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万見
- PDB-4pqv: Crystal structure of an Xrn1-resistant RNA from the 3' untranslat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pqv
タイトルCrystal structure of an Xrn1-resistant RNA from the 3' untranslated region of a flavivirus (Murray Valley Encephalitis virus)
要素XRN1-resistant flaviviral RNA
キーワードRNA / flavivirus / 3' untranslated region / sfRNA / pseudoknot / Type C RNA three-way junction / Xrn1 resistant RNA / xrRNA) / resists degradation / exonuclease Xrn1 / small flaviviral RNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Murray Valley encephalitis virus (マレーバレー脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.463 Å
データ登録者Chapman, E.G. / Costantino, D.A. / Rabe, J.L. / Moon, S.L. / Wilusz, J. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: The structural basis of pathogenic subgenomic flavivirus RNA (sfRNA) production.
著者: Chapman, E.G. / Costantino, D.A. / Rabe, J.L. / Moon, S.L. / Wilusz, J. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XRN1-resistant flaviviral RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,31410
ポリマ－22,0951
非ポリマー2199
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.698, 76.698, 76.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: RNA鎖 XRN1-resistant flaviviral RNA


分子量: 22095.186 Da / 分子数: 1 / 変異: U2G, G-U pair insertion / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 polymerase
由来: (合成) Murray Valley encephalitis virus (マレーバレー脳炎ウイルス)
参照: GenBank: KC852196.1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 2.5 mM magnesium chloride, 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 (heated to 65 C for 3 minutes, cooled at room temperature, 0.5 mM spermidine added, centrifuged for 10 minutes at ...詳細: drop: 1 uL 5 mg/mL RNA in 2.5 mM magnesium chloride, 10 mM HEPES-KOH pH 7.5 (heated to 65 C for 3 minutes, cooled at room temperature, 0.5 mM spermidine added, centrifuged for 10 minutes at 13000 x g) + 2 uL 10% MPD, 40 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 12 mM spermine, 80 mM sodium chloride, 20 mM magnesium chloride (Nucleic Acid Mini-Screen kit, Hampton Research), well: 20-35% MPD, crystals appeared within 2-3 days and grew to full size over 1-2 weeks. To obtain derivatized crystals for phasing, 5 uL 4 mM iridium (III) hexammine in RNase-free water was added directly to crystallization drops and well solutions <35% MPD were replaced with 35% MPD. Wells were then re-sealed and allowed to re-equilibrate for at least 2 days, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0972 Å
検出器タイプ: TAURUS-1 / 検出器: CMOS / 日付: 2013年9月27日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock sagitally focused Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50.14 Å / Num. obs: 9499
反射 シェル最高解像度: 2.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.463→50.14 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 38.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2835 824 9.91 %RANDOM
Rwork0.2303 ---
obs0.2357 8418 85.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.463→50.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1466 9 7 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061641
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2472560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.545813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.463-2.54220.6652240.478180X-RAY DIFFRACTION13
2.5422-2.63310.4572630.438611X-RAY DIFFRACTION40
2.6331-2.73850.38441420.36321344X-RAY DIFFRACTION91
2.7385-2.86310.38261650.33571450X-RAY DIFFRACTION100
2.8631-3.01410.3751650.31151495X-RAY DIFFRACTION100
3.0141-3.20290.27771660.26231478X-RAY DIFFRACTION100
3.2029-3.45010.28811660.23031483X-RAY DIFFRACTION100
3.4501-3.79720.25161590.21661507X-RAY DIFFRACTION100
3.7972-4.34640.2711640.2011481X-RAY DIFFRACTION100
4.3464-5.47490.25771650.20511510X-RAY DIFFRACTION100
5.4749-50.15050.27141630.20511477X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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