PDB-4p5h: Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p5h

タイトル

Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2

要素

Claudin-2
Heat-labile enterotoxin B chain

キーワード

Toxin/CELL Adhesion / TOXIN-CELL ADHESION COMPLEX / BETA PORE-FORMING TOXIN / RECEPTOR BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of intestinal D-glucose absorption / paracellular tight junction channel activity / regulation of intestinal lipid absorption / paracellular transport / regulation of bile acid secretion / calcium-independent cell-cell adhesion / tight junction / bicellular tight junction / innate immune response in mucosa / cell-cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.38 Å

データ登録者

Naylor, C.E. / Yelland, T.S. / Basak, A.K.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	G0700051	英国
Wellcome Trust	WT089618MA	英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37 AI19844-30	米国

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a C. perfringens Enterotoxin Mutant in Complex with a Modified Claudin-2 Extracellular Loop 2.
著者: Yelland, T.S. / Naylor, C.E. / Bagoban, T. / Savva, C.G. / Moss, D.S. / McClane, B.A. / Blasig, I.E. / Popoff, M. / Basak, A.K.

履歴

登録	2014年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
置き換え	2014年8月6日	ID: 3ZJ3
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Other
改定 1.3	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4p5h.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p5h_validation.pdf.gz	622.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p5h_full_validation.pdf.gz	697.8 KB	表示
XML形式データ	4p5h_validation.xml.gz	143.7 KB	表示
CIF形式データ	4p5h_validation.cif.gz	193.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p5h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ziwC 3zixSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ziw-2 2yhj-1 2xh6-d 2yhj-2 3am2-1 3ziw-1 2c5s-1 3fux-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

1: Claudin-2

2: Claudin-2

3: Claudin-2

4: Claudin-2

A: Heat-labile enterotoxin B chain

B: Heat-labile enterotoxin B chain

C: Heat-labile enterotoxin B chain

D: Heat-labile enterotoxin B chain

E: Heat-labile enterotoxin B chain

F: Heat-labile enterotoxin B chain

G: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

J: Heat-labile enterotoxin B chain

K: Heat-labile enterotoxin B chain

L: Heat-labile enterotoxin B chain

M: Heat-labile enterotoxin B chain

N: Heat-labile enterotoxin B chain

O: Heat-labile enterotoxin B chain

P: Claudin-2

Q: Claudin-2

R: Claudin-2

S: Claudin-2

T: Claudin-2

U: Claudin-2

V: Claudin-2

W: Claudin-2

X: Claudin-2

Y: Claudin-2

Z: Claudin-2

509 kDa, 30 ポリマー
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1

1: Claudin-2

J: Heat-labile enterotoxin B chain

K: Heat-labile enterotoxin B chain

L: Heat-labile enterotoxin B chain

Y: Claudin-2

Z: Claudin-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 6 ポリマー
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2

2: Claudin-2

3: Claudin-2

4: Claudin-2

M: Heat-labile enterotoxin B chain

N: Heat-labile enterotoxin B chain

O: Heat-labile enterotoxin B chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 6 ポリマー
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3

A: Heat-labile enterotoxin B chain

B: Heat-labile enterotoxin B chain

C: Heat-labile enterotoxin B chain

P: Claudin-2

Q: Claudin-2

R: Claudin-2

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102 kDa, 6 ポリマー
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4

D: Heat-labile enterotoxin B chain

E: Heat-labile enterotoxin B chain

F: Heat-labile enterotoxin B chain

S: Claudin-2

T: Claudin-2

U: Claudin-2

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102 kDa, 6 ポリマー
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5

G: Heat-labile enterotoxin B chain

H: Heat-labile enterotoxin B chain

I: Heat-labile enterotoxin B chain

V: Claudin-2

W: Claudin-2

X: Claudin-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	369.600, 100.260, 265.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質・ペプチド	Claudin-2 分子量: 2378.766 Da / 分子数: 15 / 断片: ECL2 (UNP residues 141-160) / 変異: S149N, S155A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O88552
#2: タンパク質	Heat-labile enterotoxin B chain 分子量: 31523.965 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 38-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: 8-6 / 遺伝子: cpe / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P01558

