PDB-4pfq: Crystal structure of hypoxanthine phosphoribosyltransferase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pfq

タイトル

Crystal structure of hypoxanthine phosphoribosyltransferase from Brachybacterium faecium DSM 4810, NYSGRC Target 029763.

要素

Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brachybacterium faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of hypoxanthine phosphoribosyltransferase from Brachybacterium faecium DSM 4810, NYSGRC Target 0299763.
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2014年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月6日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pfq.cif.gz	576.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pfq.ent.gz	476.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pfq_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pfq_full_validation.pdf.gz	512 KB	表示
XML形式データ	4pfq_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	4pfq_validation.cif.gz	79.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfq	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2cyz-2 4g46-2 4xom-d 2gak-d 3hvu-d 3o3m-2 3vyh-1 1b8g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-029763

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: NYSGRC-029763

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

188 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
93.8 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
93.8 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

H: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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4

B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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5

D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

F: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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6

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

G: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.210, 123.587, 123.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	29 - 205	29 - 205
2	1	PRO	PRO	TYR	TYR	B	B	29 - 205	29 - 205
1	2	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	29 - 204	29 - 204
2	2	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	29 - 204	29 - 204
1	3	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	29 - 204	29 - 204
2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	29 - 204	29 - 204
1	4	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	29 - 204	29 - 204
2	4	PRO	PRO	VAL	VAL	E	E	29 - 204	29 - 204
1	5	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	29 - 204	29 - 204
2	5	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	29 - 204	29 - 204
1	6	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	29 - 205	29 - 205
2	6	PRO	PRO	TYR	TYR	G	G	29 - 205	29 - 205
1	7	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	29 - 204	29 - 204
2	7	PRO	PRO	VAL	VAL	H	H	29 - 204	29 - 204
1	8	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	29 - 204	29 - 204
2	8	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	29 - 204	29 - 204
1	9	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	29 - 204	29 - 204
2	9	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	29 - 204	29 - 204
1	10	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	29 - 204	29 - 204
2	10	PRO	PRO	VAL	VAL	E	E	29 - 204	29 - 204
1	11	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	29 - 204	29 - 204
2	11	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	29 - 204	29 - 204
1	12	PRO	PRO	TYR	TYR	B	B	29 - 205	29 - 205
2	12	PRO	PRO	TYR	TYR	G	G	29 - 205	29 - 205
1	13	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	29 - 204	29 - 204
2	13	PRO	PRO	VAL	VAL	H	H	29 - 204	29 - 204
1	14	PRO	PRO	TYR	TYR	C	C	29 - 205	29 - 205
2	14	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	29 - 205	29 - 205
1	15	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	24 - 207	24 - 207
2	15	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	24 - 207	24 - 207
1	16	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	24 - 207	24 - 207
2	16	VAL	VAL	ASP	ASP	F	F	24 - 207	24 - 207
1	17	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	29 - 204	29 - 204
2	17	PRO	PRO	VAL	VAL	G	G	29 - 204	29 - 204
1	18	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	24 - 207	24 - 207
2	18	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	24 - 207	24 - 207
1	19	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	29 - 205	29 - 205
2	19	PRO	PRO	TYR	TYR	E	E	29 - 205	29 - 205
1	20	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	29 - 205	29 - 205
2	20	PRO	PRO	TYR	TYR	F	F	29 - 205	29 - 205
1	21	PRO	PRO	VAL	VAL	D	D	29 - 204	29 - 204
2	21	PRO	PRO	VAL	VAL	G	G	29 - 204	29 - 204
1	22	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	29 - 205	29 - 205
2	22	PRO	PRO	TYR	TYR	H	H	29 - 205	29 - 205
1	23	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	24 - 207	24 - 207
2	23	VAL	VAL	ASP	ASP	F	F	24 - 207	24 - 207
1	24	PRO	PRO	VAL	VAL	E	E	29 - 204	29 - 204
2	24	PRO	PRO	VAL	VAL	G	G	29 - 204	29 - 204
1	25	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	24 - 207	24 - 207
2	25	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	24 - 207	24 - 207
1	26	PRO	PRO	VAL	VAL	F	F	29 - 204	29 - 204
2	26	PRO	PRO	VAL	VAL	G	G	29 - 204	29 - 204
1	27	VAL	VAL	ASP	ASP	F	F	24 - 207	24 - 207
2	27	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	24 - 207	24 - 207
1	28	PRO	PRO	VAL	VAL	G	G	29 - 204	29 - 204
2	28	PRO	PRO	VAL	VAL	H	H	29 - 204	29 - 204

