PDB-4p33: Crystal structure of E. coli LptB-E163Q in complex with ATP-sodium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p33

タイトル

Crystal structure of E. coli LptB-E163Q in complex with ATP-sodium

要素

Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

キーワード

HYDROLASE / ABC transporter / nucleotide-binding domain / ATPase / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI081059	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM066174	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094263	米国
Harvard University		米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Decoupling catalytic activity from biological function of the ATPase that powers lipopolysaccharide transport.
著者: Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.

履歴

登録	2014年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p33.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p33.ent.gz	163.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p31C 4p32SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uhm-d 5niw-d 5ccf-d 6k7q-5 6cpt-d 5jsi-d 3rx8-d 6xzt-2 6k7q-6 1yy7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.620, 138.360, 101.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Based on comparisons to nucleotide-binding domain structures deposited in the PDB and current literature in the ABC transporter field, we believe that the biologically relevant assembly of LptB-E163Q is a dimer formed by one polypeptide in the asymmetric unit and its symmetry mate.

#1: タンパク質	Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB 分子量: 27939.775 Da / 分子数: 2 / 変異: E163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptB, yhbG, b3201, JW3168 / プラスミド: pET22/42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX 参照: UniProt: P0A9V1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES pH 7.0, 26.5% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→69.18 Å / Num. obs: 56025 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.9 Å² / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.149 / R_sym value: 0.139 / Net I/av σ(I): 2.495 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 442034

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.65-1.74	8	0.806	0.9	64450	8057	0.299	0.806	2.8	98.5
1.74-1.84	8.1	0.502	1.5	61464	7630	0.186	0.502	4.2	98.8
1.84-1.97	8	0.307	2.3	57888	7205	0.114	0.307	6.4	99.2
1.97-2.13	8	0.21	3.3	54152	6742	0.078	0.21	8.7	99.3
2.13-2.33	8	0.159	3.8	49662	6230	0.059	0.159	10.9	99.6
2.33-2.61	7.9	0.139	4.2	44735	5656	0.052	0.139	12.4	99.7
2.61-3.01	7.8	0.12	4.5	39189	5026	0.045	0.12	13.8	99.9
3.01-3.69	7.6	0.114	4.3	32506	4303	0.044	0.114	15.1	100
3.69-5.22	7.3	0.107	4.6	24155	3325	0.042	0.107	15.8	99.4
5.22-40.862	7.5	0.11	4.5	13833	1851	0.043	0.11	15.8	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
CNS		精密化
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P32

4p32

解像度: 1.65→40.862 Å / FOM work R set: 0.8727 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	2844	5.08 %	Random selection
R_work	0.1881	53160	-	-
obs	0.1892	56004	98.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.985 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.84 Å² / B_iso mean: 25.9 Å² / B_iso min: 8.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5336 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9211 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.3875 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→40.862 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3658	0	94	149	3901
B_iso mean	-	-	18.37	29.15	-
残基数	-	-	-	-	470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	5278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.295	1481

