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万見
- PDB-4p6s: Crystal Structure of tyrosinase from Bacillus megaterium with L-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6s
タイトルCrystal Structure of tyrosinase from Bacillus megaterium with L-DOPA in the active site
要素Tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-DOPA / type 3 copper proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / pigmentation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / : / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / Tyrosinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation193/11 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Determination of tyrosinase substrate-binding modes reveals mechanistic differences between type-3 copper proteins.
著者: Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Isaschar-Ovdat, S. / Adir, N. / Fishman, A.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosinase
B: Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,76012
ポリマ－66,5792
非ポリマー1,18110
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.880, 81.550, 84.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosinase


分子量: 33289.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2ZB02, tyrosinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-DAH / 3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / L-DOPA / L-ド-パ


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 197.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8000, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.532 Å / Num. all: 28169 / Num. obs: 28169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 25.76 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 5.809 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 228410
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3280.38223219040320.1420.382599.4
2.32-2.468.10.2832.73087538170.1050.2836.299.8
2.46-2.638.20.223.52998736390.0810.227.899.9
2.63-2.848.40.164.62805833540.0590.1610.2100
2.84-3.118.40.1195.92612731240.0440.11913.5100
3.11-3.488.20.0986.62329128250.0360.09817.2100
3.48-4.0280.0827.82026925240.0310.08221.8100
4.02-4.927.40.0699.31598921640.0270.06923.4100
4.92-6.968.10.0698.81382516980.0260.06923.6100
6.96-47.0047.90.05211.977999920.0190.05225.599

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.004 Å / FOM work R set: 0.8416 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1414 5.03 %
Rwork0.1919 26698 -
obs0.1934 28112 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.082 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.53 Å2 / Biso mean: 33.56 Å2 / Biso min: 10.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7882 Å2-0 Å20 Å2
2---8.5166 Å2-0 Å2
3---13.3047 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4699 0 82 251 5032
Biso mean--51.19 38.53 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0294949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7076742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.122669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0821795
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.27860.29221320.24812615274799
2.2786-2.36990.29051510.234925952746100
2.3699-2.47770.2431340.225126582792100
2.4777-2.60830.24611230.220326462769100
2.6083-2.77170.24611270.214226542781100
2.7717-2.98570.25141470.209126592806100
2.9857-3.28610.24981560.194426482804100
3.2861-3.76150.21061390.183626852824100
3.7615-4.73830.18551490.156327172866100
4.7383-47.01520.1781560.171128212977100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.7861 Å / Origin y: -8.1233 Å / Origin z: 0.5128 Å
111213212223313233
T0.1009 Å2-0.0014 Å2-0.0185 Å2-0.1279 Å2-0.0197 Å2--0.0719 Å2
L0.9516 °20.0525 °20.1245 °2-1.9199 °2-0.1546 °2--0.3849 °2
S0.0518 Å °0.0145 Å °-0.131 Å °0.034 Å °-0.0044 Å °-0.1113 Å °0.1079 Å °0.0212 Å °-0.0393 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 290
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 290
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allI1
8X-RAY DIFFRACTION1allJ351
9X-RAY DIFFRACTION1allK352
10X-RAY DIFFRACTION1allL1
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 272
12X-RAY DIFFRACTION1allG351
13X-RAY DIFFRACTION1allH351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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