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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p20
タイトルCrystal structures of the bacterial ribosomal decoding site complexed with amikacin
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA/ANTIBIOTIC / AMINOGLYCOSIDE / HABA GROUP / RIBOSOMAL DECODING SITE / X-RAY ANALYSIS / RNA / AMIKACIN / RNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Chem-AKN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kondo, J. / Francois, B. / Russell, R.J.M. / Murray, J.B. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site complexed with amikacin containing the gamma-amino-alpha-hydroxybutyryl (haba) group.
著者: Kondo, J. / Francois, B. / Russell, R.J. / Murray, J.B. / Westhof, E.
履歴
登録2014年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年5月7日ID: 2G5Q
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_database_status ...citation / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8824
ポリマ－14,7112
非ポリマー1,1712
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.550, 32.820, 52.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-AKN / (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide / AMIKACIN / アミカシン


分子量: 585.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H43N5O13 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: MPF, Na Cacodylate, NaCl, KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9357 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9357 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→32.82 Å / Num. obs: 4398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.59 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 15897 / Scaling rejects: 120
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.7-2.83.610.432216074450.590100
2.8-2.913.670.3042.615554240.610100
2.91-3.043.660.2692.815784310.650100
3.04-3.23.660.1674.415964340.927100
3.2-3.43.660.1515.216084360.991399.8
3.4-3.663.630.1485.416464471.012299.8
3.66-4.033.610.137.215584261.172099.8
4.03-4.613.620.185.215994391.248100
4.61-5.813.520.1595.915954501.1711100
5.81-32.823.250.1327.915554661.3239100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→10 Å / FOM work R set: 0.807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 179
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 425 9.9 %
Rwork0.2134 3693 -
obs-4118 95.7 %
溶媒の処理Bsol: 64.5977 Å2
原子変位パラメータBiso max: 120.73 Å2 / Biso mean: 45.5528 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.8 Å20 Å211.57 Å2
2--1.774 Å20 Å2
3---8.026 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 898 80 75 1053
Biso mean--42.97 39.55 -
残基数----42
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.0082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.9692.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5amika_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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