PDB-4pm3: Structure of the double-stranded DNA binding type IV secretion pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pm3

タイトル

Structure of the double-stranded DNA binding type IV secretion protein TraN from Enterococcus

要素

AM32

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Type IV secretion / internal dimer / isomerase

機能・相同性

isomerase activity / BROMIDE ION / : / AM32

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

Model details

helix-turn-helix-like motif, beta-barrel-like motif

データ登録者

Goessweiner-Mohr, N. / Keller, W.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the double-stranded DNA binding type IV secretion protein TraN from Enterococcus
著者: Goessweiner-Mohr, N. / Eder, M. / Hofer, G. / Fercher, C. / Arends, K. / Birner-Gruenberger, R. / Grohmann, E. / Keller, W.

履歴

登録	2014年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2014年7月30日	ID: 4HH7
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pm3.cif.gz	68.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pm3.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p0yC 4p0zSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p0y-1 3mkl-1 4p0y-2 6uy7-d 1dph-4 6b25-d 3ztm-d 1e84-d 2yl1-d 5zrx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AM32

B: AM32

ヘテロ分子

35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AM32

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AM32

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.880, 54.940, 57.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer. There are two biological units present in the asymmetric unit (chain A, chain B).

#1: タンパク質	AM32 / Enterococcus faecalis plasmid pAM-beta-1 copy number repressor (copF) / RepE (repE) / resolvase ...Enterococcus faecalis plasmid pAM-beta-1 copy number repressor (copF) / RepE (repE) / resolvase (res beta) / and type I topoisomerase (top beta) genes / Uncharacterized protein 分子量: 17599.949 Da / 分子数: 2 / 断片: TraN / 由来タイプ: 組換発現詳細: MKHHHHHHHSDYDIPTTENLYFQGSGS is the 7x N-terminal HisTag HisTag and several N-terminal and C-terminal residues are not visible in the density map. 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BVV5
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 1:1 setup of purification buffer with Index screen condition 42 (0.1 M Bis-Tris, 25.0 % PEG 3350); final protein concentration: 3.25 mg/ml Crystal soaked for 1.5 h with Br4Pt

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Pt LIII high-end remote

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.0615 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月19日
詳細: toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification)

放射

モノクロメーター: BARTELS MONOCROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0615 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.6 % / 数: 69059 / R_sym value: 0.12 / D res high: 1.8 Å / D res low: 57.679 Å / Num. obs: 19191 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.69	28.97	1	0.063	0.063	3.5
4.02	5.69	1	0.061	0.061	3.6
3.29	4.02	1	0.072	0.072	3.6
2.85	3.29	1	0.088	0.088	3.6
2.55	2.85	1	0.111	0.111	3.6
2.32	2.55	1	0.142	0.142	3.6
2.15	2.32	1	0.178	0.178	3.6
2.01	2.15	1	0.254	0.254	3.6
1.9	2.01	1	0.378	0.378	3.6
1.8	1.9	1	0.522	0.522	3.6

反射

解像度: 1.8→57.68 Å / Num. all: 19191 / Num. obs: 19191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.79 Å² / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.141 / R_sym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 4.67 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 69059

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	3.6	0.522	1.2	10004	2804	0.324	0.522	3.7	100
1.9-2.01	3.6	0.378	1.6	9392	2619	0.234	0.378	5	100
2.01-2.15	3.6	0.254	2.5	8917	2476	0.156	0.254	6.6	100
2.15-2.32	3.6	0.178	3.6	8371	2322	0.109	0.178	8.1	100
2.32-2.55	3.6	0.142	4.5	7714	2131	0.087	0.142	9.1	100
2.55-2.85	3.6	0.111	5.9	6941	1918	0.068	0.111	10.1	100
2.85-3.29	3.6	0.088	6.8	6245	1721	0.054	0.088	12.3	100
3.29-4.02	3.6	0.072	7.8	5229	1438	0.043	0.072	15.5	100
4.02-5.69	3.6	0.061	8.7	4063	1131	0.038	0.061	15.9	100
5.69-28.967	3.5	0.063	9.1	2183	631	0.04	0.063	14.9	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	28.97 Å	2.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM	11.0.02	データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P0Z

4p0z

解像度: 1.8→28.967 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	986	5.14 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1716	19171	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→28.967 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1886	0	6	231	2123
B_iso mean	-	-	36.93	24.11	-
残基数	-	-	-	-	227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962	2575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.216	739
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8949	0.2577	151	0.2024	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8949-2.0136	0.2295	137	0.1806	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0136-2.169	0.1983	141	0.1626	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.3872	0.2185	142	0.1613	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3872-2.7324	0.2439	144	0.182	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7324-3.4417	0.2197	138	0.1705	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4417-28.9706	0.1789	133	0.1572	2662	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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