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- PDB-4pm4: Structure of a putative periplasmic iron siderophore binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pm4
タイトルStructure of a putative periplasmic iron siderophore binding protein (Rv0265c) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Iron complex transporter substrate-binding protein
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / periplasmic / binding protein / siderophore / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable periplasmic iron-transport lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Chan, S. / Tran, N. / Kuo, E. / Lu, J. / Harris, L.R. / Zhou, T.T. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI068135 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a putative periplasmic iron siderophore binding protein (Rv0265c) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Tran, N. / Kuo, E. / Lu, J. / Harris, L.R. / Zhou, T.T. / Eisenberg, D.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron complex transporter substrate-binding protein
B: Iron complex transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9057
ポリマ－65,6072
非ポリマー2985
水4,234235
1
A: Iron complex transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1026
ポリマ－32,8031
非ポリマー2985
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron complex transporter substrate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8031
ポリマ－32,8031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.551, 65.434, 72.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Iron complex transporter substrate-binding protein / Probable periplasmic iron-transport lipoprotein


分子量: 32803.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0265c, RVBD_0265c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L7N6B2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir solution: 3.0 M ammonium sulfate, 95 mM citric acid pH 5.0. Protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 68787 / Num. obs: 28285 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1555) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MDY

4mdy


解像度: 2.2→29.204 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2517 1406 4.98 %Random selection
Rwork0.203 ---
obs0.2055 28260 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4411 0 13 235 4659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7876181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1631609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1914-2.26970.31251410.26582697X-RAY DIFFRACTION94
2.2697-2.36050.29981520.24592724X-RAY DIFFRACTION98
2.3605-2.46790.27271270.23222799X-RAY DIFFRACTION98
2.4679-2.59790.26641600.22682785X-RAY DIFFRACTION98
2.5979-2.76060.28681530.2212761X-RAY DIFFRACTION98
2.7606-2.97350.26481570.21972752X-RAY DIFFRACTION97
2.9735-3.27240.2711320.20962722X-RAY DIFFRACTION95
3.2724-3.74510.23511270.19142590X-RAY DIFFRACTION91
3.7451-4.71520.21220.15722514X-RAY DIFFRACTION87
4.7152-29.20.23161350.18592510X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00280.07450.08981.6466-0.29351.25410.1611-0.1754-0.07330.26490.05560.45290.0788-0.3665-0.04220.1885-0.03280.02540.26680.04410.3629-8.452615.727436.2413
22.5247-0.98330.09662.60060.07762.17410.22060.4075-0.0848-0.1706-0.16930.14890.07290.0464-0.02180.25850.0076-0.04710.178-0.05920.241610.0144.550418.5878
32.0873-1.91940.10832.8318-0.29260.90210.13120.0881-0.0957-0.2012-0.12390.03210.05910.0653-0.03120.18490.0141-0.02520.1664-0.01280.203114.95043.914125.5188
42.94930.0024-0.98061.4314-1.31281.9559-0.12360.39160.6461-0.38860.3940.41820.095-0.2904-0.10750.3562-0.0344-0.06070.28870.10130.43990.48236.140710.0627
51.25390.1392-0.8981.32850.03491.5149-0.25270.6153-0.2921-0.80420.10530.08640.618-0.2450.30111.0003-0.22670.12340.4478-0.0690.31279.96519.472-2.3592
62.75760.0127-0.311.2946-0.31281.6981-0.17630.20030.0401-0.356-0.1159-0.4310.37890.35510.21320.50730.00530.19140.34860.05930.334826.553225.27179.6205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 15:158)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 159:187)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 188:304)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 15:143)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 144:177)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 178:303)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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