#1: タンパク質・ペプチド

Claudin-2

分子量: 2378.766 Da / 分子数: 15 / 断片: ECL2 (UNP residues 141-160) / 変異: S149N, S155A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O88552

#2: タンパク質

Heat-labile enterotoxin B chain

分子量: 31523.965 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 38-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: 8-6 / 遺伝子: cpe / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P01558

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 22 % MPD, 0.2 M AMACE, 0.1 M NACITRATE, PH 5.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.38→49.38 Å / Num. obs: 96906 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 84.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 3.38→3.56 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 48.6

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZIX

3zix

解像度: 3.38→48.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.7915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7677 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.495

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	4849	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2044	-	-	-
obs	0.2062	96758	80.82 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	37.2619 Å²	0 Å²	5.1601 Å²
2-	-	-105.5859 Å²	0 Å²
3-	-	-	68.324 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.771 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.38→48.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34326	0	0	0	34326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	35061	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.37	47827	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11825	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		975	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		5116	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		35061	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.3
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		4800	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		39105	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.38→3.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2964	170	5.17 %
R_work	0.253	3116	-
all	0.2552	3286	-
obs	-	-	80.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6254	-1.6669	1.1448	1.4657	0.2012	1.3095	0.0235	0.5547	-0.4189	0.064	0.2125	0.0552	0.2206	-0.083	-0.236	-0.0135	-0.0726	0.0007	0.2233	-0.1785	0.2226	37.848	-36.6794	28.8353
2	2.2294	-1.8884	-0.4689	3.1271	0.412	1.7319	0.0204	-0.1321	-0.0096	0.2331	-0.0507	-0.1886	0.5476	0.2589	0.0303	0.3266	0.2075	-0.1226	-0.0955	-0.0558	0.1175	70.4908	-53.6226	42.7285
3	2.5358	-1.6691	-0.127	5.9331	2.301	3.0394	0.198	0.1327	0.1104	-0.2625	0.0739	0.3686	0.2033	0.7043	-0.2719	0.1061	0.0379	0.0055	0.304	-0.1535	-0.0485	71.1319	-38.3369	21.4956
4	5.1177	3.1442	0.6666	4.2038	0.3714	1.955	0.0421	0.1722	0.2816	0.0169	0.0024	0.0862	-0.4535	0.665	-0.0445	0.0318	-0.2075	0.108	0.304	0.0558	0.2579	76.9459	-0.8313	30.4542
5	2.8172	1.4537	0.188	0.4786	-0.4149	3.9715	-0.286	0.2512	-0.0426	-0.0728	0.2218	0.066	-0.1589	0.6547	0.0642	0.0252	-0.2075	0.0886	0.304	0.0558	0.2738	54.5929	-8.5746	19.3895
6	2.4184	-1.0336	-0.8361	2.4595	-0.8993	6.5373	-0.1906	0.2595	-0.1169	0.0341	-0.0131	-0.0502	0.188	0.1334	0.2037	-0.1747	-0.0697	0.0259	-0.0761	-0.1115	0.1203	27.7314	-19.6093	45.5349
