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- PDB-4ph8: Crystal structure of AggA, the major subunit of aggregative adher... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ph8
タイトルCrystal structure of AggA, the major subunit of aggregative adherence fimbriae type I (AAF/I) from the Escherichia coli O4H104
要素Aggregative adherence fimbrial subunit AggA
キーワードCELL ADHESION / Beta sandwich / donor-strand complementation / fibronectin binding
機能・相同性Immunoglobulin-like - #2910 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O104:H4 str. C227-11 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
Model detailsstructure is linked with 4OR1
データ登録者Pakharukova, N.A. / Tuitilla, M. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of FinlandFA-136333 フィンランド
Academy of FinlandFA-140959 フィンランド
Erasmus MumdusTRIPLEI2011311 フィンランド
引用
ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structural Insight into Host Recognition by Aggregative Adherence Fimbriae of Enteroaggregative Escherichia coli.
著者: Berry, A.A. / Yang, Y. / Pakharukova, N. / Garnett, J.A. / Lee, W.C. / Cota, E. / Marchant, J. / Roy, S. / Tuittila, M. / Liu, B. / Inman, K.G. / Ruiz-Perez, F. / Mandomando, I. / Nataro, J.P. ...著者: Berry, A.A. / Yang, Y. / Pakharukova, N. / Garnett, J.A. / Lee, W.C. / Cota, E. / Marchant, J. / Roy, S. / Tuittila, M. / Liu, B. / Inman, K.G. / Ruiz-Perez, F. / Mandomando, I. / Nataro, J.P. / Zavialov, A.V. / Matthews, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Crystallization and sulfur SAD phasing of AggA, the major subunit of aggregative adherence fimbriae type I from the Escherichia coli strain that caused an outbreak of haemolytic-uraemic syndrome in Germany.
著者: Pakharukova, N. / Tuittila, M. / Zavialov, A.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aggregative adherence fimbrial subunit AggA
B: Aggregative adherence fimbrial subunit AggA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7224
ポリマ－33,5382
非ポリマー1842
水5,314295
1
A: Aggregative adherence fimbrial subunit AggA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8612
ポリマ－16,7691
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aggregative adherence fimbrial subunit AggA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8612
ポリマ－16,7691
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.832, 80.172, 91.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is a fimbriae made of polymerised of AggA subunits, and on the tip of the fimbriae minor subunit (AggB) is located. Assymmetric unit consists of two AggA subunits

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要素

#1: タンパク質 Aggregative adherence fimbrial subunit AggA / Aggregative adherence fimbriae / type I (AAF/I) / major subunit / AggA / Shiga-toxin producing E.coli


分子量: 16768.891 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 41-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O104:H4 str. C227-11 (大腸菌)
遺伝子: EUAG_05069 / プラスミド: pET101D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: G5TBZ9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 % / 解説: Single crystal, dimensions 0.6 mm x 0.2 mm
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 30% w/v PEG 8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.954
シンクロトロンESRF BM1421.75
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年10月11日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2012年10月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
21.751
反射解像度: 1.55→91.416 Å / Num. all: 40475 / Num. obs: 40475 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.038 / Net I/av σ(I): 14.273 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 170118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.634.30.78712473757580.4270.7872.195.8
1.63-1.734.30.4721.62352854840.2560.4723.396.4
1.73-1.854.30.26232225351990.1430.2625.796.7
1.85-24.30.1186.52073248600.0640.11811.197.2
2-2.194.20.06711.51901344950.0370.06718.397.7
2.19-2.454.20.04915.51725841050.0270.04923.798.1
2.45-2.834.10.03520.11516636660.0190.03532.198.5
2.83-3.474.10.02624.61264831170.0140.02646.298.7
3.47-4.940.01933.3967324400.0110.0195798.8
4.9-47.6563.80.01639.3511013510.0090.0165595.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.8.0071精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→55.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2224 / WRfactor Rwork: 0.1503 / FOM work R set: 0.8261 / SU B: 4.706 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1125 / SU Rfree: 0.1005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2319 1854 4.9 %RANDOM
Rwork0.1562 36021 --
obs0.1598 37875 90.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.87 Å2 / Biso mean: 24.834 Å2 / Biso min: 8.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→55.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 12 295 2549
Biso mean--36.87 36.96 -
残基数----300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9363155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73135096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6575300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.88225.87580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7515367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.754152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.052.221200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0532.2181199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8763.3331497
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.91734513
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.2725100
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.40454662
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 107 -
Rwork0.26 2205 -
all-2312 -
obs--76.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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