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- PDB-4pa5: Tgl - a bacterial spore coat transglutaminase - cystamine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pa5
タイトルTgl - a bacterial spore coat transglutaminase - cystamine complex
要素Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
キーワードTRANSFERASE / protein cross-linking / baterial spore coat / NlpC/P60 endopeptidase / papain
機能・相同性Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, bacteria / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / 2-AMINO-ETHANETHIOL / CITRATE ANION / TRIETHYLENE GLYCOL / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Brito, J.A. / Placido, D. / Fernandes, C.G. / Lousa, D. / Isidro, A. / Soares, C.M. / Pohl, J. / Carrondo, M.A. / Henriques, A.O. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, 3件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCI/BIA-BCM/60855/2004 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPOCTI/BCI/48647/2002 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/SAU-NEU/103720/2008 ポルトガル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of an Ancient Bacterial Transglutaminase Sheds Light on the Minimal Requirements for Protein Cross-Linking.
著者: Fernandes, C.G. / Placido, D. / Lousa, D. / Brito, J.A. / Isidro, A. / Soares, C.M. / Pohl, J. / Carrondo, M.A. / Archer, M. / Henriques, A.O.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
B: Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,31412
ポリマ－60,1412
非ポリマー1,17310
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.350, 98.350, 65.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / Transglutaminase / TGase


分子量: 30070.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: tgl, yugV, yuxF, BSU31270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P40746, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

-
非ポリマー , 9種, 214分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-DHL / 2-AMINO-ETHANETHIOL / 2,3-DESHYDROLANTHIONINE / システアミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 77.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NS
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 41% (w/V) PEG 400 0.1 M sodium citrate pH 4.0 0.2 M lithium sulfate
PH範囲: 4.0-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→36.57 Å / Num. obs: 47409 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 12.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS31-12-2013データスケーリング
SHARP2.8.2位相決定
BUSTER-TNT2.1精密化
PHENIX1.8.4-dev1565精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.86→36.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 --
Rwork0.167 --
obs-47409 84.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→36.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 71 204 4227
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8026-0.46163.52988.54762.95492.96390.3293-1.466-2.31541.536-0.0281.30551.3841-0.4226-0.22251.0614-0.1758-0.08390.77390.32191.375729.39554.267564.4733
22.2926-0.10821.96532.5248-1.56315.13780.1401-1.069-1.54910.8370.31910.84060.6012-0.4422-0.42950.6175-0.01210.01040.67530.27340.900526.433311.116961.5064
32.83240.4582-0.79542.7889-0.46752.01660.0564-0.2613-0.04190.275-0.0593-0.3185-0.0598-0.04760.00640.1915-0.0001-0.07970.23650.03260.229536.436630.095950.3548
46.0698-1.83430.95924.24840.51240.66330.07110.29210.48140.09650.0720.3725-0.2332-0.453-0.17220.26490.04190.09630.53540.12450.321415.328735.059350.7175
56.3095-1.3669-3.07285.69832.34437.616-0.0746-0.4214-0.65770.35620.2285-1.20790.7440.7633-0.13530.3157-0.019-0.09980.27660.05860.551235.054414.50249.6144
65.156-2.38341.20012.3308-1.51133.0361-0.58970.5133-0.6851-1.19340.58071.40211.8626-1.3244-0.04130.9872-0.2893-0.17480.58630.07760.821918.1791-0.828831.2697
72.7151-1.30162.90994.8041-0.18643.5144-0.090.2738-0.1929-1.46180.35850.30060.2834-0.3138-0.42270.7703-0.0846-0.04860.31980.02050.439225.85952.123531.2669
82.50631.4619-0.57234.9501-0.71371.4293-0.22080.1432-0.0485-0.69110.1477-0.00430.2806-0.09910.05990.31680.0052-0.04290.2062-0.00130.243235.504623.878128.5759
95.0887-1.2448-0.00780.9093-1.26972.8403-0.0115-0.16760.0564-0.53320.3301-1.39530.16110.502-0.24830.58830.00730.24920.3345-0.16231.051349.808712.649530.2487
103.23781.8048-1.2911.5093-0.16091.1925-0.0545-0.589-0.118-0.30830.1229-1.69270.43290.8803-0.03050.53590.20950.2630.556-0.19921.600957.22267.636232.4307
116.557-2.17730.62762.0988-0.13516.65060.3265-0.45870.2942-0.28730.13820.1240.1583-1.0953-0.38970.3648-0.07630.00230.38880.05960.469226.091216.036837.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 41 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 168 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 169 through 230 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 231 through 245 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 20 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 21 through 41 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 168 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 169 through 206 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 207 through 230 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 231 through 245 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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