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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pgl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of engineered D-tagatose 3-epimerase PcDTE-ILS6 | ||||||
要素 | D-tagatose 3-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / epimerase / TIM-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas cichorii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Hee, C.S. / Bosshart, A. / Schirmer, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: Directed Divergent Evolution of a Thermostable D-Tagatose Epimerase towards Improved Activity for Two Hexose Substrates. 著者: Bosshart, A. / Hee, C.S. / Bechtold, M. / Schirmer, T. / Panke, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pgl.cif.gz | 468.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pgl.ent.gz | 386.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4pgl_validation.pdf.gz | 509 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4pgl_full_validation.pdf.gz | 524.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4pgl_validation.xml.gz | 48.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4pgl_validation.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/4pgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/4pgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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詳細 | The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33828.516 Da / 分子数: 4 変異: T9S,G39S,T109N,S116H,K122V,V153A,F157Y,Q183H,T194N,A215Q,M245I,K251T,G260C,M265L 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas cichorii (バクテリア) プラスミド: pKTS-C6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O50580, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 |
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-糖 , 3種, 13分子
#3: 糖 | ChemComp-SOL / #4: 糖 | ChemComp-SOE / #5: 糖 | ChemComp-LTG / |
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-非ポリマー , 2種, 372分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.1M MES, 10% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→36.85 Å / Num. obs: 69460 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QUL 解像度: 2.1→36.85 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→36.85 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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