PDB-4pl7: Structure of Komagataella pastoris actin-thymosin beta4 hybrid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pl7

タイトル

Structure of Komagataella pastoris actin-thymosin beta4 hybrid

要素

Actin,Thymosin beta-4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / CONTRACTILE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sequestering of actin monomers / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of ATP biosynthetic process / actin monomer binding / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell migration / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Komagataella pastoris (菌類)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Xue, B. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis of thymosin-beta 4/profilin exchange leading to actin filament polymerization.
著者: Xue, B. / Leyrat, C. / Grimes, J.M. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2014年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / software / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4pl7.ent.gz	261.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pl7_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pl7_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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CIF形式データ	4pl7_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/4pl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/4pl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pl8C 1yagS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jbk-1 2aso-d 6jcu-1 6jh8-d 3u9z-d 6jbk-2 6jh9-d 2asp-d 4k42-1 6qri-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin,Thymosin beta-4

B: Actin,Thymosin beta-4

ヘテロ分子

98.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Actin,Thymosin beta-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Actin,Thymosin beta-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.508, 139.495, 56.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

monomer

#1: タンパク質	Actin,Thymosin beta-4 / T beta-4 / Fx 分子量: 48482.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: ACT1, PAS_chr3_1169, TMSB4X, TB4X, THYB4, TMSB4 / プラスミド: pPICZc, modified / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q9P4D1, UniProt: P62328
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日 / 詳細: Quantum-315

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 37614 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 0.897 / Net I/av σ(I): 10.295 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 132268

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	2.8	0.373	2847	0.931	1	71.8
2.28-2.37	3	0.328	3294	0.96		82.8
2.37-2.48	3.2	0.319	3700	0.968		93.1
2.48-2.61	3.5	0.279	3911	0.943		98.6
2.61-2.77	3.7	0.223	3918	1.011		99.7
2.77-2.98	3.7	0.172	4018	1.01		99.9
2.98-3.28	3.7	0.132	3978	0.941		99.9
3.28-3.76	3.7	0.105	3976	0.881		100
3.76-4.72	3.7	0.093	3982	0.798		99.9
4.72-20	3.7	0.08	3990	0.59		99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データ削減
PHASER	2.5.5	位相決定
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YAG, chain A

