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- PDB-4p5h: Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5h
タイトルStructure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2
要素
  • Claudin-2
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードToxin/CELL Adhesion / TOXIN-CELL ADHESION COMPLEX / BETA PORE-FORMING TOXIN / RECEPTOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intestinal D-glucose absorption / paracellular tight junction channel activity / regulation of intestinal lipid absorption / paracellular transport / regulation of bile acid secretion / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / tight junction / bicellular tight junction / innate immune response in mucosa / cell-cell adhesion ...regulation of intestinal D-glucose absorption / paracellular tight junction channel activity / regulation of intestinal lipid absorption / paracellular transport / regulation of bile acid secretion / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / tight junction / bicellular tight junction / innate immune response in mucosa / cell-cell adhesion / toxin activity / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Claudin-2 / Jelly Rolls - #1050 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family ...Claudin-2 / Jelly Rolls - #1050 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Beta Complex / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Claudin-2 / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Yelland, T.S. / Basak, A.K.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G0700051 英国
Wellcome TrustWT089618MA 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI19844-30 米国
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a C. perfringens Enterotoxin Mutant in Complex with a Modified Claudin-2 Extracellular Loop 2.
著者: Yelland, T.S. / Naylor, C.E. / Bagoban, T. / Savva, C.G. / Moss, D.S. / McClane, B.A. / Blasig, I.E. / Popoff, M. / Basak, A.K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the food-poisoning Clostridium perfringens enterotoxin reveals similarity to the aerolysin-like pore-forming toxins.
著者: Briggs, D.C. / Naylor, C.E. / Smedley, J.G. / Lukoyanova, N. / Robertson, S. / Moss, D.S. / McClane, B.A. / Basak, A.K.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
置き換え2014年8月6日ID: 3ZJ3
改定 1.22014年8月6日Group: Other
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: Claudin-2
2: Claudin-2
3: Claudin-2
4: Claudin-2
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Heat-labile enterotoxin B chain
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
F: Heat-labile enterotoxin B chain
G: Heat-labile enterotoxin B chain
H: Heat-labile enterotoxin B chain
I: Heat-labile enterotoxin B chain
J: Heat-labile enterotoxin B chain
K: Heat-labile enterotoxin B chain
L: Heat-labile enterotoxin B chain
M: Heat-labile enterotoxin B chain
N: Heat-labile enterotoxin B chain
O: Heat-labile enterotoxin B chain
P: Claudin-2
Q: Claudin-2
R: Claudin-2
S: Claudin-2
T: Claudin-2
U: Claudin-2
V: Claudin-2
W: Claudin-2
X: Claudin-2
Y: Claudin-2
Z: Claudin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,54130
ポリマ－508,54130
非ポリマー00
水00
1
1: Claudin-2
J: Heat-labile enterotoxin B chain
K: Heat-labile enterotoxin B chain
L: Heat-labile enterotoxin B chain
Y: Claudin-2
Z: Claudin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7086
ポリマ－101,7086
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
2
2: Claudin-2
3: Claudin-2
4: Claudin-2
M: Heat-labile enterotoxin B chain
N: Heat-labile enterotoxin B chain
O: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7086
ポリマ－101,7086
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area38780 Å2
手法PISA
3
A: Heat-labile enterotoxin B chain
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Heat-labile enterotoxin B chain
P: Claudin-2
Q: Claudin-2
R: Claudin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7086
ポリマ－101,7086
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area38810 Å2
手法PISA
4
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Heat-labile enterotoxin B chain
F: Heat-labile enterotoxin B chain
S: Claudin-2
T: Claudin-2
U: Claudin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7086
ポリマ－101,7086
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area39000 Å2
手法PISA
5
G: Heat-labile enterotoxin B chain
H: Heat-labile enterotoxin B chain
I: Heat-labile enterotoxin B chain
V: Claudin-2
W: Claudin-2
X: Claudin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7086
ポリマ－101,7086
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area38870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)369.600, 100.260, 265.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Claudin-2


分子量: 2378.766 Da / 分子数: 15 / 断片: ECL2 (UNP residues 141-160) / 変異: S149N, S155A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O88552
#2: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 31523.965 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 38-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: 8-6 / 遺伝子: cpe / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P01558