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Hypoxanthine phosphoribosyltransferase 分子量: 23405.576 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brachybacterium faecium (バクテリア) 株: DSM 4810 / 遺伝子: Bfae_12790 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL 参照: UniProt: C7MC15, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Mg-chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.7 % / 数: 408245 / R_merge(I) obs: 0.117 / Χ²: 1.09 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 86164 / % possible obs: 95.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.7	50	1	0.086	1.125	5.3
4.52	5.7	1	0.087	1.041	5.4
3.95	4.52	1	0.095	1.159	5.4
3.59	3.95	1	0.108	1.015	5.3
3.33	3.59	1	0.115	1.038	5.1
3.14	3.33	1	0.121	0.939	4.9
2.98	3.14	1	0.134	0.918	4.7
2.85	2.98	1	0.153	1.017	4.7
2.74	2.85	1	0.181	1.058	4.6
2.65	2.74	1	0.186	1.066	4.6
2.56	2.65	1	0.212	1.098	4.6
2.49	2.56	1	0.244	1.161	4.5
2.42	2.49	1	0.276	1.169	4.5
2.37	2.42	1	0.315	1.146	4.5
2.31	2.37	1	0.328	1.133	4.5
2.26	2.31	1	0.405	1.177	4.4
2.22	2.26	1	0.447	1.183	4.4
2.18	2.22	1	0.484	1.158	4.4
2.14	2.18	1	0.556	1.184	4.5
2.1	2.14	1	0.644	1.193	4.4

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.637
1	1	-h,-k,l	2	0.363

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 86164 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.117 / Χ²: 1.094 / Net I/av σ(I): 10.404 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 408245

