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- PDB-4pm5: Crystal structure of CTX-M-14 S70G beta-lactamase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pm5
タイトルCrystal structure of CTX-M-14 S70G beta-lactamase in complex with cefotaxime at 1.26 Angstroms resolution
要素Beta-lactamase CTX-M-14
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / Class A beta-lactamase / cefotaxime / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CE3 / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.261 Å
データ登録者Adamski, C.J. / Cardenas, A.M. / Sankaran, B. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI32956 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008280 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis for the Catalytic Specificity of the CTX-M Extended-Spectrum beta-Lactamases.
著者: Adamski, C.J. / Cardenas, A.M. / Brown, N.G. / Horton, L.B. / Sankaran, B. / Prasad, B.V. / Gilbert, H.F. / Palzkill, T.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase CTX-M-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7145
ポリマ－27,9711
非ポリマー7444
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.550, 62.680, 86.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase CTX-M-14


分子量: 27970.520 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-291 / 変異: S70G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_p301310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8XD06, UniProt: A0A0H3H219*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CE3 / (6R,7R)-3-(acetyloxymethyl)-7-[[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyimino-ethanoyl]amino]-8-oxo-5-thia-1-azabicy clo[4.2.0]oct-2-ene-2-carboxylic acid / CEFOTAXIME / セフォタキシム


分子量: 455.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O7S2 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium phosphate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→29.5 Å / Num. obs: 61202 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 19.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM1.0.7データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.261→29.451 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 16.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 3046 4.98 %
Rwork0.1617 --
obs0.1627 61202 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.261→29.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1962 0 45 405 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1322774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.571783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.261-1.27530.21871620.21653577X-RAY DIFFRACTION96
1.2753-1.29030.19552010.20433662X-RAY DIFFRACTION99
1.2903-1.30610.23322020.20263674X-RAY DIFFRACTION99
1.3061-1.32260.21511850.19913641X-RAY DIFFRACTION99
1.3226-1.340.21841690.19523729X-RAY DIFFRACTION99
1.34-1.35840.21582000.18983664X-RAY DIFFRACTION99
1.3584-1.37780.19382020.193715X-RAY DIFFRACTION100
1.3778-1.39830.19822410.18063589X-RAY DIFFRACTION99
1.3983-1.42020.16991980.16873729X-RAY DIFFRACTION100
1.4202-1.44350.17471760.16353695X-RAY DIFFRACTION99
1.4435-1.46840.21131870.16953710X-RAY DIFFRACTION99
1.4684-1.49510.17691770.16523673X-RAY DIFFRACTION99
1.4951-1.52380.18461930.16163684X-RAY DIFFRACTION100
1.5238-1.55490.18751740.16193726X-RAY DIFFRACTION100
1.5549-1.58870.191930.16283737X-RAY DIFFRACTION100
1.5887-1.62570.16892040.15453668X-RAY DIFFRACTION100
1.6257-1.66630.17941930.15493738X-RAY DIFFRACTION100
1.6663-1.71140.16761900.15943680X-RAY DIFFRACTION100
1.7114-1.76170.19851830.15783712X-RAY DIFFRACTION100
1.7617-1.81860.20032040.15213708X-RAY DIFFRACTION100
1.8186-1.88360.1831900.16023728X-RAY DIFFRACTION100
1.8836-1.9590.16171910.15163705X-RAY DIFFRACTION100
1.959-2.04810.15581860.15593732X-RAY DIFFRACTION100
2.0481-2.15610.15261770.14743718X-RAY DIFFRACTION100
2.1561-2.29110.16661980.15273705X-RAY DIFFRACTION100
2.2911-2.46790.2211800.16263703X-RAY DIFFRACTION100
2.4679-2.71610.1921970.16563729X-RAY DIFFRACTION100
2.7161-3.10880.18452360.15983640X-RAY DIFFRACTION100
3.1088-3.91530.16282050.14583717X-RAY DIFFRACTION100
3.9153-29.45890.17752130.16093672X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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