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- PDB-4pcf: Structure-based protein engineering of a monomeric triosephosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pcf
タイトルStructure-based protein engineering of a monomeric triosephosphate isomerase towards changing substrate specificity
要素Ma18-TIM
キーワードISOMERASE / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TIM BARREL / PROTEIN ENGINEERING / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Krause, M. / Neubauer, P. / Wierenga, R.K.
資金援助 フィンランド, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland117874 フィンランド
EMBO Shortterm FellowshipASTF 188-2011 ドイツ
FEBS Shortterm Fellowship ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
著者: Krause, M. / Kiema, T.R. / Neubauer, P. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ma18-TIM
B: Ma18-TIM
C: Ma18-TIM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5103
ポリマ－77,5103
非ポリマー00
水2,648147
1
A: Ma18-TIM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8371
ポリマ－25,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ma18-TIM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8371
ポリマ－25,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ma18-TIM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8371
ポリマ－25,8371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.920, 49.420, 95.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA2 - 2492 - 238
21THRTHRBB2 - 2492 - 238
12GLNGLNAA2 - 2502 - 239
22GLNGLNCC2 - 2502 - 239
13THRTHRBB2 - 2492 - 238
23THRTHRCC2 - 2492 - 238

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Ma18-TIM


分子量: 25836.600 Da / 分子数: 3 / 変異: E23G, A70T, S96F, A178V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
プラスミド: pMK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04789*PLUS, triose-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.75M (NH4)2HPO4,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→83.94 Å / Num. obs: 19927 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.96 % / Net I/σ(I): 12.46
反射 シェル解像度: 2.71→2.73 Å / 冗長度: 1.23 % / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 56.3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.71→83.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.798 / SU B: 18.335 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2832 1078 5.1 %RANDOM
Rwork0.2349 ---
obs0.23735 19927 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å20.11 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.71→83.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5398 0 0 147 5545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9337471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.277312351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4065703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98424.35223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.71515917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4441527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1251.7522827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1261.7522826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0232.6213525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0222.6213526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8411.8542676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8411.8552677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5482.7373947
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.64214.1516499
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.63614.1646486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A127730.17
12B127730.17
21A135040.14
22C135040.14
31B130030.16
32C130030.16
LS精密化 シェル解像度: 2.709→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 60 -
Rwork0.312 1370 -
obs--93.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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