1yag

解像度: 2.3→19.831 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2579	1477	5.05 %	Random selection
R_work	0.195	27796	-	-
obs	0.1982	29273	84.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.22 Å² / B_iso mean: 34.1052 Å² / B_iso min: 7.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5976	0	64	227	6267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	6176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.322	8348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.964	2308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3821	0.3244	90	0.2644	1780	1870	54
2.3821-2.4773	0.3701	97	0.2698	2016	2113	61
2.4773-2.5898	0.3294	105	0.2628	2226	2331	67
2.5898-2.726	0.3344	111	0.2527	2495	2606	76
2.726-2.8963	0.3023	160	0.2331	2881	3041	88
2.8963-3.1192	0.2952	195	0.2269	3245	3440	98
3.1192-3.4316	0.2887	168	0.2027	3274	3442	100
3.4316-3.9248	0.2386	175	0.1757	3305	3480	100
3.9248-4.9323	0.2095	171	0.1518	3300	3471	100
4.9323-19.8318	0.2165	205	0.1681	3274	3479	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0108	-0.0108	0.0023	0.0366	0.0326	0.0322	-0.1398	-0.0987	-0.2883	0.1329	-0.1105	0.6516	-0.095	-0.2149	0	0.2282	0.0144	0.0571	0.248	-0.0202	0.2896	-9.701	-12.9187	25.4809
2	0.069	-0.0643	-0.0153	0.0231	0.0381	0.06	0.4079	-0.528	0.0421	0.0418	-0.04	0.1343	-0.4659	-0.0945	0	0.4447	0.2745	-0.0572	-5.6009	2.0417	-0.4716	-4.2738	-11.4997	16.7678
3	0.4434	0.0839	0.0113	0.2505	0.3486	0.2946	-0.0455	0.7611	0.2164	0.3025	0.3472	0.2878	-0.7715	-0.637	0	0.4847	0.1517	-0.067	0.3027	-0.0246	0.3372	-9.9393	-8.0405	6.3622
4	0.2593	-0.3521	0.2286	0.6419	-0.0599	0.5824	-0.307	0.5159	0.2265	-0.2361	0.1228	-0.0829	-1.1487	-1.1216	0	0.6749	0.107	0.0336	0.1476	-0.0183	0.2144	-8.3214	-3.8248	17.4231
5	-0.0136	0.0362	-0.0237	0.0031	-0.0317	-0.0156	0.0574	-0.2323	0.6911	0.2318	-0.1194	-0.3647	-0.1392	0.5019	-0	0.7778	0.4105	0.2889	-2.35	-2.672	-1.9176	-0.2547	5.0042	23.6988
6	0.4477	0.5155	0.3196	0.3832	0.2708	0.5494	0.086	-0.4476	-0.067	0.3514	-0.1757	0.0804	-0.927	0.5594	-0	0.5102	-0.0252	0.0613	0.0388	-0.0449	0.1913	1.8337	-7.154	23.524
7	-0	0.0087	-0.0543	0.0601	0.0591	0.0595	-0.2653	-1.1727	0.438	0.2491	0.1007	0.2126	-0.5323	-0.019	-0	0.7299	-0.2459	-0.008	0.4749	-0.0628	0.3125	15.9542	-5.1063	25.2513
8	0.3289	0.1153	0.1771	0.2571	-0.3636	0.1642	0.3283	-0.0666	-0.0604	-0.2898	0.0601	-0.3134	-0.9254	-0.0212	0	0.4066	-0.0735	-0.0042	0.3453	0.0057	0.248	10.3253	-7.4383	-3.4673
9	0.2881	0.2102	-0.1472	0.1822	0.0633	0.3392	-0.0422	0.4451	0.0908	-0.2178	-0.2934	0.034	-0.199	-0.3172	-0	0.2645	-0.0037	0.0333	0.2508	-0.0168	0.2173	5.1101	-13.6824	-4.2982
10	0.0143	-0.0349	-0.0017	0.0099	-0.0012	0.0079	0.1931	-0.089	-0.4722	-0.5352	-0.3696	0.0937	0.6933	0.3088	-0	-2.5127	0.0455	0.6457	1.025	-0.0895	0.3704	25.0715	-19.9542	-5.2705
11	0.0022	0.0014	-0.0207	-0.0091	0.0041	-0.0002	-0.0797	-0.1958	0.131	-0.2226	-0.0509	-0.3426	-0.0395	0.0732	0	0.3663	-0.0369	0.0775	0.5594	0.0755	0.447	19.4678	-25.5239	-12.1885
12	0.0176	0.0057	-0.02	0.0641	0.0425	0.0361	-0.1062	0.5075	0.0633	-0.5071	-0.4873	0.1149	0.1562	-0.209	0	0.3568	0.0269	-0.0559	0.321	-0.156	0.4131	2.2549	-20.7956	-11.9448
13	0.285	-0.2293	-0.1161	0.2657	-0.3403	0.2872	-0.2069	0.2471	0.488	-0.8275	-0.5805	-0.1695	-1.3489	0.4223	0	0.2671	-0.1874	0.0342	0.4879	0.1287	0.2702	17.7813	-10.2456	-0.9202
14	0.2496	0.0471	0.1285	0.0961	-0.1859	0.1172	-0.7507	-0.8213	-0.2432	0.8053	0.0289	-0.2895	0.756	1.8621	0	0.1081	-0.3941	-0.2392	0.579	0.1104	0.2296	22.6947	-13.9897	17.0411
15	0.0089	-0.0326	-0.0461	0.069	0.0105	0.031	0.0645	-0.281	-0.5059	0.3381	-0.3076	0.0186	-0.0145	0.4342	0	0.3261	-0.0169	-0.1063	0.0671	0.0524	0.3267	9.9061	-19.9025	16.7008
