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- PDB-4pag: ABC transporter solute binding protein from Sulfurospirillum dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pag
タイトルABC transporter solute binding protein from Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946
要素Periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to iron ion
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2180 / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2180 / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurospirillum deleyianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Chang, C. / Endres, M. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter solute binding protein from Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946
著者: Chang, C. / Endres, M. / Li, H. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
B: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7308
ポリマ－74,7762
非ポリマー9546
水11,241624
1
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8464
ポリマ－37,3881
非ポリマー4583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8854
ポリマ－37,3881
非ポリマー4973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.055, 50.813, 91.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein


分子量: 37388.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurospirillum deleyianum (バクテリア)
株: ATCC 51133 / DSM 6946 / 5175 / 遺伝子: Sdel_2069 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1B4R1
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: magnesiun chloride, MES, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 59912 / Num. obs: 59880 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 0.799 / Net I/av σ(I): 16.769 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 426232
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.936.20.9629780.91799.9
1.93-1.976.90.86929500.868100
1.97-2.017.20.67329550.842100
2.01-2.057.20.55930040.853100
2.05-2.097.20.52529700.949100
2.09-2.147.20.41229670.856100
2.14-2.197.20.3429790.839100
2.19-2.257.20.29929610.918100
2.25-2.327.20.25630230.835100
2.32-2.397.20.20629400.796100
2.39-2.487.20.1929940.857100
2.48-2.587.20.15429670.804100
2.58-2.77.20.13130030.836100
2.7-2.847.30.10730020.732100
2.84-3.027.20.08429840.654100
3.02-3.257.20.07230060.655100
3.25-3.587.20.06530170.747100
3.58-4.097.10.05930110.756100
4.09-5.1670.04930570.583100
5.16-506.90.05831120.799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.901→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.321 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.128
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 3010 5.1 %RANDOM
Rwork0.1414 56524 --
obs0.1445 59534 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.34 Å2 / Biso mean: 24.137 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.92 Å2
2---0.47 Å2-0 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5220 0 31 624 5875
Biso mean--27.72 36.16 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.9767524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7493.00112272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2365665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01624.591257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28215917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2871526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021262
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.975310845
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.6985187
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.434511133
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 187 -
Rwork0.174 3885 -
all-4072 -
obs--92.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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