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万見
- PDB-4p9f: E. coli McbR/YncC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9f
タイトルE. coli McbR/YncC
要素HTH-type transcriptional regulator mcbR
キーワードTRANSCRIPTION / GNTR FAMILY / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / Biofilm formation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator mcbR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli UMEA 3718-1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Lord, D.M. / Page, R. / Peti, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: McbR/YncC: Implications for the Mechanism of Ligand and DNA Binding by a Bacterial GntR Transcriptional Regulator Involved in Biofilm Formation.
著者: Lord, D.M. / Uzgoren Baran, A. / Soo, V.W. / Wood, T.K. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2014年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Data collection
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator mcbR
B: HTH-type transcriptional regulator mcbR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8252
ポリマ－49,8252
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.581, 107.581, 72.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator mcbR


分子量: 24912.717 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 10-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli UMEA 3718-1 (大腸菌)
遺伝子: G994_01403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T9SVH4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793, 0.9300
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.931
反射解像度: 2.099→46.584 Å / Num. obs: 28120 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→46.584 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 1414 5.03 %
Rwork0.1652 --
obs0.1674 28096 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.099→46.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3230 0 0 160 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0034445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5241237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.099-2.17410.22011270.17382659X-RAY DIFFRACTION100
2.1741-2.26110.2141500.17192630X-RAY DIFFRACTION100
2.2611-2.3640.26621220.17082678X-RAY DIFFRACTION100
2.364-2.48860.21721530.17392644X-RAY DIFFRACTION100
2.4886-2.64460.24711420.18072663X-RAY DIFFRACTION100
2.6446-2.84870.22781420.18752655X-RAY DIFFRACTION100
2.8487-3.13530.25831370.18372667X-RAY DIFFRACTION100
3.1353-3.58890.21181460.1722687X-RAY DIFFRACTION100
3.5889-4.5210.17331660.13842655X-RAY DIFFRACTION100
4.521-46.59540.1891290.15962744X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4894-0.0137-0.68561.82740.26531.6665-0.04090.09040.0083-0.01320.06090.04810.0559-0.1147-0.00630.18610.0227-0.01670.23190.02730.176642.331242.023824.8096
21.37290.5108-0.59951.40580.03882.29960.0294-0.28680.00630.15920.0944-0.14970.03170.3602-0.11990.20740.0734-0.01020.4187-0.0570.262936.80345.209448.2748
32.0581-0.7594-0.64660.9011.08722.0625-0.07880.8143-0.4324-0.4574-0.37690.4942-0.0214-0.54440.24040.30140.055-0.04570.4194-0.13210.392129.394525.592322.3203
42.7192-0.1287-0.58621.8673-0.26561.6433-0.05090.1953-0.5575-0.0215-0.15940.31170.2066-0.46670.17230.2516-0.04420.02880.4604-0.12890.390910.664232.275935.1285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 78)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 220 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 10 through 78 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 79 through 219)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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