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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pbg | ||||||
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タイトル | 6-PHOSPHO-BETA-GALACTOSIDASE FORM-CST | ||||||
![]() | 6-PHOSPHO-BETA-D-GALACTOSIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-phospho-beta-galactosidase / 6-phospho-beta-galactosidase activity / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / beta-glucosidase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiesmann, C. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures and mechanism of 6-phospho-beta-galactosidase from Lactococcus lactis. 著者: Wiesmann, C. / Hengstenberg, W. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Identification of the Active-Site Nucleophile in 6-Phospho-Beta-Galactosidase from Staphylococcus Aureus by Labelling with Synthetic Inhibitors 著者: Staedtler, P. / Hoenig, S. / Frank, R. / Withers, S.G. / Hengstenberg, W. #2: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of 6-Phospho-Beta-Galactosidase from Lactococcus Lactis 著者: Wiesmann, C. / Beste, G. / Hengstenberg, W. / Schulz, G.E. #3: ![]() タイトル: 6-Phospho-Beta-Galactosidases of Gram-Positive and 6-Phospho-Beta-Glucosidase B of Gram-Negative Bacteria: Comparison of Structure and Function by Kinetic and Immunological Methods and ...タイトル: 6-Phospho-Beta-Galactosidases of Gram-Positive and 6-Phospho-Beta-Glucosidase B of Gram-Negative Bacteria: Comparison of Structure and Function by Kinetic and Immunological Methods and Mutagenesis of the Lacg Gene of Staphylococcus Aureus 著者: Witt, E. / Frank, R. / Hengstenberg, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 930 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 950.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99987, 0.01597, 0.00069), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54113.141 Da / 分子数: 2 / 変異: G375C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE SECONDARY STRUCTURES HAVE BEEN ASSIGNED BY THE PROGRAM DSSP. THERE ARE SOME DISCREPANCIES WITH ...THE SECONDARY STRUCTURES | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: PEG-4000, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→1000 Å / Num. obs: 35989 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.09 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 32734 / Rmerge(I) obs: 0.09 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PBG 解像度: 2.5→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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