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万見
- PDB-4p85: Crystal structure of Est-Y29, a novel penicillin-binding protein/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p85
タイトルCrystal structure of Est-Y29, a novel penicillin-binding protein/beta-lactamase homolog from a metagenomic library
要素Est-Y29
キーワードHYDROLASE / Penicillin-Binding Protein / beta-Lactamase / Metagenome
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DIETHYL PHOSPHONATE
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Ngo, T.D. / Ryu, B.H. / Ju, H.S. / Jang, E.J. / Kim, K.K. / Kim, D.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic analysis and biochemical applications of a novel penicillin-binding protein/ beta-lactamase homologue from a metagenomic library.
著者: Ngo, T.D. / Ryu, B.H. / Ju, H. / Jang, E.J. / Kim, K.K. / Kim, T.D.
履歴
登録2014年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Est-Y29
B: Est-Y29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8274
ポリマ－88,5512
非ポリマー2762
水13,583754
1
A: Est-Y29
B: Est-Y29
ヘテロ分子

A: Est-Y29
B: Est-Y29
ヘテロ分子

A: Est-Y29
B: Est-Y29
ヘテロ分子

A: Est-Y29
B: Est-Y29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,30916
ポリマ－354,2048
非ポリマー1,1058
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area22960 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area103990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.081, 122.081, 155.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A14 - 389
2114B14 - 389

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要素

#1: タンパク質 Est-Y29


分子量: 44275.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
#2: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 1 M sodium citrate and 100 mM sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 77368 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
PHENIX精密化
精密化解像度: 2→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 3.33 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22735 3577 5 %RANDOM
Rwork0.19309 ---
obs0.1948 67804 93.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6010 0 16 754 6780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.9628392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16523.63270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42915984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2651536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5221.53864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95526208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72832316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6644.52184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2996 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.190.5
medium thermal0.592
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 150 -
Rwork0.259 2981 -
obs--56.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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