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- PDB-4po0: Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in complex with naproxen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4po0
タイトルCrystal Structure of Leporine Serum Albumin in complex with naproxen
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Leporine Serum Albumin / LSA / helical protein possessing three domains. / Transport protein. / Fatty acids / hormones / metabolites / drugs / naproxen. / Plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle ...exogenous protein binding / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Zielinski, K. / Bujacz, A. / Sekula, B. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural studies of bovine, equine, and leporine serum albumin complexes with naproxen.
著者: Bujacz, A. / Zielinski, K. / Sekula, B.
履歴
登録2014年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8644
ポリマ－66,1741
非ポリマー6913
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.440, 79.790, 102.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 25-608, Mature form of Leporine Serum Albumin
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 株: THORBECKE / 参照: UniProt: G1U9S2
#2: 化合物 ChemComp-NPS / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / NAPROXEN


分子量: 230.259 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14O3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 3350, 8% PPG 400, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M TRIS PH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→50 Å / Num. all: 16862 / Num. obs: 16825 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.29 % / Biso Wilson estimate: 56.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 15.05
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / 冗長度: 7.33 % / Rmerge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique all: 1706 / Rsym value: 0.0104 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.7.0032位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE
開始モデル: PDB ENTRY 4F5V

4f5v


解像度: 2.73→48.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 27.007 / SU ML: 0.274 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25869 843 5 %RANDOM
Rwork0.18617 ---
all0.18974 16862 --
obs0.18974 15981 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.96 Å2-0 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→48.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4623 0 51 121 4795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.9646532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0145588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13424.706221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.44715851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8461522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9414.5192337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9746.7672921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6914.7112480
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.71238.3877998
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 63 -
Rwork0.31 1163 -
obs-1163 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9871-0.0921-0.34351.6904-1.33691.34540.11390.06630.01430.0531-0.02750.2223-0.0274-0.0635-0.08640.0655-0.0250.04520.0877-0.02540.144939.027119.627686.2701
21.4748-0.25220.57880.36820.59051.8804-0.1239-0.06320.1008-0.03490.0564-0.0805-0.34360.02160.06750.1801-0.0078-0.0940.0092-0.01820.136457.347629.970582.8026
30.9903-0.42420.80130.2673-0.06861.674-0.04120.21580.16290.0212-0.0721-0.0828-0.04310.17080.11330.0281-0.0208-0.03510.06860.0380.141862.790622.753576.3487
40.1973-0.033-0.15210.19150.03990.7379-0.0292-0.0042-0.0404-0.0084-0.00250.1161-0.01590.08560.03170.0592-0.014400.059-0.01580.082147.47018.480563.4494
50.1520.0304-0.1391.75350.85170.5712-0.08970.0186-0.05650.11770.1216-0.13660.13780.0417-0.03190.08020.0213-0.01470.0852-0.00650.080257.92783.564272.192
63.4831-1.12860.65290.4252-0.00820.84520.0592-0.0611-0.1054-0.0271-0.01270.024-0.0029-0.066-0.04650.03480.0298-0.0160.1118-0.02150.059249.0067-1.359146.879
70.4177-0.1768-0.30070.2217-0.32911.63530.14350.11190.1178-0.095-0.0984-0.0570.02210.1045-0.04510.08940.06670.00110.0893-0.01130.106747.76468.24143.4822
82.53023.29752.07494.76292.78221.7148-0.16540.3483-0.0025-0.26260.1975-0.0533-0.13630.2477-0.03210.0829-0.02010.0670.1902-0.00830.060558.586217.840641.8713
90.0985-0.0328-0.28320.24480.36481.12840.06780.00850.0991-0.02540.13860.031-0.20320.1345-0.20630.05260.01710.05610.12520.010.155158.142737.86553.3672
100.90580.1892-0.19760.0427-0.08221.5333-0.0127-0.0039-0.0663-0.00630.0415-0.0045-0.00150.0975-0.02880.03260.00740.03250.06660.00890.118356.177927.4958.1026
111.45640.47351.39940.24030.58451.53940.08720.155-0.0615-0.0227-0.0388-0.01360.010.0113-0.04840.06090.05210.00040.12190.01360.144845.300630.683149.6472
124.2291-2.37693.17692.3201-2.07852.9462-0.3115-0.34220.37250.30910.2918-0.1606-0.6415-0.06760.01970.3346-0.10750.17290.1911-0.12910.176857.346549.017162.3718
131.9782-1.71722.84092.4345-1.94765.254-0.3762-0.25990.44550.28770.02-0.2782-0.9488-0.05680.35610.3067-0.09650.13780.382-0.09880.360964.376355.824160.4603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8A367 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9A399 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10A418 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12A498 - 537
13X-RAY DIFFRACTION13A538 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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