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- PDB-4pl6: Structure of the chromodomain of MRG2 in complex with H3K4me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pl6
タイトルStructure of the chromodomain of MRG2 in complex with H3K4me3
要素
  • At1g02740
  • H3K4me3
キーワードTRANSCRIPTION / chromo domain / H3K4me3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-day photoperiodism, flowering / euchromatin binding / rDNA protrusion / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / methylated histone binding / epigenetic regulation of gene expression / promoter-specific chromatin binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity ...regulation of long-day photoperiodism, flowering / euchromatin binding / rDNA protrusion / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / methylated histone binding / epigenetic regulation of gene expression / promoter-specific chromatin binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / : / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain ...Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / : / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / SH3 type barrels. / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Protein MRG2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.681 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Huang, Y.
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2014
タイトル: Regulation of arabidopsis flowering by the histone mark readers MRG1/2 via interaction with CONSTANS to modulate FT expression.
著者: Bu, Z. / Yu, Y. / Li, Z. / Liu, Y. / Jiang, W. / Huang, Y. / Dong, A.W.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Experimental preparation
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: At1g02740
B: At1g02740
C: H3K4me3
D: H3K4me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8234
ポリマ－20,8234
非ポリマー00
水2,378132
1
A: At1g02740
C: H3K4me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4122
ポリマ－10,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4300 Å2
手法PISA
2
B: At1g02740
D: H3K4me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4122
ポリマ－10,4122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.231, 54.231, 127.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 At1g02740 / MRG family protein


分子量: 9118.196 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-123 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g02740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4V3E2
#2: タンパク質・ペプチド H3K4me3


分子量: 1293.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59169*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 9% PEG 6K, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 23375 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 36.1

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.681→24.965 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 1962 8.39 %
Rwork0.1905 --
obs0.1925 23374 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.681→24.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1032 0 0 132 1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.961454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.257384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.681-1.72280.34551320.27991480X-RAY DIFFRACTION94
1.7228-1.76940.30531410.23991487X-RAY DIFFRACTION94
1.7694-1.82140.281370.21821534X-RAY DIFFRACTION97
1.8214-1.88020.23571440.20671558X-RAY DIFFRACTION97
1.8802-1.94740.21941420.20381544X-RAY DIFFRACTION99
1.9474-2.02530.1921460.19071542X-RAY DIFFRACTION98
2.0253-2.11750.2041420.18171553X-RAY DIFFRACTION99
2.1175-2.2290.23891350.18741569X-RAY DIFFRACTION99
2.229-2.36860.23951420.20381581X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.55130.20891450.20821542X-RAY DIFFRACTION99
2.5513-2.80770.24361490.21171560X-RAY DIFFRACTION99
2.8077-3.21330.22921410.18871553X-RAY DIFFRACTION97
3.2133-4.04560.19061400.17711500X-RAY DIFFRACTION95
4.0456-24.96750.18151260.17071409X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.3538 Å / Origin y: -7.2763 Å / Origin z: -18.5091 Å
111213212223313233
T0.1374 Å2-0.0187 Å2-0.0076 Å2-0.1533 Å2-0.0133 Å2--0.1578 Å2
L0.4475 °20.4715 °20.3333 °2-0.4914 °20.1957 °2--0.7861 °2
S-0.0407 Å °-0.0274 Å °0.0514 Å °-0.0264 Å °-0.0389 Å °0.0402 Å °0.0603 Å °0.0537 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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