PDB-4pip: Engineered EgtD variant EgtD-M252V,E282A in complex with tryptoph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pip

タイトル

Engineered EgtD variant EgtD-M252V,E282A in complex with tryptophan and SAH

要素

Histidine-specific methyltransferase EgtD

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / ergothioneine / histidine betaine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-histidine Nalpha-methyltransferase / L-histidine N(alpha)-methyltransferase activity / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vit, A. / Seebeck, F.P. / Blankenfeldt, W.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD Reveals the Structural Basis of Aromatic Amino Acid Betaine Biosynthesis.
著者: Vit, A. / Misson, L. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pip.cif.gz	729.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pip.ent.gz	611.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pimC 4pinC 4pioSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tv4-1 5r1u-d 4y50-d 3s3f-1 5p3c-d 5rcu-d 5r33-d 5p2x-d 2x4f-2 4kup-d 5isj-d 3psy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine-specific methyltransferase EgtD

B: Histidine-specific methyltransferase EgtD

C: Histidine-specific methyltransferase EgtD

D: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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2

B: Histidine-specific methyltransferase EgtD

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3

C: Histidine-specific methyltransferase EgtD

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4

D: Histidine-specific methyltransferase EgtD

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.045, 67.634, 112.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histidine-specific methyltransferase EgtD / Histidine-alpha-N-methyltransferase 分子量: 35192.594 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S, M252V, E282A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase

#1: タンパク質

Histidine-specific methyltransferase EgtD / Histidine-alpha-N-methyltransferase

分子量: 35192.594 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A, A29T, P30Q, A75S, M252V, E282A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 607 / 遺伝子: egtD, MSMEG_6247, MSMEI_6086 / プラスミド: pET19m / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0R5M8, L-histidine Nalpha-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1380分子

#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M magnesium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→41.856 Å / Num. all: 103604 / Num. obs: 103604 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.22 Å² / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 5.286 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 391092

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	3.7	0.587	1.3	56192	15045	0.351	0.587	2.1	99.9
1.9-2.01	3.7	0.399	1.9	52614	14241	0.24	0.399	3	100
2.01-2.15	3.9	0.285	2.7	51896	13391	0.166	0.285	4.3	99.9
2.15-2.32	3.7	0.203	3.7	46196	12508	0.122	0.203	5.6	100
2.32-2.55	3.8	0.152	4.9	43871	11494	0.089	0.152	7.1	100
2.55-2.85	3.9	0.116	6.2	40356	10422	0.068	0.116	8.9	100
2.85-3.29	3.7	0.085	7.7	34275	9187	0.05	0.085	11.7	99.9
3.29-4.02	3.9	0.064	9	30641	7825	0.036	0.064	15.9	100
4.02-5.69	3.7	0.055	9.1	22573	6087	0.032	0.055	17.2	100
5.69-41.856	3.7	0.043	9.6	12478	3404	0.025	0.043	15.6	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4PIO

4pio

解像度: 1.8→41.856 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	5270	5.09 %
R_work	0.194	98267	-
obs	0.1964	103537	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.36 Å² / B_iso mean: 24.4662 Å² / B_iso min: 5.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→41.856 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9602	0	282	1369	11253
B_iso mean	-	-	19.27	29.66	-
残基数	-	-	-	-	1258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.104	13708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.349	3631

