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万見
- PDB-4p7c: Crystal structure of putative methyltransferase from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7c
タイトルCrystal structure of putative methyltransferase from Pseudomonas syringae pv. tomato
要素tRNA (mo5U34)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / PSI-BIOLOGY / structural genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性tRNA U34 carboxymethyltransferase / tRNA (Mo5U34)-methyltransferase-like / Protein of unknown function (DUF1698) / tRNA wobble uridine modification / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ACETATE ION / tRNA U34 carboxymethyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chang, C. / Mack, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative methyltransferase from Pseudomonas syringae pv. tomato
著者: Chang, C. / Mack, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Structure summary
改定 1.22014年8月6日Group: Derived calculations
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (mo5U34)-methyltransferase
B: tRNA (mo5U34)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2206
ポリマ－73,8332
非ポリマー3864
水8,989499
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area27140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.076, 88.732, 128.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 tRNA (mo5U34)-methyltransferase


分子量: 36916.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: cmoB, PSPTO_4213 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic
参照: UniProt: Q87XG5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月25日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 62685 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/av σ(I): 16 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→35.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.23 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 3162 5.1 %RANDOM
Rwork0.1517 59192 --
obs0.154 62354 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.67 Å2 / Biso mean: 12.557 Å2 / Biso min: 3.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5110 0 26 499 5635
Biso mean--32.09 25.14 -
残基数----641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9587435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6485675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13623.49255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14515890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.7961544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214256
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.06435442
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.6785144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.77355641
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 206 -
Rwork0.186 3748 -
all-3954 -
obs--92.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68061.46780.16786.9194-0.31143.6485-0.0446-0.0137-0.1981-0.37770.0141-0.3190.16780.0240.03050.05030.00130.02970.0036-0.00310.04544.384550.8255-4.5334
21.40350.171-0.05760.6474-0.17210.42070.0042-0.025-0.1886-0.0820.0203-0.03540.0632-0.0678-0.02450.0399-0.0015-0.01290.0189-0.00210.046423.422941.0939-4.3374
30.18890.03890.05360.18540.12550.3760.0028-0.009-0.0152-0.0002-0.00280.0007-0.0112-0.012100.0311-0.00030.0010.03040.00820.03325.096757.73047.72
43.71820.7931-2.25070.6864-0.90561.71390.1223-0.1240.2450.08130.00840.0357-0.11380.0389-0.13060.0387-0.02250.00940.0567-0.02610.025721.753964.853414.4167
53.1884-0.0937-1.03314.68460.57254.640.15340.2246-0.35620.0145-0.09530.18710.2181-0.4555-0.05820.0392-0.048-0.02770.1363-0.01540.05617.97283.212521.0366
61.01730.03120.34291.709-0.53690.9862-0.0205-0.07120.1136-0.04590.03280.2834-0.0721-0.1911-0.01230.01230.0102-0.01540.083-0.00480.06162.28225.013216.7511
70.40290.06460.31860.26550.00650.5308-0.01020.01110.0061-0.00190.01180.02730.0155-0.0119-0.00150.04040.0008-0.00360.020.00110.020321.628322.506923.0654
80.1002-0.0198-0.05596.76721.71951.73590.0013-0.0345-0.0247-0.19120.0711-0.1076-0.08890.1012-0.07230.01650.002-0.01950.0308-0.0050.073831.082425.623325.9506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4A302 - 319
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6B23 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7B91 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8B302 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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