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- PDB-4p5d: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNPH1 (RCL) WITH 6-NAPHTHYL-PURINE-RIBOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNPH1 (RCL) WITH 6-NAPHTHYL-PURINE-RIBOSIDE-MONOPHOSPHATE
要素2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
キーワードHYDROLASE / N-GLYCOSIDASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-deoxynucleoside 5-phosphate N-hydrolase 1, DNPH1 / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N6P / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A.
引用
ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: 6-(Hetero)Arylpurine nucleotides as inhibitors of the oncogenic target DNPH1: Synthesis, structural studies and cytotoxic activities.
著者: Amiable, C. / Paoletti, J. / Haouz, A. / Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A. / Pochet, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues.
著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G.
履歴
登録2014年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3595
ポリマ－34,3472
非ポリマー1,0133
水2,594144
1
C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子

C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2634
ポリマ－34,3472
非ポリマー9172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area3090 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
2
A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子

A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4566
ポリマ－34,3472
非ポリマー1,1094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-2/31
Buried area3300 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.200, 178.200, 56.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

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要素

#1: タンパク質 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / c-Myc-responsive protein Rcl


分子量: 17173.334 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 11-151 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dnph1, Rcl / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bli5
参照: UniProt: O35820, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-N6P / 6-(naphthalen-2-yl)-9-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-9H-purine / 6-Naphthylpurine riboside 5'-monophosphate


分子量: 458.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N4O7P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.3 M LITHIUM SULFATE, 1% PEG2K, 20 MM MAGNESIUM SULFATE, 100 MM TRIS, PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.109→38.59 Å / Num. obs: 31129 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
MOLREP10.2.31位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FYI

4fyi


解像度: 2.11→38.165 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1978 1560 5.06 %random
Rwork0.1746 ---
obs0.1757 30858 99.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→38.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 69 144 2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.433271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.708869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1094-2.17750.23471460.21852600X-RAY DIFFRACTION99
2.1775-2.25530.25641350.21792617X-RAY DIFFRACTION99
2.2553-2.34560.22261430.19142609X-RAY DIFFRACTION99
2.3456-2.45230.24671350.19042613X-RAY DIFFRACTION98
2.4523-2.58160.20961250.18462639X-RAY DIFFRACTION99
2.5816-2.74330.20511550.18512630X-RAY DIFFRACTION99
2.7433-2.9550.21821380.18462659X-RAY DIFFRACTION100
2.955-3.25230.22781350.17742664X-RAY DIFFRACTION99
3.2523-3.72260.19461580.17032668X-RAY DIFFRACTION99
3.7226-4.68870.14431400.13942735X-RAY DIFFRACTION99
4.6887-38.17170.19811500.17972864X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1131-0.644-0.11183.35750.25472.6638-0.0716-0.76250.17450.4101-0.0454-0.0493-0.19940.18150.10780.2138-0.0147-0.03270.7188-0.0280.2999-0.604773.3697-2.5077
22.27380.4416-0.32083.86150.03534.2026-0.0209-0.42160.12010.50340.0597-0.04890.25780.024-0.03260.21330.085-0.02920.3297-0.01950.212436.071763.9842-7.1982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resseq 10:151)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 10:152)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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