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万見
- PDB-4p9r: Speciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme (He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9r
タイトルSpeciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme (Heavy atom derivative)
要素RNA (189-MER)
キーワードRNA / Catalytic RNA / Lariat-capping ribozyme / Branching reaction / Lariat fold
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Meyer, M. / Nielsen, H. / Olieric, V. / Roblin, P. / Johansen, S.D. / Westhof, E. / Masquida, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1502-02 フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Speciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme.
著者: Meyer, M. / Nielsen, H. / Olieric, V. / Roblin, P. / Johansen, S.D. / Westhof, E. / Masquida, B.
履歴
登録2014年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年1月7日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月4日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (189-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,90914
ポリマ－61,8921
非ポリマー3,01713
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.440, 86.260, 109.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (189-MER)


分子量: 61891.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
#2: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (i) 0.2 Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v PEG 3,350 or (ii) 0.2 Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3,350
PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.10530; 1.10564; 1.09553; 1.11525
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10531
21.105641
31.095531
41.115251
反射解像度: 2.7→48.9 Å / Num. all: 207712 / Num. obs: 29825 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.96 % / Net I/σ(I): 12.38

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.703→48.945 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 1470 4.94 %
Rwork0.2099 --
obs0.2121 29782 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→48.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4034 73 38 4145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5047293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9752285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.703-2.78990.40911070.36772547X-RAY DIFFRACTION99
2.7899-2.88960.33951350.34092563X-RAY DIFFRACTION100
2.8896-3.00530.36671580.33562569X-RAY DIFFRACTION100
3.0053-3.1420.30591230.25012588X-RAY DIFFRACTION100
3.142-3.30770.26851360.22322591X-RAY DIFFRACTION100
3.3077-3.51480.29151500.21882556X-RAY DIFFRACTION100
3.5148-3.78610.22591440.1862559X-RAY DIFFRACTION100
3.7861-4.1670.23781390.17422582X-RAY DIFFRACTION100
4.167-4.76950.19191360.17182573X-RAY DIFFRACTION100
4.7695-6.00730.21421390.16812570X-RAY DIFFRACTION100
6.0073-48.95290.24221030.19012614X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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