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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p20 | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structures of the bacterial ribosomal decoding site complexed with amikacin | |||||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA/ANTIBIOTIC / AMINOGLYCOSIDE / HABA GROUP / RIBOSOMAL DECODING SITE / X-RAY ANALYSIS / RNA / AMIKACIN / RNA-ANTIBIOTIC complex | 機能・相同性 | Chem-AKN / RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Kondo, J. / Francois, B. / Russell, R.J.M. / Murray, J.B. / Westhof, E. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of the bacterial ribosomal decoding site complexed with amikacin containing the gamma-amino-alpha-hydroxybutyryl (haba) group. 著者: Kondo, J. / Francois, B. / Russell, R.J. / Murray, J.B. / Westhof, E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: MPF, Na Cacodylate, NaCl, KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9357 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→32.82 Å / Num. obs: 4398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.59 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 15897 / Scaling rejects: 120 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 64.5977 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.73 Å2 / Biso mean: 45.5528 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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