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- PDB-4pau: Hypothetical protein SA1058 from S. aureus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pau
タイトルHypothetical protein SA1058 from S. aureus.
要素Nitrogen regulatory protein A
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein
機能・相同性GAF domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / GAF domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Battaile, K.P. / Wu-Brown, J. / Romanov, V. / Jones, K. / Lam, R. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hypothetical protein SA1058 from S. aureus.
著者: Battaile, K.P. / Lam, R. / Wu-Brown, J. / Romanov, V. / Jones, K. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3512
ポリマ－17,3161
非ポリマー351
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.870, 36.050, 38.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Nitrogen regulatory protein A


分子量: 17315.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N6ELX6, UniProt: Q2FVM5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 2000MME, 0.1M bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9791941 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→54.44 Å / Num. obs: 16151 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 47.08 Å2 / Net I/σ(I): 199

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→54.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9516 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9391 / SU R Cruickshank DPI: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 493 4.69 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2052 10509 97.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.017 Å20 Å20 Å2
2---1.4384 Å20 Å2
3----3.5786 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.323 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→54.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1002 0 1 20 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011026HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.041384HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d368SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes20HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes149HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1026HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion127SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1179SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 126 4.45 %
Rwork0.1898 2704 -
all0.1919 2830 -
obs--97.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4161.7731.10546.22420.52928.20410.0359-1.6327-0.33740.8653-0.1180.11150.0479-0.17990.0822-0.3282-0.0463-0.0131-0.0730.0574-0.16315.56114.722137.0309
24.0737-0.74613.414100.42131.4740.00650.81430.1578-0.67990.07250.4762-0.1733-0.4185-0.079-0.1954-0.0136-0.30870.03650.20930.74230.000211.847221.919
310.48972.6044-0.33438.82982.47382.90620.2677-0.40020.8574-0.2296-0.02630.323-0.71230.0325-0.2414-0.2423-0.0308-0.0063-0.2906-0.0650.016915.808113.50229.7261
40.1316-0.28745.06480.00631.18815.59160.07981.01830.361-0.52530.21440.4364-0.1913-0.8584-0.2941-0.1021-0.083-0.08310.08750.00180.220710.35119.263517.4228
50-7.97443.65479.9945-8.40575.2232-0.18510.527-0.2504-0.30990.14460.0833-0.1589-0.02960.0406-0.2259-0.0394-0.0678-0.0096-0.12190.043811.26760.846620.0984
610.86381.3319-3.40850.41330.86182.7992-0.01620.27770.0893-0.2568-0.34530.04650.45650.02540.3615-0.2791-0.05580.0662-0.3686-0.11380.374620.1888-4.269422.5437
74.1827-8.0019-1.93463.63871.47895.15350.14740.1734-0.0971-0.7324-0.393-0.5180.0208-0.50540.2456-0.2108-0.00750.0369-0.2817-0.0510.243426.51265.53715.1159
89.95771.4144-1.543.8625-1.03452.50620.1316-0.3277-0.753-0.0877-0.1532-0.0951-0.0074-0.0530.0216-0.3043-0.023-0.0477-0.266-0.03420.039615.93512.354426.4123
96.54345.00721.82435.39211.05272.02890.1275-0.2788-0.35020.2764-0.12160.24590.17-0.1082-0.0058-0.3063-0.0338-0.017-0.19090.0190.096612.94960.955129.4302
100-2.3668-0.19193.82911.631810.8462-0.1292-1.1124-0.31660.61160.1258-0.30040.57510.85820.0034-0.25470.0516-0.0788-0.0080.09650.348128.8688-0.954231.346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|10 - 33}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|34 - 41}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|42 - 57}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|58 - 64}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|65 - 73}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|74 - 81}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|82 - 93}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|94 - 114}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|115 - 124}
10X-RAY DIFFRACTION10{A|125 - 133}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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