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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p9o | |||||||||
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タイトル | Complex of Voltage-gated ion channel in a the presence of channel blocking compound | |||||||||
要素 | Ion transport protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ion channel / membrane protein / channel blocker | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Magnetococcus sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Wallace, B.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism. 著者: Bagneris, C. / DeCaen, P.G. / Naylor, C.E. / Pryde, D.C. / Nobeli, I. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A. #1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: Role of the C-terminal domain in the structure and function of tetrameric sodium channels. 著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W. / Wallace, B.A. #2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012 タイトル: Structure of a bacterial voltage-gated sodium channel pore reveals mechanisms of opening and closing. 著者: McCusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p9o.cif.gz | 171.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p9o.ent.gz | 136.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4p9o_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4p9o_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4p9o_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4p9o_validation.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/4p9o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16836.502 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnetococcus sp. (バクテリア) / 株: MC-1 / 遺伝子: Mmc1_0798 / プラスミド: Pet15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C-41 / 参照: UniProt: A0L5S6 #2: 化合物 | ChemComp-2CV / #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE BROMINE ION IS PART OF THE MOLECULE 2-(4-BROMOPHENYL)-1-(5-(4-CHLOROPHENYL)-1H-IMIDAZOL-2-YL) ...THE BROMINE ION IS PART OF THE MOLECULE 2-(4-BROMOPHENY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.78 % / 解説: Flat rectangular plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M Tris, 34% PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→45.24 Å / Num. obs: 24368 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Net I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.89→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8584 / SU R Cruickshank DPI: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.353 / SU Rfree Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
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原子変位パラメータ | Biso mean: 61.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.393 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.89→32.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.89→3.02 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | T11: -0.304 Å2 / T22: 0.304 Å2 / T33: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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