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- PDB-4phi: Crystal structure of HEWL with hexatungstotellurate(VI) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phi
タイトルCrystal structure of HEWL with hexatungstotellurate(VI)
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / polyoxometalate / Anderson Evans type
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 6-tungstotellurate(VI) / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.811 Å
データ登録者Bijelic, A. / Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Hen Egg-White Lysozyme Crystallisation: Protein Stacking and Structure Stability Enhanced by a Tellurium(VI)-Centred Polyoxotungstate.
著者: Bijelic, A. / Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Al-Oweini, R. / Kortz, U. / Rompel, A.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 2.02024年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
B: Lysozyme C
C: Lysozyme C
D: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,59021
ポリマ－57,3254
非ポリマー13,26517
水11,638646
1
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7356
ポリマ－14,3311
非ポリマー3,4035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
3
B: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4508
ポリマ－14,3311
非ポリマー8,1197
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3773
ポリマ－14,3311
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0284
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.010, 60.010, 261.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-302-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 663分子

#2: 化合物
ChemComp-TEW / 6-tungstotellurate(VI)


分子量: 1614.626 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O24TeW6
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 1.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0207 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0207 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.811→29.25 Å / Num. obs: 80356 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 15.72
反射 シェル解像度: 1.81→1.859 Å / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 1.702 / Num. measured obs: 80356 / Num. unique all: 4520 / Rsym value: 1.7 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.811→29.247 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 4149 4.99 %
Rwork0.187 --
obs0.1876 83164 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.811→29.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3868 0 268 646 4782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7176388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2091381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8105-1.83110.30151340.2592591X-RAY DIFFRACTION100
1.8311-1.85260.25691390.2542630X-RAY DIFFRACTION100
1.8526-1.87520.25481390.25222707X-RAY DIFFRACTION100
1.8752-1.89890.22541350.24392579X-RAY DIFFRACTION100
1.8989-1.92390.24381380.24652655X-RAY DIFFRACTION100
1.9239-1.95030.24541400.23872632X-RAY DIFFRACTION100
1.9503-1.97810.21821370.22712629X-RAY DIFFRACTION100
1.9781-2.00760.25751340.22832640X-RAY DIFFRACTION100
2.0076-2.0390.22051390.21632600X-RAY DIFFRACTION100
2.039-2.07240.19421460.2192708X-RAY DIFFRACTION100
2.0724-2.10820.25421360.21392557X-RAY DIFFRACTION100
2.1082-2.14650.251410.21222664X-RAY DIFFRACTION100
2.1465-2.18770.21891450.21682628X-RAY DIFFRACTION100
2.1877-2.23240.24591380.20442655X-RAY DIFFRACTION100
2.2324-2.28090.24161360.20492610X-RAY DIFFRACTION100
2.2809-2.33390.21531370.20492609X-RAY DIFFRACTION100
2.3339-2.39230.23121400.19092676X-RAY DIFFRACTION100
2.3923-2.45690.20961380.20062601X-RAY DIFFRACTION100
2.4569-2.52920.18071390.19872649X-RAY DIFFRACTION100
2.5292-2.61080.19191440.1912659X-RAY DIFFRACTION100
2.6108-2.7040.18041430.18432609X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.81220.17661340.17932630X-RAY DIFFRACTION100
2.8122-2.94010.18921340.16792635X-RAY DIFFRACTION100
2.9401-3.09490.19881350.1752648X-RAY DIFFRACTION100
3.0949-3.28860.1871410.16342627X-RAY DIFFRACTION100
3.2886-3.54210.15891410.15632657X-RAY DIFFRACTION100
3.5421-3.89780.18891330.15912616X-RAY DIFFRACTION100
3.8978-4.46020.15281430.14282635X-RAY DIFFRACTION100
4.4602-5.61280.15941320.16922641X-RAY DIFFRACTION100
5.6128-29.25050.22161380.1952638X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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