16	-0.1831	-0.0653	-0.1614	0.1191	-0.1501	0.1503	0.3646	-2.1203	-0.4221	0.2182	0.0032	-0.1458	-0.6969	-0.4241	0	0.5286	0.0593	0.0925	0.213	-0.1522	0.1796	-4.7238	-7.8057	33.4312
17	0.0813	-0.1282	-0.1093	0.1242	0.0082	0.0903	-0.2059	-0.2183	0.0196	0.4245	0.0269	-0.423	0.2699	0.5334	-0	0.6114	-0.113	0.0391	0.4085	0.1637	0.3857	3.9108	-22.407	31.8883
18	0.0247	0.0574	-0.0103	0.0308	0.0274	0.049	0.0939	0.0229	-0.2313	-0.4072	0.0204	-0.0707	-0.0978	0.2257	0	0.3923	-0.3172	-0.2415	-0.641	-0.1897	0.5104	-7.0002	-22.9454	13.9719
19	0.0421	0.0246	0.0049	0.0238	-0.0075	0.0026	0.0379	-0.1127	-0.1586	-0.2041	-0.229	0.0874	0.082	-0.1719	0	0.3744	-0.0193	0.0327	0.4567	0.0387	0.2343	-8.2282	-14.0711	-2.4433
20	0.0153	-0.0192	0.0017	0.0062	0.021	0.0137	0.2311	0.1404	0.4486	-0.315	0.1869	-0.0547	-0.258	0.0014	-0	0.429	0.1263	-0.1464	0.7332	-0.0561	0.5039	-9.2825	-5.6879	-12.1495
21	0.361	0.4531	0.107	0.1727	0.0105	0.3296	0.0823	-0.1551	-0.0682	0.1529	-0.0057	-0.0313	-0.1037	-0.0612	0	0.2107	0.0197	0.0145	0.1997	0.0122	0.2272	11.2275	27.1433	4.2732
22	0.0265	-0.0244	-0.0042	0.0353	-0.0401	0.1028	-0.1123	-0.3194	-0.0667	0.6095	-0.0607	0.0682	0.5082	-0.0383	0	0.367	-0.0149	-0.0768	0.5984	0.0936	0.5074	22.5854	18.9665	16.0838
23	0.0228	-0.0144	0.0307	0.0676	0.0019	0.0777	0.5442	-1.2886	-0.8398	0.1024	0.3169	0.0135	0.6569	0.2564	-0	0.4385	0.0019	-0.2024	-0.1867	0.1725	0.6181	16.3992	12.3723	3.8
24	0.7005	0.1954	0.4001	0.6896	-0.5518	0.3539	0.0483	-0.3535	-0.169	0.3519	0.3138	0.0535	0.5743	0.0024	-0	0.1821	-0.0422	0.0004	0.4162	0.1582	0.3448	6.1578	21.8765	6.9054
25	0.0182	-0.0278	-0.0404	0.0217	0.0138	-0.0133	-0.2507	0.364	-0.2161	-0.3765	-0.0231	-0.0152	0.2951	-0.2946	-0	0.5108	-0.1601	-0.1663	0.3163	0.1088	0.585	7.5479	9.491	-4.0638
26	0.7357	-0.0922	0.305	0.7555	0.9345	0.7041	0.5687	0.6285	-0.4226	0.0264	0.2297	0.2366	0.0094	-0.6853	-0	0.1675	-0.0793	-0.0695	0.0577	0.0895	0.3585	9.1946	21.7961	-7.8249
27	-0.0064	0.1437	-0.0225	0.1061	-0.0438	0.0855	0.3845	0.2911	-0.4662	0.1906	-0.2243	0.3371	0.7273	-0.5322	-0	0.382	0.0818	-0.1553	0.3484	-0.1696	0.6549	17.6874	17.2702	-16.2066
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30	0.0023	0.0127	0.0275	0.0148	-0.0014	-0.0226	0.0139	0.3911	0.4092	0.2168	-0.1813	0.1912	-0.5427	-0.3896	0	0.426	0.0052	0.0333	0.5207	0.1644	0.5656	48.0168	36.5835	-11.7985
31	0.2034	-0.0356	0.1072	0.0637	0.0965	0.0567	-0.1771	0.1034	-0.439	0.2907	-0.336	-0.9824	-0.2368	0.4655	0	0.3366	-0.1117	-0.0286	0.4469	-0.1236	0.3671	41.6197	36.1975	6.708
32	0.3305	-0.2392	-0.1206	0.1896	-0.3141	0.3011	0.4921	-0.1446	-1.398	0.7847	-0.5393	-1.2806	-0.237	0.7227	0	-0.0967	0.3142	0.1931	0.254	-0.261	0.2985	37.7518	24.6071	-9.7757
33	0.0274	0.0436	0.0208	0.0447	0.0802	0.0977	0.4104	1.0856	0.1917	-0.7501	0.6234	0.5464	0.2326	-0.9771	0	0.3326	0.1212	-0.0259	0.2899	-0.3849	0.1946	20.8635	23.0669	-25.9052
34	0.1265	-0.0649	-0.1431	0.0127	-0.1944	0.1218	-0.0793	0.5916	0.1289	-1.3835	0.212	0.5343	-0.9356	1.1007	0	-0.4166	0.3046	0.1112	0.2617	-0.0976	0.2592	26.0614	31.4688	-17.5996
35	0.2753	0.1112	0.076	0.1599	-0.0432	0.0073	0.2104	1.8758	0.1698	-0.2433	0.0177	0.1653	-0.4809	-0.1125	0	0.4624	0.0933	0.0655	-0.4618	0.0486	0.2583	19.8042	34.4161	-15.9528
36	0.121	-0.0629	0.2306	0.2427	-0.0082	-0.0564	0.4172	-0.1586	-0.659	-0.0559	0.1031	0.02	1.0123	-2.9533	-0	-0.8206	0.3566	0.0521	0.1932	0.0201	0.444	-2.4145	23.0178	-4.5203
37	0.1618	0.0234	-0.0041	0.0586	-0.1103	0.0673	0.0098	0.9252	0.2994	-0.2593	-0.0988	0.4542	-0.2897	-0.4981	-0	0.4284	0.1067	0.0648	0.2757	0.1059	0.5445	2.1618	36.7733	-11.7934
