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- PDB-4pra: Crystal structure of a HLA-B*35:01-HPVG-Q5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pra
タイトルCrystal structure of a HLA-B*35:01-HPVG-Q5
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Epstein-Barr nuclear antigen 1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen class I / Epstein-Barr virus / viral escape / T cell receptor / viral immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / endonuclease activity / protein homotetramerization / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / DNA-binding transcription factor activity / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA-B*3507 / Epstein-Barr nuclear antigen 1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yu Chih, L. / Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Molecular Basis for the Interplay between T Cells, Viral Mutants, and Human Leukocyte Antigen Micropolymorphism.
著者: Liu, Y.C. / Chen, Z. / Neller, M.A. / Miles, J.J. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J. / Gras, S.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32014年7月2日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Epstein-Barr nuclear antigen 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0153
ポリマ－45,0153
非ポリマー00
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.730, 81.430, 109.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5MK56
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBNA-1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 1326.389 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 407-417 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P03211
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GLU5 TO GLN5 IS A NATURAL VARIATION BETWEEN EBV STRAINS GLU5 IS FOUND IN EBV INFECTING CAUCASIAN ...GLU5 TO GLN5 IS A NATURAL VARIATION BETWEEN EBV STRAINS GLU5 IS FOUND IN EBV INFECTING CAUCASIAN GLN5 IS FOUND IN TYPE 1 EBV ISOLATES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 16% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 39526 / Num. obs: 39526 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 21.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.85-1.950.4275.1542022570199.9
1.95-20.3017.2117848240899.9
2-2.50.17112.1311166315111100
2.5-30.08123.04497786754100
3-50.03447.37536087389100
5-60.02854.586180880100
6-100.02955.17665599099.9
100.02561.56165729397

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceiceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FYY

2fyy


解像度: 1.85→45.458 Å / FOM work R set: 0.8514 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 1981 5.01 %
Rwork0.1899 --
all-39516 -
obs-39516 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.034 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.7 Å2 / Biso mean: 21.61 Å2 / Biso min: 5.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3464 Å20 Å20 Å2
2---3.7223 Å20 Å2
3---6.0688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 0 418 3596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0744492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8031228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.89630.29221440.235826462790
1.8963-1.94750.26181320.209226502782
1.9475-2.00480.25811490.199826222771
2.0048-2.06960.24241590.194626142773
2.0696-2.14350.25981290.20126732802
2.1435-2.22930.2561400.194526432783
2.2293-2.33080.22881430.194526612804
2.3308-2.45370.25861400.199826492789
2.4537-2.60740.23531360.200626722808
2.6074-2.80870.24131450.205626892834
2.8087-3.09130.26461300.194626962826
3.0913-3.53850.19011280.191827322860
3.5385-4.45750.16451440.154727312875
4.4575-45.47160.20621620.181328573019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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