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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p3a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin | ||||||
要素 | Complement C5Complement component 5 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / complement anaphylatoxin / C5a / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / GPCR agonist | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / 膜侵襲複合体 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production ...Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / 膜侵襲複合体 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / 炎症 / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yatime, L. / Schatz-Jakobsen, J.A. / Andersen, G.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2014 タイトル: Structural and functional characterization of human and murine C5a anaphylatoxins. 著者: Schatz-Jakobsen, J.A. / Yatime, L. / Larsen, C. / Petersen, S.V. / Klos, A. / Andersen, G.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p3a.cif.gz | 138.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p3a.ent.gz | 108.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p3a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C & D) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9047.569 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 679-755 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C5, Hc / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 Express / 参照: UniProt: P06684 #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7 詳細: 0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15 PH範囲: 3.5 - 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 68172 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.02 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 284826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CU7 解像度: 1.4→36.889 Å / FOM work R set: 0.9068 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65 Å2 / Biso mean: 20.19 Å2 / Biso min: 5.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→36.889 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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