38	0.0405	-0.0181	-0.0102	-0.0008	0.0233	0.0333	0.0331	0.0675	0.3205	0.4052	-0.0346	-0.3534	-0.3882	0.0486	-0	0.3366	-0.0049	0.0943	0.3313	-0.0625	0.4237	13.6116	37.5634	5.7811
39	0.0163	0.0036	-0.0073	0.0193	-0.013	0.016	-0.1169	-0.0392	-0.0891	-0.0386	-0.1312	-0.2415	-0.1686	0.0074	0	0.154	0.0201	-0.026	0.6487	-0.024	0.2042	29.7421	27.3845	15.8741
40	0.0039	-0.0044	-0.0057	0.0032	-0.0101	0.0089	-0.3622	0.1274	-0.2762	-0.0894	-0.0716	-0.1844	0.0407	0.0726	0	0.4326	0.0104	0.0043	0.6107	-0.0295	0.4387	36.833	18.0829	19.4791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:10)	A	5 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 11:23)	A	11 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 24:68)	A	24 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 69:110)	A	69 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 111:119)	A	111 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 120:161)	A	120 - 161
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 162:177)	A	162 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 178:197)	A	178 - 197
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 198:221)	A	198 - 221
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 222:230)	A	222 - 230
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 231:236)	A	231 - 236
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 237:249)	A	237 - 249
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 250:272)	A	250 - 272
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 273:326)	A	273 - 326
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 327:339)	A	327 - 339
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 340:365)	A	340 - 365
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 394:407)	A	394 - 407
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 408:413)	A	408 - 413
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 414:420)	A	414 - 420
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 421:429)	A	421 - 429
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 5:36)	B	5 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 52:68)	B	52 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 69:83)	B	69 - 83
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 84:110)	B	84 - 110
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 111:119)	B	111 - 119
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 120:167)	B	120 - 167
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 168:181)	B	168 - 181
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 182:197)	B	182 - 197
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 198:224)	B	198 - 224
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 225:233)	B	225 - 233
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 234:249)	B	234 - 249
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 250:272)	B	250 - 272
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 273:293)	B	273 - 293
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 294:322)	B	294 - 322
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 323:338)	B	323 - 338
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 339:364)	B	339 - 364
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 394:407)	B	394 - 407
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 408:413)	B	408 - 413
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 414:423)	B	414 - 423
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 424:429)	B	424 - 429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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