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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pa1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Catalytic Core domain of FIV Integrase | ||||||
要素 | Integraseインテグラーゼ | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Retrovirus (レトロウイルス科) / FIV / Integrase (インテグラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Galilee, M. / Alian, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain. 著者: Galilee, M. / Alian, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pa1.cif.gz | 46.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pa1.ent.gz | 31.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pa1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4pa1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16929.414 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス) 株: isolate Petaluma / 遺伝子: pol / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16088 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM TrisHCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月3日 |
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→45.83 Å / Num. obs: 13341 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 22.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09952 / Net I/σ(I): 29.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.844→1.91 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3539 / Mean I/σ(I) obs: 6.74 / % possible all: 88.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3f9ka 解像度: 1.84→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.61 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.893 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→45.83 Å
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拘束条件 |
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