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3636	151	0.2776	3279	3430	100
1.8205-1.8419	0.3002	188	0.2725	3268	3456	100
1.8419-1.8643	0.356	153	0.2642	3224	3377	100
1.8643-1.8879	0.2991	161	0.2511	3309	3470	100
1.8879-1.9128	0.27	169	0.2401	3215	3384	100
1.9128-1.939	0.2902	157	0.2338	3311	3468	100
1.939-1.9667	0.279	182	0.2287	3248	3430	100
1.9667-1.996	0.2757	163	0.2184	3286	3449	100
1.996-2.0272	0.2811	209	0.2174	3189	3398	100
2.0272-2.0605	0.2571	170	0.2085	3276	3446	100
2.0605-2.096	0.2566	160	0.1954	3275	3435	100
2.096-2.1341	0.2372	186	0.1937	3262	3448	100
2.1341-2.1752	0.2263	186	0.1878	3264	3450	100
2.1752-2.2196	0.2424	172	0.1872	3266	3438	100
2.2196-2.2678	0.2557	179	0.1823	3277	3456	100
2.2678-2.3206	0.2716	158	0.1777	3266	3424	100
2.3206-2.3786	0.2175	166	0.1792	3269	3435	100
2.3786-2.4429	0.2621	181	0.1732	3268	3449	100
2.4429-2.5148	0.2327	168	0.1735	3287	3455	100
2.5148-2.5959	0.2431	181	0.1764	3280	3461	100
2.5959-2.6887	0.2506	188	0.1775	3243	3431	100
2.6887-2.7963	0.2367	178	0.1762	3292	3470	100
2.7963-2.9236	0.2305	190	0.1794	3254	3444	99
2.9236-3.0777	0.2619	187	0.1789	3279	3466	100
3.0777-3.2704	0.1977	168	0.1699	3290	3458	100
3.2704-3.5228	0.2141	166	0.1647	3301	3467	100
3.5228-3.8771	0.1686	195	0.1646	3282	3477	100
3.8771-4.4376	0.1974	186	0.171	3305	3491	100
4.4376-5.5888	0.24	183	0.1937	3336	3519	100
5.5888-41.8672	0.2544	189	0.2658	3366	3555	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3317	-0.4503	-0.4857	0.5239	0.1788	0.9335	-0.0141	0.1181	0.0992	0.0083	0.0119	0.051	-0.1172	0.0343	0.0209	0.1251	-0.0198	-0.0162	0.0713	-0.0102	0.1058	7.5149	-1.0193	-38.2534
2	1.11	-0.1287	-0.9521	1.2015	-0.2673	0.824	0.0768	0.1564	0.1478	0.1096	-0.1066	-0.1096	-0.1435	0.1159	0.0481	0.1551	-0.0135	-0.021	0.1832	0.0575	0.1015	15.5018	4.7935	-48.2407
3	3.031	-0.9404	-0.3898	1.4541	0.181	0.9587	-0.1204	0.1931	-0.2691	0.0931	-0.0251	0.225	0.0907	-0.0536	0.0217	0.0621	-0.0112	-0.0096	0.0018	-0.0253	0.0851	1.1354	-8.139	-37.6401
4	1.6806	0.0727	-0.1012	1.7018	-0.5231	1.2408	-0.0454	-0.0536	-0.0124	0.1273	0.002	-0.4746	-0.0894	0.0013	0.0339	0.1419	0.0225	-0.0383	0.0696	0.008	0.1808	-22.3447	33.593	-20.0815
5	0.863	0.1574	-0.7037	1.1793	0.7893	2.4924	-0.0454	-0.251	-0.0248	-0.0989	-0.0074	0.1967	0.0512	-0.2785	0.0498	0.1606	0.0012	0.0015	0.2506	0.0558	0.1162	-40.201	26.4036	-5.4755
6	1.1819	-0.1635	-0.3264	1.4024	0.1836	0.4732	-0.0382	-0.4103	0.2478	0.0642	-0.0193	-0.0045	-0.0115	-0.07	0.0331	0.1064	0.0103	-0.0134	0.1895	-0.0415	0.0898	-36.8665	37.5917	-4.0041
7	1.5632	0.6878	0.1043	1.6415	-0.6411	1.2284	-0.1033	-0.0836	-0.2409	-0.1692	0.0142	-0.2688	0.2147	-0.0285	0.0267	0.0586	0.0446	0.0206	0.0519	0.0169	0.1526	-22.3017	25.2359	-15.395
8	4.3094	1.2238	-1.2807	1.5734	-0.6159	1.321	-0.0028	0.1699	0.4604	-0.0857	0.0421	0.3769	-0.4984	-0.1265	-0.0673	0.364	-0.0016	-0.0563	0.4111	-0.0158	0.3848	5.4014	44.0345	-13.7279
9	4.0671	-0.9086	-0.4866	2.2746	-0.0588	1.6883	-0.0278	-0.163	0.069	-0.1054	-0.0908	0.2029	-0.0485	-0.1717	0.0717	0.1717	0.0044	0.0177	0.1586	-0.0378	0.1335	13.1392	30.5034	-6.4695
10	1.6635	0.4761	-1.5205	0.4148	0.2189	2.2809	-0.1641	0.1335	-0.4202	0.0799	-0.1884	-0.0895	0.2	0.0122	0.31	0.1953	0.0288	0.0294	0.1271	0.0032	0.2227	26.595	25.8595	-22.3827
