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万見
- PDB-4peu: Structure of the polysaccharide lyase-like protein Cthe_2159 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4peu
タイトルStructure of the polysaccharide lyase-like protein Cthe_2159 from C. thermocellum, native form with Calcium bound
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Beta-helix / Polysaccharide lyase / carbohydrate-binding / calcium-binding
機能・相同性galacturonan binding / xylan binding / Carbohydrate-binding domain-containing protein Cthe_2159 / Carbohydrate-binding domain-containing protein Cthe_2159 / cellulose binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / calcium ion binding / plasma membrane / Carbohydrate-binding domain-containing protein Cthe_2159
機能・相同性情報
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8001 Å
データ登録者Close, D.W. / D'Angelo, S. / Bradbury, A.R.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A new family of beta-helix proteins with similarities to the polysaccharide lyases.
著者: Close, D.W. / D'Angelo, S. / Bradbury, A.R.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9804
ポリマ－32,8601
非ポリマー1203
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.6997, 123.429, 34.5297
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 32859.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A3DHD2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 19% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.0, and 0.1M Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→26.8 Å / Num. all: 55471 / Num. obs: 28069 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 13.0353170306 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 17.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1685精密化
HKL-3000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8001→26.8 Å / SU ML: 0.160898015246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33785346198 / 位相誤差: 16.4836141761
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171032934604 5250 10.0183192123 %Random
Rwork0.145936557685 47154 --
obs0.148521419908 28069 96.9026794135 %-
all-52463 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.3067167183 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8001→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 3 403 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00570206376421889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.077869611372556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041042995236299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00376660566506341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4302642727695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.82050.2051933909481370.2134638994041105X-RAY DIFFRACTION68.2417582418
1.8205-1.84190.2401094017671460.1959801920821193X-RAY DIFFRACTION77.2648586267
1.8419-1.86440.2255735286041390.1897995116781409X-RAY DIFFRACTION84.5901639344
1.8644-1.8880.2153880718841590.1797100690241485X-RAY DIFFRACTION90.4788112273
1.888-1.91280.209854871691750.1753455144491518X-RAY DIFFRACTION91.5630070308
1.9128-1.9390.1996798378831630.1577650847851543X-RAY DIFFRACTION97.8211009174
1.939-1.96670.1797173129991960.1555406762681626X-RAY DIFFRACTION99.7809419496
1.9667-1.9960.1686247928731750.1505879060121603X-RAY DIFFRACTION99.9437886453
1.996-2.02720.197074586771950.1454424030311662X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.06040.1632510943091760.1468082663021600X-RAY DIFFRACTION100
2.0604-2.0960.2112448418751630.1397052471791607X-RAY DIFFRACTION99.9435347261
2.096-2.13410.1656293591832030.1559470374671609X-RAY DIFFRACTION99.944842802
2.1341-2.17510.1996371724171740.1509326251341634X-RAY DIFFRACTION99.8895027624
2.1751-2.21950.1815089923341710.1498895625241602X-RAY DIFFRACTION99.606741573
2.2195-2.26770.1769706093331900.1610125902691598X-RAY DIFFRACTION99.6100278552
2.2677-2.32040.1730233350581760.1488365729011666X-RAY DIFFRACTION99.7292907417
2.3204-2.37840.1886129464681750.1321303342611609X-RAY DIFFRACTION99.943977591
2.3784-2.44270.1500849753641840.1394916563111634X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.51450.1965943140691780.141937373461609X-RAY DIFFRACTION99.9440715884
2.5145-2.59560.1889323162421750.1408680676011614X-RAY DIFFRACTION99.9441340782
2.5956-2.68830.1313853859651830.138795475821639X-RAY DIFFRACTION99.8356164384
2.6883-2.79580.1598685405451790.1428604566841624X-RAY DIFFRACTION100
2.7958-2.92290.1713399713711820.1486438923841630X-RAY DIFFRACTION100
2.9229-3.07680.1794032070231790.1418844006951608X-RAY DIFFRACTION99.9440715884
3.0768-3.26930.1717157962311750.1412389102621617X-RAY DIFFRACTION100
3.2693-3.52120.1454750407991770.1282589293931646X-RAY DIFFRACTION100
3.5212-3.87460.1338933822441780.1216517482511614X-RAY DIFFRACTION99.7772828508
3.8746-4.43310.1475869394771800.130739795321626X-RAY DIFFRACTION100
4.4331-5.57690.1362601330741870.1363612650151596X-RAY DIFFRACTION99.7203579418
5.5769-26.81540.2207934436371800.182175054981628X-RAY DIFFRACTION99.6692392503
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.406349085980.131432711628-0.4225943458672.323713122780.1266442957512.250376176720.0295833752443-0.01437463378190.172260459461-0.1008101923660.0706109304484-0.11333540974-0.1368576704780.140555407209-0.06621148161910.0748245187609-0.00316837061923-0.001431398981960.04968406028-0.006489876465870.098368297238941.354956763652.180684052810.4927336376
22.31166452336-0.1790454648460.7303034060840.833414928655-0.1134583525182.25088378958-0.04238782977-0.0167028930003-0.05254499793510.01392915186740.0330071410972-0.05591284181150.0230963369958-0.008022404128710.02467294325730.06823340330170.01497103523440.00517231596760.0144232418336-0.01100365634340.089658591772140.179520737139.37557408058.17542709984
33.17826107884-0.62849372301-0.1421877178551.273870048770.1261460023190.880490964802-0.04958033357810.0332047376884-0.175779629215-0.01240349143090.0088791717950.03786065827510.08147378258320.003587686611260.02932517703410.08622730936060.01114749063120.003589691576930.0477267453151-0.008453271786180.10231947330748.761432480224.58984143056.83838229461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 121 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 190 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 191 through 285 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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