PDB-4p3g: Structure of the SRP68-RBD from Chaetomium thermophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p3g

タイトル

Structure of the SRP68-RBD from Chaetomium thermophilum

要素

Signal recognition particle subunit SRP68

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / SRP / SRP68 / RNA-binding domain (RBD) / Chaetomium thermophilum / Tetratricopeptide repeat (TPR)

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle binding / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Grotwinkel, J.T. / Wild, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: SRP RNA remodeling by SRP68 explains its role in protein translocation.
著者: Grotwinkel, J.T. / Wild, K. / Segnitz, B. / Sinning, I.

履歴

登録	2014年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月23日	Group: Data collection
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / symmetry Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p3g.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p3g.ent.gz	274.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4p3eC 4p3fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lp3-d 4kty-1 4mwa-2 1s7m-d 1svc-1 3gqb-2 1sdd-d 5mhn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle subunit SRP68

B: Signal recognition particle subunit SRP68

C: Signal recognition particle subunit SRP68

D: Signal recognition particle subunit SRP68

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.840, 95.050, 223.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Signal recognition particle subunit SRP68 / SRP68 分子量: 25097.150 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0033730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5V2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: NaCl, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→58.69 Å / Num. obs: 28410 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 63.66 Å² / Net I/σ(I): 10.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→42.015 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.88 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2532	1436	5.13 %
R_work	0.1995	50052	-
obs	0.2022	28260	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 236.39 Å² / B_iso mean: 108.2441 Å² / B_iso min: 41.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→42.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6210	0	25	12	6247
B_iso mean	-	-	130.24	60.11	-
残基数	-	-	-	-	801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	8532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	980
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.617	2325

