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万見
- PDB-4pht: ATPase GspE in complex with the cytoplasmic domain of GspL from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pht
タイトルATPase GspE in complex with the cytoplasmic domain of GspL from the Vibrio vulnificus type II Secretion system
要素
  • General secretory pathway protein E
  • Type II secretion system protein L
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Type II secretion system, protein E, N-terminal domain / GspL cytoplasmic domain, C-terminal subdomain / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #380 / : / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Type II secretion system protein GspL / GspL, cytoplasmic actin-ATPase-like domain / GspL periplasmic domain ...: / Type II secretion system, protein E, N-terminal domain / GspL cytoplasmic domain, C-terminal subdomain / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #380 / : / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Type II secretion system protein GspL / GspL, cytoplasmic actin-ATPase-like domain / GspL periplasmic domain / Type II secretion system (T2SS), protein L / GspL periplasmic domain / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Beta-Lactamase / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Type II secretion system protein L / Type II secretion system protein E / Type II secretion system protein E / Type II secretion system protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Lu, C. / Korotkov, K. / Hol, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the full-length ATPase GspE from the Vibrio vulnificus type II secretion system in complex with the cytoplasmic domain of GspL.
著者: Lu, C. / Korotkov, K.V. / Hol, W.G.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Type II secretion system protein L
A: General secretory pathway protein E
Y: Type II secretion system protein L
B: General secretory pathway protein E
Z: Type II secretion system protein L
C: General secretory pathway protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,31215
ポリマ－250,5246
非ポリマー1,7889
水28816
1
X: Type II secretion system protein L
A: General secretory pathway protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1045
ポリマ－83,5082
非ポリマー5963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area31270 Å2
手法PISA
2
Y: Type II secretion system protein L
B: General secretory pathway protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1045
ポリマ－83,5082
非ポリマー5963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area31510 Å2
手法PISA
3
Z: Type II secretion system protein L
C: General secretory pathway protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1045
ポリマ－83,5082
非ポリマー5963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area31220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)226.430, 133.900, 93.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13X
23Y
14X
24Z
15A
25B
16A
26C
17B
27C
18Y
28Z
19B
29C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSAB96 - 49797 - 498
21ASPASPLYSLYSBD96 - 49797 - 498
12ASPASPLYSLYSAB96 - 49797 - 498
22ASPASPLYSLYSCF96 - 49797 - 498
13SERSERPROPROXA2 - 2353 - 236
23SERSERPROPROYC2 - 2353 - 236
14SERSERPROPROXA2 - 2353 - 236
24SERSERPROPROZE2 - 2353 - 236
15ARGARGALAALAAB13 - 7614 - 77
25ARGARGALAALABD13 - 7614 - 77
16ARGARGALAALAAB13 - 7614 - 77
26ARGARGALAALACF13 - 7614 - 77
17ASPASPLYSLYSBD96 - 49797 - 498
27ASPASPLYSLYSCF96 - 49797 - 498
18SERSERPROPROYC2 - 2353 - 236
28SERSERPROPROZE2 - 2353 - 236
19ARGARGGLNGLNBD12 - 7813 - 79
29ARGARGGLNGLNCF12 - 7813 - 79

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 XYZABC

#1: タンパク質 Type II secretion system protein L / T2SS protein L


分子量: 27451.859 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 5-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: gspL, VV1_0869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DDT8, UniProt: A0A3Q0L2T9*PLUS
#2: タンパク質 General secretory pathway protein E


分子量: 56056.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: gspE, VV1_0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DDT1, UniProt: A0A3Q0L2V2*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 25分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→43.22 Å / Num. obs: 72192 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.96 % / Net I/σ(I): 10.41

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.83→43.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 18.491 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.386 / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27977 3317 5.1 %RANDOM
Rwork0.24763 ---
obs0.24923 62082 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1 Å20 Å20.04 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3----5.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.83→43.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15337 0 99 16 15452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01915690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0215176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9781.97321285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.106334832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.28251970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52724.072663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.711152681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.84915114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02117648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4055.7227961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4035.7217960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4468.5699904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4468.579905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6066.0437729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6066.0437730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9118.90811381
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.21753.12461196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.21753.11661187
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A229520.08
12B229520.08
21A228350.09
22C228350.09
31X126590.1
32Y126590.1
41X124570.1
42Z124570.1
51A32240.05
52B32240.05
61A32450.06
62C32450.06
71B232940.07
72C232940.07
81Y129870.07
82Z129870.07
91B33370.08
92C33370.08
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.903 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 227 -
Rwork0.333 4628 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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