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万見
- PDB-4pj2: Crystal structure of Aeromonas hydrophila PliI in complex with Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pj2
タイトルCrystal structure of Aeromonas hydrophila PliI in complex with Meretrix lusoria lysozyme
要素
  • Lysozyme
  • Putative exported protein
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / Lysozyme / Lysozyme inhibitor / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / metabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Periplasmic lysozyme inhibitor, I-type / PliI superfamily / Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Invertebrate-type lysozyme / Destabilase / Invertebrate (I)-type lysozyme domain profile. / Lysozyme - #10 / Lipocalin / Lysozyme ...Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Periplasmic lysozyme inhibitor, I-type / PliI superfamily / Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Invertebrate-type lysozyme / Destabilase / Invertebrate (I)-type lysozyme domain profile. / Lysozyme - #10 / Lipocalin / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative exported protein / Lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (バクテリア)
Meretrix lusoria (ハマグリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Yoneda, K. / Ogata, M. / Usui, T. / Michiels, C.W. / Araki, T. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of the proteinaceous inhibitor PliI from Aeromonas hydrophila in complex with its target lysozyme.
著者: Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Yoneda, K. / Ogata, M. / Usui, T. / Araki, T. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2014年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative exported protein
B: Putative exported protein
C: Lysozyme
D: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4068
ポリマ－56,1744
非ポリマー2334
水10,899605
1
A: Putative exported protein
D: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2955
ポリマ－28,0872
非ポリマー2083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
2
B: Putative exported protein
C: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1113
ポリマ－28,0872
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.933, 77.667, 69.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative exported protein / Periplasmic lysozyme inhibitor of i-type lysozyme


分子量: 14690.225 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-145 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (バクテリア)
株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_1205 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A0KHJ5
#2: タンパク質 Lysozyme / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase


分子量: 13396.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Meretrix lusoria (ハマグリ) / 参照: UniProt: P86383, lysozyme
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M DL-malic acid/MES/Tris-base cocktail buffer at pH 5.0 and 25% w/v PEG 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→47.8 Å / Num. obs: 144102 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 10.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.24→47.8 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1678 1457 1.01 %
Rwork0.1483 --
obs0.1485 144031 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 14 605 4311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2895445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0591545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.24-1.28380.28841420.26813129X-RAY DIFFRACTION88
1.2838-1.33520.2241400.21913866X-RAY DIFFRACTION93
1.3352-1.39590.20511310.17814016X-RAY DIFFRACTION94
1.3959-1.46950.18351630.157314158X-RAY DIFFRACTION95
1.4695-1.56160.16681330.145514238X-RAY DIFFRACTION96
1.5616-1.68220.18041430.126114388X-RAY DIFFRACTION96
1.6822-1.85150.15411560.121114424X-RAY DIFFRACTION97
1.8515-2.11940.16591460.121314601X-RAY DIFFRACTION98
2.1194-2.67020.15521490.142114741X-RAY DIFFRACTION98
2.6702-47.840.16211540.155815013X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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