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- PDB-4p53: ValA (2-epi-5-epi-valiolone synthase) from Streptomyces hygroscop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p53
タイトルValA (2-epi-5-epi-valiolone synthase) from Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis 5008 with NAD+ and Zn2+ bound
要素Cyclase
キーワードLYASE / sugar phosphate cyclase / pseudoglycoside / sedoheptulose 7-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-epi-5-epi-valiolone synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / antibiotic biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-epi-5-epi-valiolone synthase-like / : / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...2-epi-5-epi-valiolone synthase-like / : / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2-epi-5-epi-valiolone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kean, K.M. / Codding, S.J. / Karplus, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI061528 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure of a sedoheptulose 7-phosphate cyclase: ValA from Streptomyces hygroscopicus.
著者: Kean, K.M. / Codding, S.J. / Asamizu, S. / Mahmud, T. / Karplus, P.A.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _software.classification / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7414
ポリマ－45,9041
非ポリマー8373
水3,387188
1
A: Cyclase
ヘテロ分子

A: Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4818
ポリマ－91,8072
非ポリマー1,6746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area8860 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.186, 77.186, 99.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-50-

PRO

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要素

#1: タンパク質 Cyclase


分子量: 45903.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis (バクテリア)
株: 5008 / 遺伝子: SHJG_0276 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2K887
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.73 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6 M succinic acid, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月22日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→66.9 Å / Num. obs: 20232 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 41.49 Å2 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 19.3 % / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLM1.0.7データ削減
SCALA2.0.6データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLH

3clh


解像度: 2.1→66.845 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 1036 5.13 %RANDOM
Rwork0.1789 ---
obs0.1829 20193 98.83 %-
all-2797 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→66.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 0 52 188 3025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2593906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9911067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21080.34411650.27842616X-RAY DIFFRACTION97
2.2108-2.34940.32261570.26522650X-RAY DIFFRACTION98
2.3494-2.53080.30111330.2232717X-RAY DIFFRACTION99
2.5308-2.78550.31311240.21292754X-RAY DIFFRACTION99
2.7855-3.18850.2731700.19462720X-RAY DIFFRACTION99
3.1885-4.01710.24091430.15312778X-RAY DIFFRACTION100
4.0171-66.87880.22421440.1472922X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.4467 Å / Origin y: 45.4145 Å / Origin z: 30.8642 Å
111213212223313233
T0.2695 Å2-0.0028 Å20.0027 Å2-0.2369 Å2-0.0078 Å2--0.2553 Å2
L1.0811 °2-0.4575 °20.3295 °2-2.0113 °20.0936 °2--2.6116 °2
S0.1251 Å °0.1196 Å °-0.0933 Å °-0.3375 Å °-0.0484 Å °0.0165 Å °-0.0104 Å °0.3391 Å °-0.0653 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A and (resid 26:398 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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