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 22 % MPD, 0.2 M AMACE, 0.1 M NACITRATE, PH 5.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月25日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→49.38 Å / Num. obs: 96906 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 84.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 3.38→3.56 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 48.6

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZIX

3zix


解像度: 3.38→48.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7677 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.495
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 4849 5.01 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.2062 96758 80.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 117.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-37.2619 Å20 Å25.1601 Å2
2---105.5859 Å20 Å2
3---68.324 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.771 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.38→48.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34326 0 0 0 34326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0135061HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3747827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11825SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes975HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5116HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it35061HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4800SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact39105SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.38→3.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2964 170 5.17 %
Rwork0.253 3116 -
all0.2552 3286 -
obs--80.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6254-1.66691.14481.46570.20121.30950.02350.5547-0.41890.0640.21250.05520.2206-0.083-0.236-0.0135-0.07260.00070.2233-0.17850.222637.848-36.679428.8353
22.2294-1.8884-0.46893.12710.4121.73190.0204-0.1321-0.00960.2331-0.0507-0.18860.54760.25890.03030.32660.2075-0.1226-0.0955-0.05580.117570.4908-53.622642.7285
32.5358-1.6691-0.1275.93312.3013.03940.1980.13270.1104-0.26250.07390.36860.20330.7043-0.27190.10610.03790.00550.304-0.1535-0.048571.1319-38.336921.4956
45.11773.14420.66664.20380.37141.9550.04210.17220.28160.01690.00240.0862-0.45350.665-0.04450.0318-0.20750.1080.3040.05580.257976.9459-0.831330.4542
52.81721.45370.1880.4786-0.41493.9715-0.2860.2512-0.0426-0.07280.22180.066-0.15890.65470.06420.0252-0.20750.08860.3040.05580.273854.5929-8.574619.3895
62.4184-1.0336-0.83612.4595-0.89936.5373-0.19060.2595-0.11690.0341-0.0131-0.05020.1880.13340.2037-0.1747-0.06970.0259-0.0761-0.11150.120327.7314-19.609345.5349
71.7885-0.7645-0.80071.26470.23782.2722-0.21320.08650.2425-0.01210.1607-0.1253-0.02470.50440.05250.1196-0.20750.09520.3040.05580.360540.6268-29.1153-73.5455
87.81041.3575-0.21541.5706-0.33431.3458-0.1897-0.04010.2145-0.1139-0.14310.15110.0346-0.00630.3329-0.06350.01790.0404-0.0293-0.10210.241110.3688-26.434-48.7888
93.3159-1.5231.98853.3983-0.9271.19050.1767-0.03170.14780.1531-0.18370.1774-0.0365-0.21740.0070.0818-0.11570.2093-0.0266-0.10370.189914.0944-47.5752-63.2898
100.2154-0.112-0.67415.4688-1.80831.692-0.0762-0.3764-0.06330.35130.0388-0.39910.63770.2480.03740.330.09140.0637-0.3040.10350.003737.1461-73.972-45.3786
111.51651.73730.64342.9931.85032.61690.1005-0.35010.0765-0.0708-0.0749-0.49560.18910.4264-0.02560.13010.16350.18180.16420.02060.196944.3666-62.2848-67.399
128.16022.42851.82372.48571.61512.39420.05010.13850.5902-0.1844-0.1795-0.1582-0.26750.70760.12940.0796-0.20750.03170.3040.05580.394463.6013-28.6386-61.1753
133.27431.54881.33692.49030.75963.69380.1534-0.10030.0943-0.2451-0.235-0.12260.30760.18190.0816-0.06750.08360.0723-0.304-0.12560.034169.1552-37.609472.0546
141.5115-0.7252-0.14773.1713-0.44141.4456-0.09570.20020.28060.0642-0.29210.0725-0.09390.74320.3878-0.1232-0.1717-0.05680.304-0.00640.294499.7433-13.741377.9703
150.9285-0.11120.05620.07920.40261.6435-0.13510.37850.37190.0882-0.0354-0.1385-0.13210.33140.17050.0071-0.18550.04550.26470.01760.302779.4285-6.456963.2102
16-0.1292-0.17970.07513.41240.69370.1292-0.2584-0.03080.26710.0362-0.0818-0.3203-0.10850.03550.34020.0309-0.0474-0.1185-0.304-0.04020.088651.100210.945783.9014
