PDB-4p60: Structure of the N-terminal domain of the human mitochondrial asp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p60

タイトル

Structure of the N-terminal domain of the human mitochondrial aspartate/glutamate carrier Aralar in the apo state

要素

Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3-sulfino-L-alanine: proton, glutamate antiporter activity / aspartate:glutamate, proton antiporter activity / malate-aspartate shuttle / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / aspartate transmembrane transport / Aspartate and asparagine metabolism / L-aspartate transmembrane transporter activity / Mitochondrial protein import ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Calcium-induced conformational changes of the regulatory domain of human mitochondrial aspartate/glutamate carriers.
著者: Thangaratnarajah, C. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.

履歴

登録	2014年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p60.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p60.ent.gz	180.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p60_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p60_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	4p60_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4p60_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/4p60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p5wC 4p5xSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lmo-d 1gxl-2 1jzr-2 5emz-d 1g6w-2 6q2b-d 1k0b-2 1g6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1

B: Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1

ヘテロ分子

71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.520, 103.520, 185.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar1 / Mitochondrial aspartate glutamate carrier 1 / Solute carrier family 25 member 12 分子量: 35801.316 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal domain of Aralar, apo-state / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC25A12, ARALAR1 / プラスミド: pNZ8048 発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌) 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: O75746
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 % / 解説: Hexagonal block
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3M sodium acetate, 0.1M Tris, 8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.503 Å / Num. obs: 23734 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P5X

4p5x

解像度: 2.4→29.5 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2966	1213	5.12 %	Random selection
R_work	0.2452	-	-	-
obs	0.2477	23682	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4080	0	1	21	4102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.65	5656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.204	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3996-2.4957	0.382	122	0.353	2414	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4957-2.6092	0.3592	144	0.3127	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6092-2.7467	0.3478	136	0.2954	2437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7467-2.9186	0.3381	145	0.2967	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9186-3.1437	0.3396	148	0.2924	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1437-3.4596	0.3249	139	0.2586	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4596-3.9592	0.2888	118	0.228	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9592-4.9843	0.2557	134	0.2063	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9843-29.5057	0.2707	127	0.2326	2739	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6096	1.999	-1.3121	2.3157	-1.5597	1.1478	0.1034	-3.0423	0.2041	2.4723	-0.4317	-0.1919	-0.9755	1.843	0.3099	1.2004	0.3499	0.1047	1.6062	0.7972	1.0836	36.0149	18.6586	83.3708
2	4.766	0.5697	-0.351	5.4982	-2.43	6.2984	-0.3683	-0.6665	0.1236	0.2041	0.419	0.0837	0.2365	0.6618	0.0046	0.747	0.2277	-0.123	0.8895	0.0307	0.6454	28.3274	31.7201	78.5682
3	4.4757	0.4357	-0.5284	2.6127	0.0816	7.0749	-0.0986	-1.035	0.5516	1.0019	0.2376	-0.664	-1.0886	0.1367	0.0243	0.8311	0.1431	-0.1864	0.6879	-0.1003	0.5339	22.8471	43.6281	74.5968
4	3.5347	-1.3483	1.1879	2.4153	-2.9086	6.6002	-1.2088	-0.9451	-0.8321	-0.1692	0.823	0.7469	0.0741	-0.044	-0.043	0.5748	0.1589	-0.2465	0.6551	-0	0.3174	18.7214	36.0431	69.9633
5	7.3664	2.9156	0.0806	6.8866	-2.6733	3.8696	-0.1364	0.0765	-0.3737	0.4386	0.0031	-0.2437	-0.0365	0.4561	0.1304	0.3378	0.0785	-0.0083	0.3137	-0.034	0.3792	15.3062	28.2616	55.5101
6	6.3147	0.8433	1.6838	7.8377	-3.6869	7.1673	-0.0508	-0.6684	-1.1491	0.4531	-0.0851	0.5177	0.6	-0.3236	0.0018	0.5201	0.0497	-0.0291	0.3272	0.0125	0.5617	5.9028	16.4543	56.3334
7	7.3602	-0.9261	2.9025	7.2318	0.9295	8.1817	0.1993	-1.0017	-1.1648	0.9176	-0.137	0.429	0.9685	-0.7139	-0.0592	0.6356	-0.0688	0.0664	0.5208	0.0387	0.6508	-22.9911	35.328	62.2393
8	4.0842	-1.0931	0.5265	4.3481	2.4203	2.2215	-0.225	-0.2397	0.2854	0.2537	0.2092	-0.1356	-0.2026	-0.1284	-0.0457	0.6405	0.1591	-0.1908	0.4309	0.017	0.4915	-0.1178	42.8659	61.9409
9	5.9453	1.9925	0.1738	5.5096	-0.0381	1.6211	-0.3245	-1.7818	-0.5241	0.3944	-0.0977	0.3952	-0.2018	-0.6772	0.3071	0.9155	0.3682	-0.1134	1.3311	0.1288	0.5444	3.069	35.5239	82.7918
10	6.7146	-2.3026	3.6902	3.4115	0.7113	3.5163	-0.0725	-1.0504	-0.9687	0.1384	0.2972	-0.0434	1.0411	-0.2564	-0.23	0.9413	0.2856	0.0285	1.5285	0.5314	0.9407	1.8378	23.969	81.342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 122 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 239 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 240 through 295 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 17 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 169 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 170 through 238 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 239 through 308 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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