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7001-2.7491	0.3601	118	0.3153	2695	2813	100
2.7491-2.802	0.3432	174	0.2848	2578	2752	100
2.802-2.8592	0.3008	137	0.2721	2662	2799	100
2.8592-2.9214	0.3323	145	0.2665	2637	2782	100
2.9214-2.9893	0.3155	156	0.2637	2569	2725	100
2.9893-3.064	0.3175	153	0.2531	2658	2811	100
3.064-3.1468	0.3137	146	0.2445	2647	2793	100
3.1468-3.2394	0.3314	159	0.2394	2592	2751	100
3.2394-3.3439	0.2429	122	0.2366	2728	2850	100
3.3439-3.4634	0.3163	132	0.2241	2583	2715	100
3.4634-3.602	0.2768	157	0.2013	2680	2837	100
3.602-3.7658	0.2235	134	0.1851	2618	2752	100
3.7658-3.9642	0.1998	127	0.1676	2669	2796	100
3.9642-4.2124	0.2023	130	0.169	2662	2792	100
4.2124-4.5373	0.2449	147	0.1629	2606	2753	100
4.5373-4.9932	0.226	148	0.1654	2659	2807	100
4.9932-5.7142	0.2736	131	0.1943	2647	2778	100
5.7142-7.1934	0.2403	143	0.21	2544	2687	97
7.1934-42.0205	0.2085	148	0.1762	2618	2766	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2871	4.4251	-0.7083	8.2378	-1.0999	4.2871	-0.1693	0.7498	0.7531	-1.2486	0.2481	0.4652	-0.1409	0.0082	-0.0244	1.0183	0.3811	-0.1271	0.9209	0.107	0.8342	-11.0803	26.5546	-61.9734
2	4.8182	2.116	-2.564	5.5605	3.9559	7.6172	0.2556	0.1863	-0.0629	-1.0987	-0.428	-0.7787	-0.2277	0.4029	0.145	0.7147	0.1413	-0.1619	0.8325	0.2269	0.6609	-4.4506	22.8458	-57.8276
3	1.543	-0.6302	-0.545	7.322	-0.7409	3.6424	0.2709	0.1298	0.0568	0.1944	-0.5625	0.1668	-0.1207	-0.1863	0.2488	0.3729	-0.0722	-0.0679	0.6333	-0.025	0.4577	-9.9531	14.457	-43.2067
4	9.1457	0.1151	-0.5086	9.5867	2.3345	0.6135	-0.6881	1.3591	-1.3299	0.4461	0.0897	-0.7841	0.794	0.7237	0.3612	1.4265	0.2414	-0.0162	1.2163	-0.2454	0.8103	-4.1341	-27.5494	-33.2328
5	4.717	2.0344	2.7933	6.094	-0.3028	4.0358	0.7821	-0.3469	-0.5347	0.9821	-0.3775	0.0779	2.1572	1.1988	-0.3608	2.3079	0.0822	0.2169	1.0294	-0.2347	0.9341	-13.2458	-34.0637	-38.3946
6	6.2483	-0.7304	1.3287	9.0936	-2.0813	6.842	-0.2218	0.6245	0.1346	1.1417	-0.1317	0.8799	1.1514	-1.203	0.3173	1.0575	-0.3854	0.1981	0.7405	-0.258	0.952	-20.6296	-25.0458	-39.6844
7	3.1083	1.8015	-1.7549	4.845	0.8549	3.05	-0.3878	0.1261	-0.2457	0.6186	-0.1592	0.491	2.3903	-0.7179	0.4512	1.3622	-0.3204	0.3357	0.6304	-0.1737	0.6894	-16.755	-16.9877	-30.8869
8	3.4963	0.544	-2.2746	3.0436	-0.0133	7.0729	-0.1654	-0.1654	-0.1247	-0.0393	-0.2637	-0.0091	1.6127	0.177	0.5096	0.874	-0.0765	0.1011	0.6298	-0.1068	0.5201	-11.1025	-7.8612	-33.5488
9	6.1753	6.6616	-6.2063	7.1958	-6.6966	6.2468	-0.0135	-0.7581	-1.6343	0.5207	-0.7805	-1.5986	-0.16	1.7798	0.8439	0.7117	0.0847	-0.0151	0.8131	0.0841	0.9752	-3.5833	10.1278	-31.7745
10	7.3218	1.2953	2.5356	3.7474	3.6473	3.7216	-0.6528	0.3361	1.2665	0.2636	0.0923	-0.2194	-1.9964	1.0755	0.3073	0.917	-0.1256	-0.0379	0.6681	0.0069	0.7343	-11.5296	35.561	-17.7915
11	6.1786	-3.526	1.4154	8.1934	-0.9424	6.8739	-0.1193	0.0729	-0.0016	1.0201	-0.0478	0.4682	-0.5394	-0.6668	0.2239	0.7188	-0.0498	0.0656	0.6524	-0.1401	0.6911	-21.8349	30.8297	-13.2237
12	8.2344	-2.9399	3.6261	6.0088	-5.2373	4.4623	0.3844	-0.6398	-0.6085	0.0816	-0.2436	0.1216	0.9881	-0.8491	-0.3649	0.8348	-0.0484	-0.058	0.5616	-0.1955	0.8574	-17.5797	19.4221	-14.5019
13	2.8298	-2.2466	0.5867	4.3489	-0.3825	7.9385	-0.1657	-0.1862	0.6212	0.3728	-0.1229	-1.1457	-0.5087	0.9345	0.3115	0.5134	-0.1304	-0.1137	0.7069	-0.117	0.8435	-6.4106	20.6943	-23.3038
14	7.5156	0.248	3.8166	2.2219	-2.1176	6.0334	-0.3056	-1.0288	-1.5333	0.6062	-0.2749	1.4125	2.7048	-0.6717	0.6008	2.2592	-0.2735	0.7647	0.8782	-0.0664	1.2801	-25.6044	-12.6471	-1.0569
15	6.6935	-3.4087	-0.4252	8.456	1.9911	5.4997	-0.8131	-1.3742	-0.1735	2.7316	0.8407	-0.1724	0.8889	0.7289	-0.0257	1.8079	0.0668	0.0664	0.9755	-0.0595	0.7165	-15.8241	-6.0121	2.6384
16	2.1629	0.3454	1.942	2.6052	-3.6526	7.8922	1.3676	0.019	2.2021	-0.9806	-0.4187	0.8993	-0.3728	-0.7002	-1.1583	0.8581	0.0383	0.1642	1.3579	-0.2012	1.5239	-34.8614	12.2588	-4.1061
17	9.3433	-5.1645	1.0004	4.0152	-3.4519	7.0988	0.1991	-0.5855	0.524	0.4287	0.0163	-0.4731	0.3541	0.4305	-0.0669	1.085	-0.1988	0.0433	0.7163	-0.0984	0.642	-14.7947	-0.4512	-7.8705
18	4.2549	-0.3446	1.0774	7.9704	1.163	4.7716	-0.4599	-0.0027	-0.5452	1.3803	-0.063	1.0823	1.769	-0.4738	0.5156	1.2559	-0.1644	0.4025	0.7121	-0.1748	0.6972	-21.874	-6.2005	-16.0404
19	7.1398	1.316	3.4088	2.3209	-2.0493	5.8818	-1.225	-0.4308	-2.7829	1.3036	0.1364	1.1465	1.9523	-1.6126	1.1646	1.97	-0.4196	0.5476	1.2115	0.0401	1.3349	-30.3295	-15.6666	-12.9371
20	6.4507	-0.8193	-1.8982	2.0938	-0.9212	2.1377	-0.0947	0.7634	-0.5533	-0.6313	-0.4955	2.0822	1.2149	-2.0371	0.6793	1.017	-0.2274	0.1733	1.3741	-0.3805	1.1535	-33.2473	0.3166	-20.1494
21	2.733	1.6099	0.6472	5.5684	5.249	5.2689	-0.5498	0.2192	-1.0506	-2.1283	0.846	-0.7931	-0.9803	0.7556	-0.442	1.3241	0.0221	-0.1647	1.2161	-0.1328	1.12	-43.8941	18.172	-33.1096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 47 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 95 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 217 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 19 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 90 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 128 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 129 through 172 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 173 through 205 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 206 through 217 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -1 through 19 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 20 through 86 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 87 through 128 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 129 through 199 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 0 through 19 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 20 through 86 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 87 through 95 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 96 through 128 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 129 through 174 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 175 through 186 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 187 through 199 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 200 through 210 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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