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- PDB-4p9a: X-ray Crystal Structure of PA protein from Influenza strain H7N9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p9a
タイトルX-ray Crystal Structure of PA protein from Influenza strain H7N9
要素Polymerase PA
キーワードVIRAL PROTEIN / PA protein Influenza H7N9 polymerase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / viral RNA genome replication / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1999 Å
データ登録者Fairman, J.W. / Moen, S.O. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of H1N1 and H7N9 influenza A virus PA in the absence of PB1.
著者: Moen, S.O. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Baydo, R.O. / Bullen, J. / Kirkwood, J.L. / Barnes, S.R. / Raymond, A.C. / Begley, D.W. / Henkel, G. / McCormack, K. / Tam, V.C. / Phan, I. / ...著者: Moen, S.O. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Baydo, R.O. / Bullen, J. / Kirkwood, J.L. / Barnes, S.R. / Raymond, A.C. / Begley, D.W. / Henkel, G. / McCormack, K. / Tam, V.C. / Phan, I. / Staker, B.L. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4302
ポリマ－53,3381
非ポリマー921
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.890, 68.890, 400.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Polymerase PA


分子量: 53338.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: M9V5W3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 400 nl of protein solution at 20.77 mg/ml plus 400 nl precipitant solution equilibrated against 80 uL of precipitant. Precipitant: Wizard 3/4 well A10 - 200 mM sodium thiocyanate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1999→50 Å / Num. obs: 30002 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.87 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 19.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1999-2.260.810.5853.113101216121610.641100
2.26-2.320.880.4414.0112507208720870.484100
2.32-2.390.9130.3954.5812549207720770.433100
2.39-2.460.9410.3025.8911937199519940.33299.9
2.46-2.540.9740.2297.6611678193519350.251100
2.54-2.630.9750.2048.4811109186018600.224100
2.63-2.730.9830.16810.0910987182818280.184100
2.73-2.840.9910.1312.4610498175517550.143100
2.84-2.970.9940.09716.539999167916790.106100
2.97-3.110.9960.07720.149703163016300.084100
3.11-3.280.9970.06323.839201155815580.07100
3.28-3.480.9980.0529.68569146014590.05599.9
3.48-3.720.9980.0436.778112139313930.044100
3.72-4.020.9990.03640.217547131813170.0499.9
4.02-4.40.9990.03145.236905120912050.03599.7
4.4-4.920.9990.0346.636239112311220.03399.9
4.92-5.680.9990.02945.6355539949940.032100
5.68-6.960.9990.02844.0846418718590.03298.6
6.96-9.840.9990.02451.1736057016900.02698.4
9.84-500.9990.02251.0217994403990.02590.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZNL

2znl


解像度: 2.1999→35.653 Å / FOM work R set: 0.851 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1466 4.89 %Random
Rwork0.2027 28528 --
obs0.204 29994 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.67 Å2 / Biso mean: 58.06 Å2 / Biso min: 27.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1999→35.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 6 92 3010
Biso mean--91.58 48.51 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9754099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.841091
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1999-2.27850.24711500.215227652915100
2.2785-2.36980.23891410.21327872928100
2.3698-2.47760.23931420.212327822924100
2.4776-2.60820.25171310.209527822913100
2.6082-2.77150.27151340.222528352969100
2.7715-2.98540.22861220.230128582980100
2.9854-3.28570.26991580.218628172975100
3.2857-3.76070.19881580.189228683026100
3.7607-4.73630.20661710.172729013072100
4.7363-35.65720.22981590.21023133329298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93811.3999-1.55662.05110.19993.16870.1788-0.21970.2331-0.04-0.2392-0.1477-0.1923-0.0104-0.06760.18830.04350.03690.6180.07590.303618.757431.361214.2697
23.5630.6467-0.7131.83421.05563.69610.00030.38170.4355-0.0842-0.12140.2042-0.39590.07470.01130.2227-0.03760.02120.64610.1390.377526.17939.19570.3221
31.39670.09251.20831.7742-0.24433.2454-0.2467-0.0147-0.56420.4093-0.2022-0.18690.53940.77350.23930.28410.03560.01050.75140.14610.430223.990321.30319.6796
42.45230.283-0.20531.79280.08973.47340.0507-0.1782-0.09020.233-0.00810.182-0.1073-0.3345-0.03910.19460.05860.0290.58170.1150.328413.009630.61813.1837
51.72490.35690.70673.7841-1.87681.3816-0.09110.0176-0.48190.5539-0.30470.67340.5877-0.71110.20040.5592-0.18460.17160.7370.09070.5258.191614.405826.8262
62.03021.3767-0.84433.828-3.82694.3561-0.17070.0801-0.7616-0.2557-0.5391-0.68781.11020.05890.64770.6348-0.00540.18680.7230.20970.574719.2334.942326.9213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 313 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 314 through 369 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 370 through 415 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 416 through 596 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 597 through 671 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 672 through 713 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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