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	4.4	0.644	4154	1.193	92.1
2.14-2.18	4.5	0.556	4160	1.184	93.6
2.18-2.22	4.4	0.484	4179	1.158	93.1
2.22-2.26	4.4	0.447	4164	1.183	93.8
2.26-2.31	4.4	0.405	4187	1.177	92.9
2.31-2.37	4.5	0.328	4199	1.133	93.7
2.37-2.42	4.5	0.315	4189	1.146	93.2
2.42-2.49	4.5	0.276	4159	1.169	93.7
2.49-2.56	4.5	0.244	4281	1.161	94.4
2.56-2.65	4.6	0.212	4198	1.098	94.8
2.65-2.74	4.6	0.186	4278	1.066	95
2.74-2.85	4.6	0.181	4340	1.058	96
2.85-2.98	4.7	0.153	4347	1.017	97.4
2.98-3.14	4.7	0.134	4394	0.918	98.3
3.14-3.33	4.9	0.121	4430	0.939	98.7
3.33-3.59	5.1	0.115	4468	1.038	99.4
3.59-3.95	5.3	0.108	4525	1.015	99.5
3.95-4.52	5.4	0.095	4438	1.159	99.5
4.52-5.7	5.4	0.087	4542	1.041	99.5
5.7-50	5.3	0.086	4532	1.125	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX		モデル構築
SHELX		位相決定
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→33.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.336 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	4349	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.176	86139	93.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.39 Å²	0 Å²	-1.06 Å²
2-	-	4.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→33.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11272	0	12	543	11827
B_iso mean	-	-	43.09	39.3	-
残基数	-	-	-	-	1445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	11465
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	11234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.999	15571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.872	3	25802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.603	5	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.381	23.813	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.37	15	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.272	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	12863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.91	2.743	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.91	2.743	5773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.112	4.097	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11284	0.06
1	2	B	11284	0.06
2	1	A	10626	0.09
2	2	C	10626	0.09
3	1	A	11265	0.05
3	2	D	11265	0.05
4	1	A	10450	0.1
4	2	E	10450	0.1
5	1	A	10498	0.11
5	2	F	10498	0.11
6	1	A	11313	0.06
6	2	G	11313	0.06
7	1	A	10697	0.09
7	2	H	10697	0.09
8	1	B	10584	0.1
8	2	C	10584	0.1
9	1	B	11225	0.06
9	2	D	11225	0.06
10	1	B	10415	0.11
10	2	E	10415	0.11
11	1	B	10472	0.11
11	2	F	10472	0.11
12	1	B	11248	0.05
12	2	G	11248	0.05
13	1	B	10662	0.09
13	2	H	10662	0.09
14	1	C	10683	0.1
14	2	D	10683	0.1
15	1	C	10927	0.1
15	2	E	10927	0.1
16	1	C	10893	0.1
16	2	F	10893	0.1
17	1	C	10570	0.1
17	2	G	10570	0.1
18	1	C	10994	0.1
18	2	H	10994	0.1
19	1	D	10386	0.11
19	2	E	10386	0.11
20	1	D	10455	0.11
20	2	F	10455	0.11
21	1	D	11232	0.06
21	2	G	11232	0.06
22	1	D	10741	0.09
22	2	H	10741	0.09
23	1	E	11108	0.09
23	2	F	11108	0.09
24	1	E	10422	0.11
24	2	G	10422	0.11
25	1	E	10829	0.11
25	2	H	10829	0.11
26	1	F	10457	0.11
26	2	G	10457	0.11
27	1	F	11016	0.1
27	2	H	11016	0.1
28	1	G	10661	0.09
28	2	H	10661	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.14 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	216	-
R_work	0.194	4211	-
obs	-	-	65.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4759	-0.2583	0.1708	1.2291	-0.7599	1.454	0.0794	0.1126	0.0242	-0.2294	-0.0398	0.0245	-0.0193	0.0575	-0.0396	0.1391	-0.0261	-0.027	0.0847	0.0012	0.0295	8.358	67.204	27.483
2	0.5794	0.498	-0.4061	1.3885	-0.6628	1.1953	0.1138	-0.1405	-0.0102	0.2726	-0.077	0.0729	-0.0194	0.0846	-0.0368	0.155	0.0199	0.0033	0.094	-0.0053	0.0399	8.544	11.239	33.882
3	0.8933	0.3381	-0.3617	0.3424	-0.3447	0.932	-0.01	0.0982	-0.0374	-0.0661	0.0611	0.1941	0.1436	-0.2054	-0.0511	0.2143	0.0041	-0.0768	0.1023	-0.0274	0.2429	-1.67	1.355	15.575
4	0.8483	-0.244	0.0426	1.0421	-0.4253	1.4793	-0	-0.0246	-0.1603	-0.0364	-0.0163	0.0785	0.3326	0.0784	0.0164	0.1466	0.0099	0.0172	0.0329	-0.0159	0.0574	17.045	39.58	51.822
5	1.2623	0.416	-0.2584	0.7748	-0.1544	0.0746	-0.0344	0.01	-0.0461	-0.1711	0.0165	-0.1412	0.0422	0.0468	0.0179	0.2157	0.0373	-0.0421	0.1864	-0.0264	0.0959	27.321	21.857	-2.507
6	0.6339	-0.4458	0.0755	0.6615	-0.1091	0.0359	-0.0468	-0.0442	0.0587	0.115	0.0296	-0.0816	-0.0364	0.0522	0.0172	0.1994	-0.0233	0.0048	0.199	-0.0043	0.046	26.904	56.474	64.129
7	0.7942	0.2012	0.0071	1.4672	-0.5857	1.2219	0.0683	-0.0045	0.1919	0.1072	-0.0085	0.1275	-0.3014	0.1068	-0.0598	0.1579	0.0003	-0.0243	0.0446	-0.0351	0.0942	17.697	38.705	9.885
8	1.2824	-0.1013	0.4867	0.2819	-0.1032	0.7543	-0.038	-0.0691	0.1045	0.0846	0.0443	0.2169	-0.1457	-0.137	-0.0063	0.2099	-0.0084	0.0436	0.0859	0.0132	0.2019	-1.842	77.119	45.681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	29 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	24 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	29 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	24 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	24 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	29 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	24 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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