PDB-4pfs: Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Myc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pfs

タイトル

Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Mycobacterium smegmatis

要素

Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

キーワード

LIGASE / SSGCID / COBYRINIC ACID A / C-DIAMIDE SYNTHASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Mycobacterium smegmatis
著者: Davies, D.R. / Fairman, J. / Abendroth, J.

履歴

登録	2014年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pfs.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pfs.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pfs_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pfs_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	4pfs_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4pfs_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1wcvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ihp-1 5if9-2 5ihp-2 3lun-1 3st3-3 4fk8-2 6n14-d 6w5f-1 6b5x-3 2b1q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.11416.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

B: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.810, 88.810, 122.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase 分子量: 29410.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / 遺伝子: MSMEG_1927 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QTQ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 100 MM TRIS PH 8.0; 10% MPD ADDED AS CRYOPROTECTANT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→80 Å / Num. obs: 22458 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.92
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BALBES		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1675)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WCV

1wcv

解像度: 2.3→39.72 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1046	4.82 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.171	22458	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3567	0	0	116	3683

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3673	-0.284	1.6975	2.1246	-0.3795	4.308	-0.0306	-0.3618	0.049	0.3534	0.1043	0.1868	-0.2775	-0.2859	-0.0436	0.2719	0.0382	0.043	0.1573	0.0181	0.2037	3.4157	-20.5598	-18.3676
2	1.8682	-0.4636	-0.1223	1.6568	0.5703	0.4281	-0.0882	0.3072	-0.4727	-0.2667	0.2638	-0.6308	-0.3276	0.7252	-0.0313	0.2811	-0.0243	0.0299	0.3601	-0.0444	0.365	21.0799	-21.208	-21.9663
3	3.3828	0.8379	0.7955	1.8639	1.0101	3.5828	0.1119	0.332	-0.2535	0.157	0.1348	0.0242	0.3555	0.453	-0.2067	0.2899	0.0703	-0.0352	0.1837	-0.0379	0.2392	6.954	-27.6468	-30.5189
4	3.9739	-0.2402	1.7356	5.253	-1.2339	6.1056	0.2941	0.9489	-0.0158	-0.7442	-0.1241	0.449	-0.4675	-0.5649	-0.1633	0.3055	0.062	-0.1068	0.4367	0.0433	0.313	-7.9629	-16.5149	-46.4893
5	0.6293	0.2813	0.7475	2.4998	-1.5405	4.5559	0.0971	-0.1568	-0.2172	-0.181	0.1376	0.678	-0.145	-0.2981	-0.2227	0.2322	0.0438	-0.0848	0.2266	-0.0088	0.2451	-7.9022	-21.1589	-36.9021
6	2.865	0.9513	1.2602	1.9462	0.1505	5.4389	0.2851	-0.1873	-0.4763	-0.2169	0.2638	0.4888	0.5985	-0.8095	-0.4066	0.3062	-0.0978	-0.0407	0.4182	0.1192	0.407	-11.4265	-28.973	-31.8565
7	3.3846	0.8873	0.4885	4.4763	1.2358	3.191	0.1843	-0.0075	0.0392	-0.1392	-0.2072	-0.5183	-0.034	0.33	0.0159	0.2028	0.0387	0.0208	0.2989	0.1118	0.196	-4.7289	18.1814	-45.6663
8	2.497	0.4624	0.1236	4.2428	1.6617	4.0345	0.1363	-0.1112	0.1533	0.3422	-0.2721	-0.4758	0.0468	0.2139	0.0388	0.2439	-0.0692	-0.0534	0.2488	0.0726	0.323	-2.0096	25.4399	-34.5922
9	4.6835	0.9602	-0.4353	4.0511	-1.2651	6.7298	0.2832	-0.028	0.2328	-0.0054	-0.5302	-0.782	-0.3673	1.032	0.2059	0.2613	-0.0948	-0.0674	0.3976	0.1562	0.3913	2.3348	27.3164	-37.217
10	3.801	-0.2087	0.4591	1.7358	0.2589	3.2343	0.0196	-0.3521	0.418	0.5141	-0.2885	0.1496	-0.8705	-0.4042	-0.1636	0.3275	-0.0042	0.0564	0.2422	-0.037	0.3389	-14.3111	30.1557	-32.9604
11	3.0784	-0.0904	-0.0067	2.1822	1.5577	2.8851	0.0437	0.0593	0.0525	0.0274	-0.2412	0.256	0.0308	-0.1165	0.2063	0.2138	-0.0038	-0.0095	0.2374	0.0708	0.1702	-15.079	18.4215	-43.9509
12	3.3115	-0.9139	-0.9163	3.9295	1.9293	2.0939	-0.0221	0.4168	-0.4521	-0.432	-0.0701	0.3698	0.2669	-0.0467	0.1837	0.3765	-0.0101	-0.0286	0.2843	-0.0147	0.2348	-13.3935	6.9028	-52.087
13	8.9769	0.9259	1.2886	4.8366	1.3001	2.1946	-0.3803	0.0573	0.0429	0.1986	0.1675	-0.4187	-0.1012	0.058	0.0843	0.3296	0.0419	-0.0127	0.3898	-0.015	0.2116	-6.7079	8.4621	-53.5737
14	0.6549	0.7621	0.4572	2.4582	0.8245	0.4276	-0.0799	0.2331	-0.5817	-0.5587	-0.1426	-0.479	0.166	0.3449	0.0862	0.4138	0.0353	0.1525	0.3495	0.0336	0.2712	-3.9183	15.8483	-58.3107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 96 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 191 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 192 through 210 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 211 through 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 243 through 271 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 37 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 96 through 122 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 123 through 178 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 179 through 211 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 212 through 242 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 243 through 271 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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