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- PDB-4p7o: Structure of Escherichia coli PgaB C-terminal domain, P1 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7o
タイトルStructure of Escherichia coli PgaB C-terminal domain, P1 crystal form
要素Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
キーワードHYDROLASE / beta alpha barrel / carbohydrate binding / glycosyl hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule deacylation / cell adhesion involved in biofilm formation / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases ...: / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
著者: Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B.R. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
B: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8842
ポリマ－84,8842
非ポリマー00
水14,664814
1
A: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4421
ポリマ－42,4421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4421
ポリマ－42,4421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.618, 54.016, 86.460
Angle α, β, γ (deg.)101.700, 98.300, 90.190
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase / PgaB / Poly-beta-1 / 6-GlcNAc N-deacetylase


分子量: 42441.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 310-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pgaB, ycdR, b1023, JW5142 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P75906, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG5000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 126137 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 90.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1615)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4P7L

4p7l


解像度: 1.48→41.864 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1866 1.72 %
Rwork0.2205 113643 -
obs0.221 115509 92.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.65 Å2 / Biso mean: 22.8258 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→41.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5610 0 0 814 6424
Biso mean---34.18 -
残基数----691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0757847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4022089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4747-1.49270.35161260.29237029715581
1.4927-1.51160.31671390.27067831797091
1.5116-1.53150.3471360.31017865800191
1.5315-1.55250.30121420.25297983812592
1.5525-1.57460.29261380.24077948808693
1.5746-1.59820.29141400.23288064820493
1.5982-1.62310.28851440.2248069821393
1.6231-1.64970.24021410.22057981812293
1.6497-1.67820.24591420.21868148829094
1.6782-1.70870.27571380.22168009814794
1.7087-1.74160.25611460.21948232837894
1.7416-1.77710.24761380.2167916805494
1.7771-1.81580.25911410.21348126826794
1.8158-1.8580.27721440.21138093823794
1.858-1.90450.17711280.22947477760586
1.9045-1.9560.41821240.31887038716282
1.956-2.01350.28171470.21478238838595
2.0135-2.07850.29491420.24788085822793
2.0785-2.15280.23331430.2168132827595
2.1528-2.2390.26841210.22776984710582
2.239-2.34090.3221280.27127107723581
2.3409-2.46430.23861440.22038273841796
2.4643-2.61860.31421410.21618288842996
2.6186-2.82080.23611450.21868214835996
2.8208-3.10460.23261450.21588239838496
3.1046-3.55360.25561470.20498298844596
3.5536-4.47630.2171410.18758235837695
4.4763-41.8810.18631510.1988545869699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77980.056-0.4480.87350.01061.3358-0.03920.0209-0.02040.05920.03250.03680.0117-0.11550.01910.1704-0.006300.11780.01320.0949-15.1874-10.764866.847
20.22920.1333-0.06790.9612-0.83853.2273-0.0052-0.03340.02660.042-0.01640.0291-0.2134-0.06770.010.1753-0.0017-0.0160.1169-0.00020.12-5.60485.275558.6109
31.91670.1286-1.31282.91580.45033.4510.06050.02250.2883-0.10030.0627-0.3086-0.83590.1153-0.10830.2957-0.0401-0.03040.11670.02380.21686.046715.447447.6037
41.37581.2501-1.74523.9614-4.17834.56410.0372-0.08880.0499-0.0225-0.1331-0.14910.01450.4160.12660.136-0.0127-0.03180.1176-0.00350.12384.81582.790657.9977
50.93520.45970.21291.23720.52121.6204-0.04410.0316-0.0048-0.03560.0150.010.08-0.0040.010.18060.0106-0.00380.09480.01350.0915-2.4342-14.39449.1215
62.4237-0.6505-0.91752.04430.6181.0815-0.08270.0284-0.19630.1229-0.00840.06740.2254-0.05980.05240.2876-0.0143-0.00070.11340.01080.1096-10.8228-25.77657.083
71.126-0.12050.5351.2779-0.21761.2001-0.04760.03450.076-0.06710.03990.0345-0.0594-0.11860.0120.1698-0.0044-0.00790.11710.01040.0924-13.81612.94577.2973
80.371-0.08160.40771.3127-1.20882.70860.02340.0099-0.032-0.0428-0.0284-0.08530.14070.03850.00260.18360.00040.01230.11370.00030.13010.5592-4.191118.5802
90.7679-0.42290.13081.50080.17941.0821-0.0233-0.00270.0779-0.0058-0.0207-0.025-0.1413-0.02330.04930.1912-0.0219-0.00570.09660.00560.0989-4.049419.504723.5204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 312 through 411 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 412 through 477 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 478 through 499 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 500 through 529 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 530 through 636 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 637 through 669 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 312 through 411 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 412 through 529 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 530 through 669 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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