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- PDB-4pd6: Crystal structure of vcCNT-7C8C bound to uridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pd6
タイトルCrystal structure of vcCNT-7C8C bound to uridine
要素NupC family protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / sodium-coupled transporter / drug transporter / uridine
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside transmembrane transport / nucleoside transmembrane transporter activity / pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport / purine nucleoside transmembrane transport / symporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Concentrative nucleoside transporter N-terminal domain / Concentrative nucleoside transporter / Concentrative nucleoside transporter C-terminal domain / Concentrative nucleoside transporter, metazoan/bacterial / Na+ dependent nucleoside transporter N-terminus / Na+ dependent nucleoside transporter C-terminus / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE / Nucleoside permease
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Johnson, Z.L. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM100984 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structural basis of nucleoside and nucleoside drug selectivity by concentrative nucleoside transporters.
著者: Johnson, Z.L. / Lee, J.H. / Lee, K. / Lee, M. / Kwon, D.Y. / Hong, J. / Lee, S.Y.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method ..._entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NupC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9024
ポリマ－44,1521
非ポリマー7503
水2,342130
1
A: NupC family protein
ヘテロ分子

A: NupC family protein
ヘテロ分子

A: NupC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,70512
ポリマ－132,4563
非ポリマー2,2499
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area41910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.650, 119.650, 83.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 NupC family protein


分子量: 44151.848 Da / 分子数: 1 / 変異: L7C, I8C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_2352 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KPL5
#2: 化合物 ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: liquid diffusion / pH: 9.5 / 詳細: 37-42% PEG 400, 100 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 40394 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 41.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.622 / Net I/av σ(I): 42 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 238922
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.08-2.124.30.55418370.89191.8
2.12-2.154.90.52420040.90998.2
2.15-2.25.30.46520010.9299.2
2.2-2.245.50.40420171.0599.8
2.24-2.295.60.31520061.29699.7
2.29-2.345.80.26620201.06999.9
2.34-2.45.90.21220241.09999.9
2.4-2.4760.18320391.187100
2.47-2.546.10.15220151.241100
2.54-2.626.20.13920121.342100
2.62-2.716.20.11220311.537100
2.71-2.826.30.09820321.672100
2.82-2.956.30.08520271.781100
2.95-3.116.40.07220421.922100
3.11-3.36.40.0620462.076100
3.3-3.566.30.05420262.392100
3.56-3.915.90.05120362.945100
3.91-4.486.30.04120372.726100
4.48-5.646.30.03320632.03100
5.64-506.10.02520791.48998.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TIJ

3tij


解像度: 2.08→35.43 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 2063 5.11 %
Rwork0.202 --
obs0.204 40368 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→35.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 53 130 3017
Biso mean--52.92 54.43 -
残基数----401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7823997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.088999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0814-2.12980.29861250.2832381X-RAY DIFFRACTION93
2.1298-2.1830.29751510.26662507X-RAY DIFFRACTION99
2.183-2.24210.30881300.26752561X-RAY DIFFRACTION100
2.2421-2.3080.29441440.27182558X-RAY DIFFRACTION100
2.308-2.38250.24971400.22122553X-RAY DIFFRACTION100
2.3825-2.46760.24111420.20252545X-RAY DIFFRACTION100
2.4676-2.56640.22551300.18792554X-RAY DIFFRACTION100
2.5664-2.68320.21421380.18572570X-RAY DIFFRACTION100
2.6832-2.82460.19861330.18342563X-RAY DIFFRACTION100
2.8246-3.00150.21181420.19332572X-RAY DIFFRACTION100
3.0015-3.23310.19441370.1932580X-RAY DIFFRACTION100
3.2331-3.55810.22021350.18952574X-RAY DIFFRACTION100
3.5581-4.07240.21861380.192576X-RAY DIFFRACTION100
4.0724-5.12830.22051370.19652591X-RAY DIFFRACTION100
5.1283-35.43310.26621410.20892620X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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