11	1.125	-0.098	-0.1208	0.6567	0.2003	0.9767	-0.0123	-0.0209	0.0513	0.0561	-0.0966	0.1444	-0.041	-0.1661	0.0959	0.1926	-0.0059	-0.0014	0.1498	-0.021	0.1847	14.2482	31.0022	-15.0906
12	1.55	0.2712	-0.3678	1.0084	-1.0267	2.3817	0.0411	-0.0481	0.3224	0.1731	-0.0828	0.2015	0.0308	-0.7019	0.1117	0.1778	-0.0215	0.0475	0.3505	-0.0595	0.3043	0.0098	27.9426	-5.3004
13	3.0174	0.4133	0.5446	0.9457	0.899	2.9076	-0.0475	0.2491	-0.2707	-0.2502	0.0726	-0.1088	0.1119	0.1167	-0.0426	0.2215	-0.0106	0.0484	0.1481	-0.0204	0.2336	16.9238	17.4041	-27.1656
14	2.4004	0.7463	-0.2788	0.9675	0.3628	1.1496	-0.1288	0.0691	0.1792	-0.0474	0.1581	-0.1317	-0.1512	0.1715	-0.0337	0.1803	0.0012	-0.0163	0.0986	0.0028	0.1557	-35.087	-3.6941	-40.0804
15	2.5399	0.069	-0.4396	1.0898	0.4477	1.0733	0.0727	-0.0069	0.6142	-0.0505	0.0051	-0.0612	-0.2326	-0.0001	-0.0578	0.1863	0.0123	0.0003	0.1101	0.0042	0.2023	-40.877	-1.5097	-28.3928
16	1.1167	0.7396	0.5116	1.7584	1.1029	1.8636	-0.2135	0.3057	-0.0269	-0.2984	0.3654	-0.2681	-0.0978	0.3321	-0.0155	0.0881	-0.052	0.0441	0.1852	-0.0187	0.127	-31.1169	-11.1826	-43.4582
17	0.2913	-0.2382	-0.4431	0.3094	0.0053	0.4749	0.0355	-0.0647	0.174	-0.1644	0.3001	-0.0096	-0.3308	-0.0243	0.3311	0.0301	0.0022	-0.138	-0.0635	-0.1268	-0.0079	-10.7469	8.7485	-26.6494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 77 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 162 )	A	0
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 320 )	A	0
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 13 through 57 )	B	0
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 58 through 90 )	B	0
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 162 )	B	0
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 163 through 321 )	B	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 27 )	C	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 28 through 57 )	C	0
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 58 through 91 )	C	0
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 92 through 267 )	C	0
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 268 through 288 )	C	0
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 289 through 321 )	C	0
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 4 through 77 )	D	0
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 78 through 182 )	D	0
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 183 through 321 )	D	0
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 401 through 401 ) or chain 'B' and (resid 401 through 401 ) or chain 'C' and (resid 402 through 402 ) or chain 'D' and (resid 401 through 401 )	A	401
18	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 401 through 401 ) or chain 'B' and (resid 401 through 401 ) or chain 'C' and (resid 402 through 402 ) or chain 'D' and (resid 401 through 401 )	B	401
19	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 401 through 401 ) or chain 'B' and (resid 401 through 401 ) or chain 'C' and (resid 402 through 402 ) or chain 'D' and (resid 401 through 401 )	C	402
20	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 401 through 401 ) or chain 'B' and (resid 401 through 401 ) or chain 'C' and (resid 402 through 402 ) or chain 'D' and (resid 401 through 401 )	D	401

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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