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- PDB-4p3b: Crystal structure of the mouse C5a-desArg anaphylatoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3b
タイトルCrystal structure of the mouse C5a-desArg anaphylatoxin
要素Complement C5
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement anaphylatoxin / C5a / four-helix bundle / GPCR agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis ...Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Complement C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yatime, L. / Schatz-Jakobsen, J.A. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional characterization of human and murine C5a anaphylatoxins.
著者: Schatz-Jakobsen, J.A. / Yatime, L. / Larsen, C. / Petersen, S.V. / Klos, A. / Andersen, G.R.
履歴
登録2014年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5
B: Complement C5
C: Complement C5
D: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,25219
ポリマ－35,5624
非ポリマー69015
水3,675204
1
A: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0284
ポリマ－8,8901
非ポリマー1383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0284
ポリマ－8,8901
非ポリマー1383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2138
ポリマ－8,8901
非ポリマー3227
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9823
ポリマ－8,8901
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Complement C5
C: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,24112
ポリマ－17,7812
非ポリマー46010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
6
B: Complement C5
ヘテロ分子

D: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0117
ポリマ－17,7812
非ポリマー2305
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.210, 55.210, 117.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C & D)

-
要素

#1: タンパク質
Complement C5 / Hemolytic complement


分子量: 8890.376 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 679-754 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C5, Hc / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 Express / 参照: UniProt: P06684
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate
PH範囲: 4.0 - 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20489 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.62 / Num. measured all: 131068
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.26.40.8850.6622.9516956265626550.722100
2.2-2.30.9270.5113.8414392224622460.558100
2.3-2.40.9380.4044.8811955186418640.441100
2.4-2.50.9550.3345.7910046156715660.36599.9
2.5-2.70.9760.2467.5615986249124910.269100
2.7-2.90.9890.1710.6411998185518550.186100
2.9-3.20.9910.12414.612782198219810.13699.9
3.2-3.50.9960.07422.778885138713860.08199.9
3.5-40.9980.0532.729281145714550.05599.9
4-4.50.9980.04137.4655528858810.04599.5
4.5-50.9980.03840.336605785770.04299.8
5-60.9980.04136.5140466436420.04599.8
6-80.9990.03539.4832465155140.03899.8
8-100.9990.02448.8111561861850.02699.5
10-1510.02450.197991331310.02698.5
15-2010.02149.1220837370.024100
20-3010.0244.5310219180.02294.7
300.9980.04217.2418750.04971.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P3A

4p3a


解像度: 2.1→32.509 Å / FOM work R set: 0.842 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 1044 5.13 %random
Rwork0.1803 19306 --
obs0.1825 20350 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.78 Å2 / Biso mean: 35.78 Å2 / Biso min: 12.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→32.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 45 204 2461
Biso mean--52.22 38.33 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7113021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.645874
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.21080.26751520.2252763291599
2.2108-2.34920.2711360.19872719285599
2.3492-2.53060.2491670.19862727289499
2.5306-2.78510.22531340.195327782912100
2.7851-3.18780.25971580.19282732289099
3.1878-4.01510.18971510.160927742925100
4.0151-32.51310.19851460.16092813295999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1082-0.7499-0.33412.8490.253.01660.02870.10840.1525-0.1276-0.11240.1521-0.3872-0.5850.03570.18170.0505-0.02110.2615-0.01340.147718.4258-25.71014.2084
24.21380.76420.6754.99440.30693.4872-0.1896-0.0340.29370.28140.1169-0.0617-0.7370.14150.03980.2809-0.0014-0.02720.1403-0.00250.19453.152-46.06492.7554
33.5887-1.91910.06264.15360.73343.45440.0005-0.1013-0.0803-0.08370.0467-0.2760.12140.5185-0.06620.13260.00730.00180.2117-0.00170.164738.9168-32.7164.6224
44.5318-0.1417-0.64625.22480.10164.6636-0.0413-0.0465-0.55210.26930.03570.30670.7646-0.23920.03360.2965-0.0146-0.01790.14050.03470.2971-0.6832-11.98370.5919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA677 - 745
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB678 - 746
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC677 - 746
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD678 - 745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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