7	1.7885	-0.7645	-0.8007	1.2647	0.2378	2.2722	-0.2132	0.0865	0.2425	-0.0121	0.1607	-0.1253	-0.0247	0.5044	0.0525	0.1196	-0.2075	0.0952	0.304	0.0558	0.3605	40.6268	-29.1153	-73.5455
8	7.8104	1.3575	-0.2154	1.5706	-0.3343	1.3458	-0.1897	-0.0401	0.2145	-0.1139	-0.1431	0.1511	0.0346	-0.0063	0.3329	-0.0635	0.0179	0.0404	-0.0293	-0.1021	0.2411	10.3688	-26.434	-48.7888
9	3.3159	-1.523	1.9885	3.3983	-0.927	1.1905	0.1767	-0.0317	0.1478	0.1531	-0.1837	0.1774	-0.0365	-0.2174	0.007	0.0818	-0.1157	0.2093	-0.0266	-0.1037	0.1899	14.0944	-47.5752	-63.2898
10	0.2154	-0.112	-0.6741	5.4688	-1.8083	1.692	-0.0762	-0.3764	-0.0633	0.3513	0.0388	-0.3991	0.6377	0.248	0.0374	0.33	0.0914	0.0637	-0.304	0.1035	0.0037	37.1461	-73.972	-45.3786
11	1.5165	1.7373	0.6434	2.993	1.8503	2.6169	0.1005	-0.3501	0.0765	-0.0708	-0.0749	-0.4956	0.1891	0.4264	-0.0256	0.1301	0.1635	0.1818	0.1642	0.0206	0.1969	44.3666	-62.2848	-67.399
12	8.1602	2.4285	1.8237	2.4857	1.6151	2.3942	0.0501	0.1385	0.5902	-0.1844	-0.1795	-0.1582	-0.2675	0.7076	0.1294	0.0796	-0.2075	0.0317	0.304	0.0558	0.3944	63.6013	-28.6386	-61.1753
13	3.2743	1.5488	1.3369	2.4903	0.7596	3.6938	0.1534	-0.1003	0.0943	-0.2451	-0.235	-0.1226	0.3076	0.1819	0.0816	-0.0675	0.0836	0.0723	-0.304	-0.1256	0.0341	69.1552	-37.6094	72.0546
14	1.5115	-0.7252	-0.1477	3.1713	-0.4414	1.4456	-0.0957	0.2002	0.2806	0.0642	-0.2921	0.0725	-0.0939	0.7432	0.3878	-0.1232	-0.1717	-0.0568	0.304	-0.0064	0.2944	99.7433	-13.7413	77.9703
15	0.9285	-0.1112	0.0562	0.0792	0.4026	1.6435	-0.1351	0.3785	0.3719	0.0882	-0.0354	-0.1385	-0.1321	0.3314	0.1705	0.0071	-0.1855	0.0455	0.2647	0.0176	0.3027	79.4285	-6.4569	63.2102
16	-0.1292	-0.1797	0.0751	3.4124	0.6937	0.1292	-0.2584	-0.0308	0.2671	0.0362	-0.0818	-0.3203	-0.1085	0.0355	0.3402	0.0309	-0.0474	-0.1185	-0.304	-0.0402	0.0886	51.1002	10.9457	83.9014
17	2.3609	-1.4811	2.449	5.4843	-3.2613	2.422	-0.0066	-0.1648	-0.0767	-0.0926	0.0867	0.047	-0.0636	0.1833	-0.0801	-0.1067	-0.064	0.09	-0.3039	-0.1902	0.1403	46.9803	-11.8202	71.8166
18	0.6454	1.2105	-0.1908	2.76	-1.0491	1.8881	0.0787	0.0593	0.3401	0.392	-0.1473	-0.1849	0.2835	-0.4318	0.0686	-0.0829	-0.1217	0.0957	-0.304	-0.0932	-0.0188	56.2918	-42.7092	94.1762
19	6.1968	1.7493	0.1044	2.8307	1.2775	1.338	-0.2915	-0.2975	0.09	-0.1126	0.3884	-0.139	0.6423	0.4558	-0.0969	0.3525	0.2075	0.0678	0.1883	-0.0558	-0.078	40.483	-55.5641	-17.7479
20	5.799	-1.3719	1.4622	1.9137	2.5262	10.8319	-0.0607	-0.0286	0.2774	-0.0216	-0.2161	-0.2487	0.4278	0.6115	0.2768	0.1726	0.2075	0.0764	0.304	-0.0558	0.4354	77.2012	-43.4672	-10.4823
21	4.9417	-1.8469	-2.8457	1.0253	2.2951	6.1575	0.2505	0.1869	0.121	-0.0176	-0.0117	-0.1947	0.0779	0.5501	-0.2388	0.02	-0.0825	0.0369	0.304	-0.1614	0.3287	62.1319	-31.2755	-27.8245
22	4.4145	1.0593	-0.388	3.4246	2.3059	-1.7704	-0.1957	0.2696	0.2763	-0.2057	0.0044	0.1858	-0.6809	0.0821	0.1914	0.2271	-0.1835	-0.0862	0.2611	0.0141	0.2303	41.0839	-3.2226	-10.6523
23	0.627	0.9043	1.0588	3.1982	-2.8375	3.0617	-0.2721	-0.2402	0.2435	-0.0757	0.2073	-0.0429	-0.1469	0.2808	0.0648	-0.0759	-0.1259	-0.0131	0.304	-0.086	0.2909	29.5501	-23.7291	-21.7793
24	1.7962	0.7638	-1.7479	2.2134	-1.0721	2.496	0.0221	-0.3123	-0.2124	0.014	-0.0406	0.038	0.6271	0.1092	0.0185	0.0487	-0.1479	-0.0603	0.0827	-0.0476	0.049	25.1733	-53.5226	3.2774
