1.94970.18832000.16653808X-RAY DIFFRACTION99
1.9497-1.98160.19692050.16063813X-RAY DIFFRACTION99
1.9816-2.01580.19192020.15053806X-RAY DIFFRACTION99
2.0158-2.05240.18542020.15513832X-RAY DIFFRACTION99
2.0524-2.09190.20442040.16223762X-RAY DIFFRACTION98
2.0919-2.13460.17312000.14473830X-RAY DIFFRACTION99
2.1346-2.1810.19212030.14253836X-RAY DIFFRACTION99
2.181-2.23180.1912100.1413786X-RAY DIFFRACTION99
2.2318-2.28760.19151650.15243815X-RAY DIFFRACTION98
2.2876-2.34940.17851850.14623759X-RAY DIFFRACTION97
2.3494-2.41860.18842150.14723676X-RAY DIFFRACTION96
2.4186-2.49660.19662170.15143855X-RAY DIFFRACTION99
2.4966-2.58580.19872230.15643793X-RAY DIFFRACTION99
2.5858-2.68940.20151840.15733892X-RAY DIFFRACTION99
2.6894-2.81170.19512050.16083848X-RAY DIFFRACTION100
2.8117-2.95990.20231830.16113858X-RAY DIFFRACTION99
2.9599-3.14540.18311850.15453850X-RAY DIFFRACTION99
3.1454-3.38810.15912170.15793731X-RAY DIFFRACTION97
3.3881-3.72890.17522060.14773762X-RAY DIFFRACTION97
3.7289-4.26820.16552280.12773837X-RAY DIFFRACTION99
4.2682-5.3760.16841870.12543842X-RAY DIFFRACTION98
5.376-44.96470.15742040.16333818X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.01760.16080.2043.5397-0.13124.62010.02220.7974-1.204-0.09230.1713-0.01680.46050.064-0.17580.25060.034-0.00970.1956-0.10160.3214-44.6797-1.909-9.2794
21.2979-0.67230.24586.99484.46763.55090.02960.02420.0146-0.07660.2152-0.5668-0.04360.2042-0.3050.1311-0.00830.02710.1973-0.00150.2118-34.975922.8937.5716
30.7531.28210.51034.02451.26141.22720.07810.0253-0.12030.0585-0.0146-0.22310.06990.0851-0.07420.13150.0379-0.02940.18590.00260.2016-36.655715.09668.3404
40.9760.69140.52271.0961-0.10921.0084-0.02630.14190.0386-0.0799-0.0032-0.0586-0.03030.01730.02060.13640.0193-0.00080.1962-0.00150.1853-43.288618.3201-2.1376
53.47850.0979-1.9452.2517-1.11951.8663-0.00840.3029-0.1251-0.2422-0.023-0.06360.20380.08050.08710.17850.0228-0.01640.1612-0.02420.1979-54.201111.5224-6.5806
62.0150.0830.28282.33841.0061.96840.0849-0.1221-0.16610.1822-0.01910.07280.1821-0.1015-0.06540.17810.0015-0.00560.19630.03530.1778-49.49686.622911.0231
72.2380.35650.41451.85071.25195.02720.0933-0.3139-0.0530.16050.0215-0.09760.0084-0.0641-0.06760.1084-0.0073-0.01340.1722-00.1688-53.53679.38657.141
85.95710.8008-2.22524.96170.37937.38310.36350.73231.0427-0.12920.0323-0.0347-0.7418-0.3547-0.4180.23570.070.0330.23780.08330.2972-15.052139.6946-5.3953
91.3109-2.04760.88894.0476-2.84293.179-0.043-0.067-0.1030.01290.22890.30720.1098-0.3209-0.22820.1695-0.01920.00970.24290.02290.2019-19.512314.847813.3226
100.49260.4234-0.40996.2594-1.16212.34570.0179-0.14170.0620.52220.12220.0555-0.1696-0.1133-0.12710.11110.00440.02420.198-0.00420.1682-15.496720.478316.82
111.16270.3208-0.05821.8336-1.11711.4192-0.01250.08330.047-0.03120.17840.24510.0286-0.2636-0.17010.15030.02590.00660.28630.03920.232-22.964320.46723.5013
121.03570.09180.13741.8235-1.42612.2487-0.0370.1241-0.0261-0.12670.11090.05050.121-0.1409-0.07390.1388-0.00380.00550.20710.00150.1678-15.326818.69142.1508
131.67950.12170.4850.9863-0.43662.546-0.0025-0.0324-0.07230.01080.05780.02360.0415-0.117-0.06060.14050.01370.02290.2107-0.00590.1784-8.865721.77792.539
143.74890.36831.72542.76450.45744.365-0.00370.14640.1174-0.12030.0591-0.0103-0.3908-0.0589-0.04940.0932-0.00340.04020.1096-0.0010.1384-3.889626.3357-3.0425
151.9128-1.57820.59094.117-0.94991.66630.0151-0.09560.08810.2151-0.0258-0.2258-0.16370.05020.01940.1724-0.01530.01420.2153-0.02680.1743-7.017229.118614.6999
162.0953-0.39470.26561.8663-1.12333.97020.0122-0.23190.13940.21120.0247-0.0296-0.16850.1235-0.03840.1606-0.01340.02610.2047-0.02520.1866-1.932730.89188.7798
177.8635-0.7273-1.37743.9421-0.61744.14750.08960.6416-0.3282-0.416-0.35710.32280.326-0.51130.22550.2990.017-0.10230.2912-0.11830.296-11.7674-24.38517.2285
181.70450.29541.22891.471.89955.55740.0549-0.11390.01260.0742-0.12770.1295-0.1121-0.29990.10490.1650.00410.01490.1987-0.02570.1952-12.4371-3.718544.508
