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万見
- PDB-4phy: Functional conservation despite structural divergence in ligand-r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phy
タイトルFunctional conservation despite structural divergence in ligand-responsive RNA switches
要素
  • RNA (26-MER)
  • RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA (リボ核酸) / Viral genome / internal ribosome entry site (IRES) / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性酢酸塩 / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Seneca valley virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Boerneke, M.A. / Dibrov, S.M. / Hermann, T.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Functional conservation despite structural divergence in ligand-responsive RNA switches.
著者: Boerneke, M.A. / Dibrov, S.M. / Gu, J. / Wyles, D.L. / Hermann, T.
履歴
登録2014年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (26-MER)
B: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8976
ポリマ－14,7302
非ポリマー1674
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.611, 79.611, 100.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: RNA鎖 RNA (26-MER)


分子量: 8206.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Seneca valley virus (ウイルス)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6523.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Seneca valley virus (ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: KCl, Magnesium Acetate, PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→19.9 Å / Num. all: 3319 / Num. obs: 3167 / % possible obs: 88.15 % / 冗長度: 28 % / Net I/σ(I): 22.28
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 15.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 56.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.3_928) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.375 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 152 4.58 %Random selection
Rwork0.2148 ---
obs0.2173 3167 88.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.991 Å2 / ksol: 0.243 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.0187 Å2-0 Å20 Å2
2---14.0187 Å2-0 Å2
3---31.5952 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 974 10 0 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.071697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.489544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00548
LS精密化 シェル解像度: 3.1→19.3749 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 152 -
Rwork0.2148 3167 -
obs--88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.5746 Å / Origin y: -25.3019 Å / Origin z: -13.2805 Å
111213212223313233
T0.6227 Å2-0.0541 Å20.0644 Å2-0.5997 Å20.0467 Å2--0.6559 Å2
L2.1701 °20.1177 °2-1.0871 °2-2.6812 °2-0.4093 °2--1.6609 °2
S0.1863 Å °-0.2615 Å °-0.2015 Å °0.8412 Å °-0.0802 Å °1.1959 Å °-0.2822 Å °0.2079 Å °0.095 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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