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万見
- PDB-4p98: ABC transporter system solute-bindng protein from Conexibacter wo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p98
タイトルABC transporter system solute-bindng protein from Conexibacter woesei DSM 14684
要素Extracellular solute-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / APC transporter / solute binding protein. reductive methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / ABC transporter substrate-binding protein PnrA-like / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Basic membrane lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Conexibacter woesei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chang, C. / Endres, M. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ABC transporter system solute-bindng protein from Conexibacter woesei DSM 14684
著者: Chang, C. / Endres, M. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22015年2月11日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年12月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,91923
ポリマ－33,1611
非ポリマー1,75822
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.091, 79.091, 139.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

21A-778-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein


分子量: 33160.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Conexibacter woesei (バクテリア)
株: DSM 14684 / JCM 11494 / NBRC 100937 / ID131577 / 遺伝子: Cwoe_2680 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: D3F9N7
#2: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris-Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月19日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 35740 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.989 / Net I/av σ(I): 40.184 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 495004
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.9312.10.8217580.857100
1.93-1.97130.64117560.873100
1.97-2.0114.10.5317350.865100
2.01-2.0514.30.44317520.869100
2.05-2.0914.20.35317670.901100
2.09-2.1414.30.29217620.923100
2.14-2.1914.30.25717490.917100
2.19-2.2514.30.20817740.946100
2.25-2.3214.30.18517670.927100
2.32-2.3914.30.1517670.968100
2.39-2.4814.20.13617720.984100
2.48-2.5814.30.11417490.998100
2.58-2.714.20.09817881100
2.7-2.8414.20.07818001.039100
2.84-3.0214.20.06417831.063100
3.02-3.25140.05118021.137100
3.25-3.5813.80.04418181.254100
3.58-4.0913.60.03918181.21100
4.09-5.1613.30.03518631.0599.9
5.16-50120.03619600.96297.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 1.9→24.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.264 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.109
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 1786 5 %RANDOM
Rwork0.1569 33809 --
obs0.1592 35595 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.31 Å2 / Biso mean: 22.785 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→24.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 22 280 2534
Biso mean--48.36 33.56 -
残基数----300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1621.9673202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74135129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2565315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8123.981108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2315347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.07634585
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.188583
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.44254756
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 122 -
Rwork0.201 2415 -
all-2537 -
obs--98.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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