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万見
- PDB-4p1x: Crystal structure of staphylococcal LUK prepore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1x
タイトルCrystal structure of staphylococcal LUK prepore
要素
  • Gamma-hemolysin component B
  • Gamma-hemolysin component C
キーワードTOXIN / pore forming toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / cytolysis in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-hemolysin component B / Gamma-hemolysin component B / Gamma-hemolysin component C
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yamashita, D. / Tanaka, Y. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Molecular basis of transmembrane beta-barrel formation of staphylococcal pore-forming toxins.
著者: Yamashita, D. / Sugawara, T. / Takeshita, M. / Kaneko, J. / Kamio, Y. / Tanaka, I. / Tanaka, Y. / Yao, M.
履歴
登録2014年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 2.02023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / refine_hist
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Gamma-hemolysin component C
A: Gamma-hemolysin component B
C: Gamma-hemolysin component B
D: Gamma-hemolysin component C
E: Gamma-hemolysin component B
F: Gamma-hemolysin component C
G: Gamma-hemolysin component B
H: Gamma-hemolysin component C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,97912
ポリマ－276,5068
非ポリマー4734
水19,0421057
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32470 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area86100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.310, 193.160, 116.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-316-

HOH

21F-314-

HOH

31G-502-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Gamma-hemolysin component C / LukS


分子量: 33816.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: hlgC, SAV2420 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) / 参照: UniProt: Q99RL1
#2: タンパク質
Gamma-hemolysin component B / LukF


分子量: 35310.117 Da / 分子数: 4 / Mutation: C255R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: hlgB, SAV2421 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) / 参照: UniProt: Q931F3, UniProt: A0A0H3JX61*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1057 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 40% MPD, 0.1M sodium acetate (pH 4.8), 0.15 M di-sodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.28253 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28253 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.3 Å / Num. obs: 144820 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1314 / Net I/σ(I): 7.14
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5453 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / % possible all: 97.89

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→48.295 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 2000 1.38 %
Rwork0.182 --
obs0.1826 144793 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17140 0 32 1057 18229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01417585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36323763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7256425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063050
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45990.31081380.23679875X-RAY DIFFRACTION97
2.4599-2.52640.30391430.22410254X-RAY DIFFRACTION100
2.5264-2.60080.23741430.213510151X-RAY DIFFRACTION100
2.6008-2.68470.2581440.202810236X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.78070.26621420.209410204X-RAY DIFFRACTION100
2.7807-2.8920.26531430.197310213X-RAY DIFFRACTION100
2.892-3.02360.26761430.192710197X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.1830.23451440.183910243X-RAY DIFFRACTION100
3.183-3.38230.22071430.177110186X-RAY DIFFRACTION100
3.3823-3.64340.20851440.164210284X-RAY DIFFRACTION100
3.6434-4.00990.20431420.160310173X-RAY DIFFRACTION100
4.0099-4.58970.17461430.149510225X-RAY DIFFRACTION100
4.5897-5.78110.18431430.159610249X-RAY DIFFRACTION100
5.7811-48.30510.23461450.219210303X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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