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- PDB-4p49: The structure of a chicken anti-prostate specific antigen scFv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p49
タイトルThe structure of a chicken anti-prostate specific antigen scFv
要素Antibody scFv B8
キーワードIMMUNE SYSTEM / recombinant antibody / chicken / cardiac troponin I / scFv / immunoglobulin / phage display
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Conroy, P.J. / Law, R.H.P. / Gilgunn, S. / Hearty, S. / Llyod, G. / Caradoc-Davies, T.T. / O'Kennedy, R.J. / Whisstock, J.C.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
SFI10/CE/B1821 アイルランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Reconciling the structural attributes of avian antibodies.
著者: Conroy, P.J. / Law, R.H. / Gilgunn, S. / Hearty, S. / Caradoc-Davies, T.T. / Lloyd, G. / O'Kennedy, R.J. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42015年1月14日Group: Database references
改定 1.52015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.62017年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification
改定 1.72023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody scFv B8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0126
ポリマ－27,5691
非ポリマー4435
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.459, 52.459, 302.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-409-

HOH

31A-478-

HOH

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要素

#1: 抗体 Antibody scFv B8


分子量: 27568.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pComb3x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M NaOAc pH 4.6, 0.2M NH4-sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953697 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50.396 Å / Num. all: 50126 / Num. obs: 50126 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.126 / Net I/av σ(I): 3.273 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 887042
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.489.10.910.96214068540.3130.912.396.3
1.48-1.57140.6031.39525467810.1650.6034.1100
1.57-1.6720.40.393213031264030.0890.3937.1100
1.67-1.8120.50.249312337760110.0560.24910.2100
1.81-1.9820.40.172411340255470.0390.17214.6100
1.98-2.2120.30.1424.610306450700.0320.14218.9100
2.21-2.5620.10.12859067945130.0290.12821.1100
2.56-3.1319.70.1274.97682239070.0290.12723.8100
3.13-4.4318.80.0986.15835631110.0230.09826.4100
4.43-151.18817.40.0796.63363619290.0190.07924.7100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→50.396 Å / FOM work R set: 0.8762 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 2507 5.02 %
Rwork0.1829 47434 -
obs0.1845 49941 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.76 Å2 / Biso mean: 22.98 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→50.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 24 331 1994
Biso mean--45.36 35.67 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0212372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.271597
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.42690.32341480.30772354250292
1.4269-1.45610.33691210.26122522264397
1.4561-1.48770.2921360.24882542267899
1.4877-1.52230.24621270.230525952722100
1.5223-1.56040.23791340.208225982732100
1.5604-1.60260.20381290.200626022731100
1.6026-1.64980.23531140.198426452759100
1.6498-1.7030.2341560.198225622718100
1.703-1.76390.24621480.191726152763100
1.7639-1.83450.21541380.19326032741100
1.8345-1.9180.22831330.193126442777100
1.918-2.01910.21681350.184726772812100
2.0191-2.14560.21171350.183926132748100
2.1456-2.31130.22981440.184526802824100
2.3113-2.54390.23061500.18726732823100
2.5439-2.9120.19111360.1827462882100
2.912-3.66860.18641480.159327602908100
3.6686-50.42850.19171750.159830033178100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6657-0.1142-0.23661.5063-0.20760.9733-0.0563-0.0519-0.03050.02550.0326-0.07920.01910.06820.02890.07140.0045-0.00110.0751-0.02120.08995.518929.02894.8962
22.0215-0.4-0.67161.1579-0.43991.3594-0.0759-0.1855-0.1049-0.04080.05130.01230.05220.04160.02640.09260.00790.00070.0907-0.02260.08973.416226.70235.616
30.3256-0.09240.12821.475-0.25491.3537-0.0413-0.3366-0.3550.36860.06390.0894-0.1345-0.2074-0.04260.26740.07640.05450.22640.06070.1906-9.413433.013622.889
40.5957-0.3127-0.12321.5114-0.80281.2424-0.1446-0.12910.08450.52150.37470.2986-0.4484-0.33190.2790.23490.10830.04640.18010.0130.1227-11.502641.153714.2521
51.423-0.3906-0.10011.4259-0.62560.8818-0.07650.16030.04830.07140.45840.5659-0.1778-0.52520.01330.15140.04330.01490.23310.06520.1749-13.795731.702316.7432
61.27160.1553-0.7711.5689-1.3092.4419-0.0126-0.09410.00410.19890.17220.0754-0.1101-0.1983-0.08130.16040.0250.00330.1523-0.01050.1307-5.826236.751613.3489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 64 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 101 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 137 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 204 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 220 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 243 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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