25	4.1603	-0.0928	0.881	0.7718	0.4926	0.8636	-0.0782	-0.3302	-0.1326	-0.1489	-0.044	-0.172	0.0852	-0.1659	0.1222	-0.0309	-0.1293	0.0514	-0.304	-0.0802	0.2609	64.6787	-23.8925	120.477
26	3.1775	-1.0872	0.2601	1.8805	-0.9932	3.2432	0.0399	-0.2364	0.2147	0.1605	0.15	-0.2174	0.2256	0.2583	-0.1899	-0.1375	0.0222	-0.039	-0.304	-0.1626	0.2592	102.5648	-27.3807	130.2622
27	0.8206	-0.2441	-1.092	3.075	0.8676	1.6652	0.0455	0.3092	0.3815	0.2333	0.1512	-0.0565	0.0276	0.189	-0.1967	-0.0685	-0.0942	0.0077	-0.0077	-0.141	0.2741	94.8499	-11.7996	110.8145
28	2.0078	2.5686	2.3774	4.0554	0.9353	2.0713	0.0304	-0.4075	0.1698	-0.0176	-0.1755	0.5877	-0.7326	0.0193	0.1451	0.15	-0.2065	0.0637	-0.2477	0.054	0.4276	86.4778	24.5564	122.9045
29	1.4373	0.3401	0.2935	2.2581	-1.5999	3.129	0.0331	-0.2549	-0.0287	-0.1136	-0.003	0.3377	-0.1115	0.3416	-0.0301	-0.0186	-0.0865	-0.0252	-0.304	-0.1538	0.3584	68.1319	9.0306	112.6245
30	1.7736	1.8601	-2.6373	0	1.0508	3.8103	0.1155	-0.2603	-0.0417	0.2586	-0.1898	-0.048	0.365	-0.6388	0.0743	-0.0236	-0.1093	0.0461	0.1043	-0.1147	0.2741	50.4813	-13.3778	139.6085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|34 - 193 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|194 - 319 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|34 - 193 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|194 - 319 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|34 - 193 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|194 - 319 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|34 - 193 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|194 - 319 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|34 - 193 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|194 - 319 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ F\|34 - 193 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ F\|194 - 319 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ G\|34 - 193 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ G\|194 - 319 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ H\|34 - 193 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ H\|194 - 319 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ I\|34 - 193 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ I\|194 - 319 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ J\|34 - 193 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ J\|194 - 319 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ K\|34 - 193 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ K\|194 - 319 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ L\|34 - 193 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ L\|194 - 319 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ M\|34 - 193 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ M\|194 - 319 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ N\|34 - 193 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ N\|194 - 319 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ O\|34 - 193 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ O\|194 - 319 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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