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- PDB-4p4m: Crystal structure of Leishmania infantum polymerase beta: Ternary... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p4m
タイトルCrystal structure of Leishmania infantum polymerase beta: Ternary P/T complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9185 Å
データ登録者Mejia, E. / Burak, M. / Alonso, A. / Larraga, V. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Garcia-Diaz, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100021-02 米国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2014
タイトル: Structures of the Leishmania infantum polymerase beta.
著者: Mejia, E. / Burak, M. / Alonso, A. / Larraga, V. / Kunkel, T.A. / Bebenek, K. / Garcia-Diaz, M.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7886
ポリマ－46,2753
非ポリマー5133
水5,873326
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.680, 108.680, 151.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

21A-555-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 42962.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6N3

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 1504.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 1808.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 329分子

#4: 化合物 ChemComp-D3T / 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddTTP


タイプ: DNA OH 3 prime terminus / 分子量: 466.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 120 mM magnesium chloride, 0.4 M Tris-HCl, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.918→94.13 Å / Num. obs: 41119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Net I/σ(I): 38.4
反射 シェル解像度: 1.918→1.948 Å / % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BPY

1bpy


解像度: 1.9185→44.945 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 3100 7.55 %
Rwork0.1639 --
obs0.1653 41054 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9185→44.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 224 30 326 2682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2923443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.647984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9185-1.94850.23291360.18661663X-RAY DIFFRACTION99
1.9485-1.98040.19631370.17381689X-RAY DIFFRACTION100
1.9804-2.01460.17671390.16811698X-RAY DIFFRACTION100
2.0146-2.05120.16971390.17031704X-RAY DIFFRACTION100
2.0512-2.09070.18031380.16141689X-RAY DIFFRACTION100
2.0907-2.13330.18271380.1571687X-RAY DIFFRACTION100
2.1333-2.17970.17891390.16361697X-RAY DIFFRACTION100
2.1797-2.23040.1881380.16851692X-RAY DIFFRACTION100
2.2304-2.28620.25331390.16971700X-RAY DIFFRACTION100
2.2862-2.3480.18521400.17161714X-RAY DIFFRACTION100
2.348-2.41710.21451400.17241718X-RAY DIFFRACTION100
2.4171-2.49510.1951390.16631695X-RAY DIFFRACTION100
2.4951-2.58430.19521400.16561719X-RAY DIFFRACTION100
2.5843-2.68770.18621410.17391715X-RAY DIFFRACTION100
2.6877-2.810.1921400.16811719X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.95820.17021410.16781728X-RAY DIFFRACTION100
2.9582-3.14350.20811420.16611725X-RAY DIFFRACTION100
3.1435-3.38610.17461430.15751755X-RAY DIFFRACTION100
3.3861-3.72670.14471420.1451751X-RAY DIFFRACTION100
3.7267-4.26560.1261450.13231768X-RAY DIFFRACTION100
4.2656-5.37280.16611470.15291801X-RAY DIFFRACTION100
5.3728-44.95760.22471570.20271927X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37841.17690.51376.37541.71713.31110.0328-1.13520.42230.70950.2619-0.1683-0.26120.5529-0.28470.3564-0.03770.01690.7602-0.18750.3717-3.9517-19.682511.4984
22.0873-0.7152-0.59810.88910.26581.31520.0541-0.0730.01150.0529-0.04040.092-0.1111-0.0659-0.01780.18670.0050.04150.119-0.00710.1554-8.497-34.1001-9.3048
32.5706-0.0381-1.29564.148-1.2633.0684-0.0007-0.1543-0.06060.2341-0.0281-0.28470.0550.27550.01010.16690.0318-0.02370.1589-0.0040.150311.0457-46.3236-9.5346
45.8851-3.6715-4.1886.1217-1.37247.12470.2817-1.03690.13440.0312-0.18970.0503-0.18890.2821-0.08950.241-0.0736-0.03980.41940.02070.26383.01-26.68030.4207
52.8841-1.10870.16054.3128-0.51592.42920.0794-0.23180.39670.3135-0.0138-0.2167-0.27510.1655-0.0750.2197-0.04360.04020.2032-0.02220.21956.7601-31.481-5.0266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 90 through 117 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 304 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 376 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 6 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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