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281.2174-0.07690.18251.6775-0.70982.37020.0338-0.05190.12580.0989-0.0521-0.1447-0.21010.26720.00130.2312-0.02340.0150.1927-0.01030.2092-34.875855.754534.6914
292.07120.3926-0.03952.3184-0.30921.94480.0932-0.1153-0.0076-0.0064-0.08290.0362-0.02190.1015-0.01080.18860.02470.02620.1702-0.01610.1804-43.609853.700431.7101
301.5532-0.12490.00022.06670.21181.77240.0724-0.00580.0363-0.1191-0.1388-0.0449-0.06480.00910.04650.18550.00170.00890.1813-0.0250.1504-48.625952.639831.0582
311.9739-0.6014-0.46172.53080.10961.47350.08060.2067-0.1598-0.1453-0.0610.22620.1064-0.0901-0.01660.25980.0301-0.01330.1931-0.04580.2028-46.64143.445619.4718
322.60460.3664-0.55765.097-1.67943.28330.08190.0297-0.27760.0534-0.10490.01530.1004-0.0612-0.00370.18110.0304-0.02240.1647-0.0260.1871-50.137646.994125.7661
337.35746.80982.59316.41692.23212.36250.3884-0.9579-0.50811.1057-0.6991-0.9776-0.32490.77030.25220.30310.0119-0.06870.30530.02870.215-44.428218.547921.7563
345.34565.4742-3.82755.6091-3.91772.74620.3513-0.52560.13120.7908-0.35310.36650.354-0.43950.02590.3478-0.06410.01080.33870.04580.234-6.917219.071124.6228
353.5553.29560.40977.3704-0.39023.94370.61730.17650.73280.74280.02820.4318-1.2805-0.5636-0.65770.38440.07970.01630.2321-0.04830.3491-4.80666.02736.838
362.39991.83391.84859.5664-1.00012.13760.58710.3474-0.88260.47410.2319-0.59010.86610.1978-0.78950.41620.06460.00680.25290.02190.3139-42.071331.571733.8986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 222 through 234 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 235 through 250 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 251 through 288 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 368 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 369 through 403 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 404 through 452 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 453 through 477 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 222 through 234 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 235 through 250 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 251 through 276 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 277 through 301 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 302 through 340 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 341 through 368 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 369 through 403 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 404 through 435 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 436 through 477 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 223 through 234 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 235 through 262 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 263 through 308 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 309 through 340 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 341 through 413 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 414 through 452 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 453 through 478 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 223 through 234 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 235 through 250 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 251 through 262 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 263 through 288 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 289 through 340 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 341 through 368 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 369 through 413 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 414 through 452 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 453 through 477 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 402 through 403 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 402 through 403 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 402 through 403 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 402 through 403 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る