172.3609-1.48112.4495.4843-3.26132.422-0.0066-0.1648-0.0767-0.09260.08670.047-0.06360.1833-0.0801-0.1067-0.0640.09-0.3039-0.19020.140346.9803-11.820271.8166
180.64541.2105-0.19082.76-1.04911.88810.07870.05930.34010.392-0.1473-0.18490.2835-0.43180.0686-0.0829-0.12170.0957-0.304-0.0932-0.018856.2918-42.709294.1762
196.19681.74930.10442.83071.27751.338-0.2915-0.29750.09-0.11260.3884-0.1390.64230.4558-0.09690.35250.20750.06780.1883-0.0558-0.07840.483-55.5641-17.7479
205.799-1.37191.46221.91372.526210.8319-0.0607-0.02860.2774-0.0216-0.2161-0.24870.42780.61150.27680.17260.20750.07640.304-0.05580.435477.2012-43.4672-10.4823
214.9417-1.8469-2.84571.02532.29516.15750.25050.18690.121-0.0176-0.0117-0.19470.07790.5501-0.23880.02-0.08250.03690.304-0.16140.328762.1319-31.2755-27.8245
224.41451.0593-0.3883.42462.3059-1.7704-0.19570.26960.2763-0.20570.00440.1858-0.68090.08210.19140.2271-0.1835-0.08620.26110.01410.230341.0839-3.2226-10.6523
230.6270.90431.05883.1982-2.83753.0617-0.2721-0.24020.2435-0.07570.2073-0.0429-0.14690.28080.0648-0.0759-0.1259-0.01310.304-0.0860.290929.5501-23.7291-21.7793
241.79620.7638-1.74792.2134-1.07212.4960.0221-0.3123-0.21240.014-0.04060.0380.62710.10920.01850.0487-0.1479-0.06030.0827-0.04760.04925.1733-53.52263.2774
254.1603-0.09280.8810.77180.49260.8636-0.0782-0.3302-0.1326-0.1489-0.044-0.1720.0852-0.16590.1222-0.0309-0.12930.0514-0.304-0.08020.260964.6787-23.8925120.477
263.1775-1.08720.26011.8805-0.99323.24320.0399-0.23640.21470.16050.15-0.21740.22560.2583-0.1899-0.13750.0222-0.039-0.304-0.16260.2592102.5648-27.3807130.2622
270.8206-0.2441-1.0923.0750.86761.66520.04550.30920.38150.23330.1512-0.05650.02760.189-0.1967-0.0685-0.09420.0077-0.0077-0.1410.274194.8499-11.7996110.8145
282.00782.56862.37744.05540.93532.07130.0304-0.40750.1698-0.0176-0.17550.5877-0.73260.01930.14510.15-0.20650.0637-0.24770.0540.427686.477824.5564122.9045
291.43730.34010.29352.2581-1.59993.1290.0331-0.2549-0.0287-0.1136-0.0030.3377-0.11150.3416-0.0301-0.0186-0.0865-0.0252-0.304-0.15380.358468.13199.0306112.6245
301.77361.8601-2.637301.05083.81030.1155-0.2603-0.04170.2586-0.1898-0.0480.365-0.63880.0743-0.0236-0.10930.04610.1043-0.11470.274150.4813-13.3778139.6085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|34 - 193 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|194 - 319 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|34 - 193 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|194 - 319 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|34 - 193 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|194 - 319 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|34 - 193 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ D|194 - 319 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ E|34 - 193 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|194 - 319 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ F|34 - 193 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ F|194 - 319 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ G|34 - 193 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ G|194 - 319 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ H|34 - 193 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ H|194 - 319 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ I|34 - 193 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ I|194 - 319 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ J|34 - 193 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ J|194 - 319 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ K|34 - 193 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ K|194 - 319 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ L|34 - 193 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ L|194 - 319 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ M|34 - 193 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ M|194 - 319 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ N|34 - 193 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ N|194 - 319 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ O|34 - 193 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ O|194 - 319 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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