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6785	0.3384	134	0.3171	2624	2758	98
1.6785-1.709	0.2906	153	0.2785	2605	2758	98
1.709-1.7418	0.311	127	0.2547	2622	2749	98
1.7418-1.7774	0.2435	134	0.2383	2618	2752	98
1.7774-1.8161	0.2804	146	0.2112	2616	2762	99
1.8161-1.8583	0.2191	139	0.1929	2612	2751	99
1.8583-1.9048	0.2034	167	0.1781	2611	2778	99
1.9048-1.9563	0.2131	159	0.1722	2636	2795	99
1.9563-2.0138	0.2077	130	0.1714	2642	2772	99
2.0138-2.0788	0.2073	130	0.1785	2659	2789	99
2.0788-2.1531	0.2012	163	0.1735	2618	2781	99
2.1531-2.2393	0.2055	137	0.1741	2665	2802	100
2.2393-2.3412	0.1736	139	0.1769	2654	2793	99
2.3412-2.4647	0.1951	134	0.1852	2699	2833	100
2.4647-2.619	0.2411	126	0.1875	2675	2801	100
2.619-2.8212	0.222	149	0.1918	2706	2855	100
2.8212-3.105	0.2103	139	0.1981	2699	2838	100
3.105-3.5541	0.2036	139	0.1816	2723	2862	100
3.5541-4.4769	0.1894	143	0.1659	2714	2857	99
4.4769-40.8748	0.1988	156	0.1942	2762	2918	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9243	-0.0158	1.1394	1.9361	-0.0246	1.9494	-0.2421	-0.4549	-0.1938	0.403	0.0964	-0.0673	0.1875	0.0298	0.099	0.2134	0.0884	-0.0021	0.2483	0.0802	0.1567	12.639	-40.5295	44.061
2	8.6488	3.1811	0.2344	5.9117	-0.8909	1.7621	-0.2876	-0.4347	0.2718	0.1692	0.051	0.0055	-0.0182	0.0454	0.218	0.1539	0.0698	-0.0012	0.1491	0.0079	0.1154	8.5165	-36.3365	39.793
3	1.7269	0.3578	0.3551	0.668	0.2239	1.0377	-0.0623	-0.1306	0.1868	0.1708	0.0418	-0.4711	0.0323	0.4032	-0.0339	0.1505	0.0868	-0.1003	0.3159	0.0522	0.3107	22.2454	-32.6396	40.7296
4	0.5908	0.0383	0.8554	2.8377	-4.0522	7.1905	-0.1676	0.0067	0.2376	0.3523	0.3332	0.4224	-0.8922	-0.5139	-0.1776	0.2074	0.0338	0.025	0.1279	0.0395	0.2109	7.2823	-30.5202	24.5031
5	2.5287	0.0147	0.4258	1.0259	-0.2856	1.4194	-0.0986	0.2761	-0.1406	-0.2053	-0.233	-0.6316	0.2546	0.6271	0.1578	0.181	0.0368	0.1162	0.302	0.0956	0.3951	21.3367	-31.2218	15.4935
6	4.6381	-0.5479	2.9306	2.2557	-1.3008	5.4191	-0.1688	0.1567	0.0356	-0.2309	0.0359	-0.2068	0.1592	0.1678	0.1204	0.1592	0.0003	0.0549	0.0918	0.0147	0.1676	11.8825	-34.8736	17.1633
7	5.4839	0.183	3.6242	1.2287	0.5769	4.1256	-0.0426	0.2517	-0.4212	0.0108	-0.0411	-0.1502	0.406	0.2843	0.067	0.1978	0.0439	0.0687	0.1167	0.0348	0.228	13.7557	-46.2475	23.861
8	2.0839	-0.939	0.1836	0.8766	-0.7241	1.8825	-0.1235	-0.1134	-0.6405	0.1311	0.0254	0.1463	0.4574	0.0555	0.0732	0.2205	0.069	0.0805	0.1388	0.0837	0.3045	8.1784	-51.8661	37.1004
9	0.7089	0.8264	-0.5095	4.2738	-1.8116	3.4655	-0.0281	-0.5998	-0.7698	0.75	-0.1446	0.111	0.5029	0.0008	-0.2891	0.404	-0.009	0.1206	0.2951	0.2017	0.5577	-0.5857	-55.4448	42.1589
10	1.5975	-0.4954	0.0753	1.2676	0.1797	2.4446	-0.0164	0.1221	-0.0116	-0.1819	0.0064	-0.0687	0.0932	0.1064	0.0006	0.1402	-0.0118	0.0222	0.071	0.0079	0.0663	9.5895	-5.9329	7.2787
11	3.1996	-1.8355	1.0309	3.1486	0.4359	4.9447	0.0263	0.0085	-0.0081	-0.2628	-0.0061	-0.2802	0.1608	0.472	-0.0122	0.1811	0.0127	0.0649	0.1341	0.0171	0.1483	17.3784	-14.3144	7.0881
12	3.8262	-0.2923	-0.9244	3.4393	-0.1365	4.7607	-0.1933	0.3669	-0.0164	-0.1847	0.1661	-0.0577	0.3869	-0.1188	0.0274	0.1055	0.0027	0.0248	0.0965	-0.0085	0.0999	12.778	-15.4119	21.3081
13	0.6333	0.1473	-1.0217	2.6954	-0.5883	3.4157	-0.0441	-0.2701	0.0783	0.2002	-0.1484	-0.7869	-0.2819	1.0851	-0.2127	0.0951	-0.0206	-0.0946	0.2753	0.0647	0.2349	20.3267	-15.23	35.0339
14	6.9001	2.2345	-5.9273	2.4288	-2.7099	8.523	-0.1532	-0.0436	-0.2065	0.0835	-0.0282	-0.2231	-0.0496	0.202	0.1516	0.0947	-0.0012	-0.0145	0.0819	-0.0065	0.107	12.2506	-11.9083	29.3874
15	4.0986	-0.5248	-3.0099	1.3454	0.3909	3.1741	0.0769	-0.2407	0.1583	0.0218	0.0032	-0.2442	-0.2163	0.3017	-0.0498	0.1225	-0.042	-0.0047	0.1303	0.0164	0.1111	13.7163	-0.6655	25.534
16	3.008	0.7563	0.0661	2.5583	-0.2834	2.1331	-0.0706	-0.1958	0.2594	0.0725	0.0566	0.0318	-0.3255	-0.0022	0.0063	0.1867	-0.012	-0	0.0847	-0.0194	0.0924	5.1207	6.4019	12.4246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:34)	A	2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 35:55)	A	35 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 56:82)	A	56 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 83:91)	A	83 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 92:126)	A	92 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 127:158)	A	127 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 159:191)	A	159 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 192:226)	A	192 - 226
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 227:236)	A	227 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 2:45)	B	2 - 45
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 46:76)	B	46 - 76
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 77:91)	B	77 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 92:132)	B	92 - 132
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 133:159)	B	133 - 159
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 160:193)	B	160 - 193
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 194:236)	B	194 - 236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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